今生篇
现在进入电影里的MATRIX世界，这里的MATRIX是模拟人类某个历史时期，大多数人类并不知道自己生活在虚幻的世界里，但是这个虚幻的世界并不十全十美无懈可击，在世界的某个角落里总是存在着一些或大或小的BUG（如动画版里小女孩发现的奇妙废弃大楼），还有人类中的某些特殊体质的个体似乎能超越系统的控制（动画版里超越体能极限的短跑高手），更有甚者一些程序和人类接触中有了自我意识，他们学会了逃避系统的删除。这些难以估计后果的错误有可能导致整个系统的崩溃，对此早期的MATRIX是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对，可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗”并重新启动（试想一个充满BUG的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“MATRIX升级”，但是麻烦的是连接在MATRIX上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的MATRIX找到了一个“最经济”的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。
以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。这个计划的开端是设立ZION这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，ZION 与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道ZION是MATRIX派出的人建立的（位置MATRIX当然是早知道的），而这些人理所当然的成为ZION的领导层，所有人实际上是在MATRIX控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，ZION的扩张也是必然的，为了防止ZION因强大而失去控制，所以MATRIX要定期毁灭ZION（举手之劳而已），而这个过程和MATRIX的升级计划合二为一。
第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知”，由于MATRIX对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹”还是“圈套”缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类.....连看电影的人都被迷惑了....），先让先知给那些“反抗军”少许“甜头”，然后就可以把这些家伙在MATRIX里的行动也控制起来。实际上电影里无论莫非斯还是NEO所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命”，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。
第三步就是给这些ZION的人类创造一个虚幻的希望“THE ONE”，也就是电影中的主角NEO，他还有一个作用，由于那些逃避删除的程序熟悉MATRIX的操作手法，他们可不会吃“先知”的那套把戏，要对付这些“危险的系统垃圾”也需要借助这个特殊的角色，在电影里，NEO在先知的诱导下（让他去找钥匙人）去踢了法国人的场子，消灭了他很多能力强大的手下，为什么不消灭法国人，因为法国人起的也是类似ZION的作用，他把逃避删除的程序收集起来当做手下，就象把垃圾扫到垃圾桶里（法国人说白了就是一扫地的），这样才好一次倒掉（由THE ONE来负责一次倒掉），估计每次MATRIX升级都会有个THE ONE听了先知的引导，到法国人这里来打砸一翻，所以法国人对先知的这种手法既痛恨又无奈，这也是他想要挖先知眼睛的原因。
第四步就是开始清理系统内外，这个步骤需要先知的诱导和NEO的强大能力，首先是使NEO获得能力并对先知言听计从，这段过程大概是黑客第一集的内容，然后就是对系统内的逃逸程序进行打击，先知以找钥匙人为诱饵，让NEO一伙和法国人的手下火拼，结果法国人手下全灭，法国人夫妻出于对这个“游戏”玩法的了解始终没有出过手（不但没出手还提供帮助，法国人老婆在意味不明的一吻后提供了帮助，谁知道不是他们两夫妻事先约好的？），这个过程在电影第二集里有详细描述。最后是对ZION进行清理，消灭ZION所有的战斗力量，早就知道ZION位置的MATRIX不费吹灰之力就把ZION的反抗力量消灭，这些内容在第三集里有详细描写。
最后的一步比较麻烦，就把THE ONE神话毁灭，并排除先知的所有的“嫌疑”，然后在所有在MATRIX里的人类都没有察觉的情况下重新启动MATRIX（我猜想可能是类似于更换一下游戏服务器主机），其中THE ONE这个角色在整个计划中是即必不可少又相当危险的，对这个角色的控制不当会有非常严重的后果（这从黑客3最后建筑师和先知说的那句：“你玩的是非常危险的游戏”可以知道），消灭NEO是一个难题，MATRIX对此的对策就是史密斯，在第一集里史密斯只是一个性格古怪个体意识很强的“杀毒程序”，他对MATRIX系统的不满情绪是他被选中成为消灭NEO的人选的原因，因为他最终也是要被消灭的（让错误和错误相互攻击抵消，是这个计划的精华之所在），在第一集最后史密斯被NEO消灭后，第二集他又复活并获得了新的能力，很多人把这解释为系统的一个失算的杀毒程序升级，其实智慧那么高的MATRIX控制者怎么会犯那么愚蠢的错误，这肯定是有计划的，史密斯获得能力后的行动也是可以预料的（先知的拿手好戏，不要说先知，就连我看完第二集我就猜到史密斯在第三集里会把全人类给复制了），其实他的作用就是把全人类给复制，然后用他从他人那里吸收来的能力打倒NEO（电影里说的明白是史密斯打倒并吸收了NEO），然后系统把他和NEO删除掉，他的代码从所有人身上消除，所有人都同时昏厥过去，最后MATRIX就抓住这个机会重新了启动。
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