但是后来因为妖书案兴事，自己写信给内阁大学士沈一贯，极力规劝其将妖书案一事彻查清楚，莫给小人偷窥国本。却因此触犯了沈一贯，被闲置在留都九年。
直到万历三十五年，才升为礼部尚书兼东阁大学士。自己还是万历十一年进士同科中的第一人，四十岁的阁臣、首辅。
及至做了内阁大臣，才明白政事处理起来的艰辛。因着朱赓、于慎行的先后去世(1608年)，李廷机闭门不理政务，自己不得不独自承担起处理所有朝政的重任。
内里的辛苦和艰难只有自己知道：那个解不开的死结，一根绳子上代表的是与朝臣较劲、想立郑贵妃之子为太子的皇帝，另一根绳子是代表坚决要天子遵循祖训，不能废长立幼的朝臣。
两方较劲之下，谁都不肯退让。
叶向高明白科举出身的同僚，若是退让一步，等待所有士人的便是无底的深渊。
不达目的不罢休的天子，更是拿不上朝作为要挟。朝廷大事无人关心过问，重要位置缺少合适的官员，自己即便报上去了，天子也不用印批准。朝臣们结成各种帮派，开始彼此攻讦。乌烟瘴气的朝廷，让人灰心丧气又不得不勉力去调节朝臣对天子的怨望、安慰天子脆弱的非此即彼的稚童较劲心理。
天子表面对自己重视，可是往往上疏十条，能采纳的不过两三条。费心费力地周旋在帝王和朝臣之间，满腔的报国建议都是纸上的空谈
累，很累，非常累!
这样的郁闷感觉，在坚持到万历三十七年以后，便以惯例地在每年的春、秋两季，诚恳地向万历帝提出致仕。
直到万历四十二年，连上六十二道奏疏后，终于获得了天子的允准。同时命自己要推荐出适合的内阁首辅的人选。
百思千想、万般斟酌后，推荐了各党都能接受的同年方从哲。
还要费尽所有的心思让万历帝接受他。
想起方从哲，叶向高不免会先升起些愧疚。方从哲那些年承担的压力，丝毫不比自己做“独相”的时候小。自己初做阁臣的时候，建奴尚未成势，虽是百般艰难，但也比方从哲内外交困要好太多了。
但之后又觉得骄傲。如果不是自己的举荐，方从哲这辈子绝对做不了阁臣、最终也绝对不会有大学士的荣誉告老。要是没有自己的帮助，方从哲也不会有太子太傅的名头入墓。
但是若没有方从哲在泰昌元年拉自己一把，想想那些被天子否决的、失去再度进入官场机会的能人、那些强悍的对手，叶向高不仅为自己庆幸，还对方从哲这个处理政事能力平庸的同年，充满了发自内心的感谢。
那与方从哲结成联盟的日子，真是此生最惬意最快活的啊!
为了给方从哲打理“遗祸”，不得不出面游说朝廷重臣。每次回想起来，叶向高都为自己捏一把汗的同时，又想放声为自己喝彩。
能说服铁面无私的张问达从同年的角度考虑事情，能说动刚直不阿的崔景荣、老成谋国的周嘉谟、一心只有朝廷的黄克缵等，自己该是那时候入了天启帝的眼，该是自己能够很好地调动朝臣为一个目的行事，才有了后来的再度为首辅的荣耀。
好还是不好，真的说不清呢。
方从哲致仕，自己不得不打点起所有的精神，努力揣摩天子所思所想，努力跟上天子的征战脚步，为天子处理可能来自朝廷的阻力。
殚精竭虑地从天子的角度考虑事情。连一向中允、持重的周嘉谟，都在背后说自己——肩膀上扛着的是天子的脑袋。
那又如何呢?
自己站稳了首辅的位置，也再度得到了礼部尚书兼东阁大学士的头衔，这也代表了自己可以拿着干干净净的银子、都是天子给的俸禄，在致仕以后成为富家翁。
能做点儿修桥铺路积阴德之事。
对了，还可以荫一子为五品官。
想到天子破例恩荫出仕的孙子，叶向高思绪万千。多少二榜进士，终其一生也就是五品官。可是自己贡监出身的孙子，能听从自己劝说，放弃他二十年、甚至此生也不能成功跨越的春闱门槛，选择了恩荫出仕，凭数术的优势在户部立住了根脚。
旋即成为户部郭允厚和杨嗣昌器重的四品郎中。
荫嫡长子为首选的五品官，变成了破格恩荫嫡长孙出仕。叶向高觉得心口又如那日与长子叶成学阴阳相隔的那一天，钝钝地绞痛。丝毫没有因为过去了三十年有减轻。
“子葬父，理之常，父葬子，能不伤?”
刻在长子墓志铭上的一字字都是锥心泣血的哀鸣，如巴山断肠的猿啼，悲哀地在自己的心头反复回荡。
汝习是多好的孩子啊。是自己做父亲的亏待了他。在他降生的时候，自己忙着秋闱挣前程，都没有好好地抱过他几次。等他能够满地跑了，自己又要全力以赴春闱。只能将其留在家中，不能带在身边教导。以至那么聪明的孩子，最后竟然厌倦举业，靠恩荫国子监出仕为尚宝司司丞。
汝习定是委屈的。他那样人品正中的人，上孝父母、中洁自身、下束家人，在自己初为首辅的时候，没有成为方从哲长子那样的纨绔，反而能募集资金为家乡修建龙首桥，完成父祖不能达成的心愿，却因为恩荫出仕被嘲讽，怎么能不郁结在心呢。
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