二战期间发生的“三大惨案”，即南京大屠杀、菲律宾大屠杀和泰缅铁路战俘事件，武藤章主谋参与的就占了两个。
1948年4月，旷日持久的庭审终于结束了。法庭进入起草判决书的阶段。经过梅汝璈的争取，由中国法官负责起草有关日本侵略中国的部分。在起草过程中，中国法官们经受着持续的震惊和痛苦，泪雨连绵。在一次法官会议上，梅汝璈慷慨陈词地说：“由法庭掌握的大量证据，可以看出，日军在南京的暴行。比德国在奥斯维新集中营单纯用毒气屠杀，更加惨绝人寰。砍头、劈脑、切腹、挖心、水溺、火烧、砍去四肢、割生殖器、刺穿阴户或肛门等等，举凡一个杀人狂所能想象出的残酷方法，日军都使用了。南京的许多妇女遭强奸后又被杀掉，日军还将她们的尸体斩断，对此种人类文明史上罕见之暴行，我建议，在判决书中应该单设一章予以说明。”
梅汝璈说完刚刚落座，又站起来用压低的嗓门说：“我的这个请求，务请各位同仁予以理解、赞同。”
法庭庭长韦伯同意了，其余九位法官也同意了。
松井石根捧着《观音经》，在他的所谓生死由天的境界中等来了对他的宣判。
在两名高大宪兵的监押下，他摘下眼镜，笔直地站在了审判席上。
远东国际军事法庭根据大量的人证、物证，确认南京大屠杀是现代战史上破天荒之残暴纪录。在长达1218页的《判决书》中，用两个专章，作了题为“攻击南京”和“南京大屠杀”的判词。
《判决书》认定了松井在侵占南京中的作用：
“松井被任命为上海派遣军司令官离东京赴战地时，他已经想好了在预定占领上海后就进兵南京。他在离东京前，要求给上海派遣军5个师团。因为他早就对上海和南京附近的地形作过调查，所以他对进攻南京作了实际的准备。”
观音不度屠城元凶(5)
松井和武藤纵容暴行：
“1937年12月初，当松井所指挥的华中方面军接近南京市的时候，百万居民的半数以上及全体中立国的国民——其中除少数留下来以便组织国际安全区外——都逃出了南京。……因为中国军队差不多已全部从南京市撤退，或已弃去武器和军服到国际安全区中避难。所以，1937年12月13日早晨的占领完全没有遭到抵抗。日本兵云集在市内并且犯下了种种暴行。……日军在占领南京后，至少有六个礼拜，包括松井和武藤入城后的至少四个礼拜，一直不断地在大规模地进行着大屠杀。”
暴行惊天地，泣鬼神：
“中国人像兔子似地被猎取着。”
“全城中无论是年轻的少女或老年的妇人，多数都奸污了。并且在这种强奸中，还有许多变态的和淫虐狂行为的事例。许多妇女在遭强暴后被杀，躯体被斩断。”
“日军仅于占领南京后最初的六个星期内，不算大量抛江焚毁的尸体，即屠杀了平民和俘虏20万人以上。”
武藤与松井完全知道所发生的种种暴行：
“南京安全区委员会干事史密斯说：‘在最初的六个礼拜中，曾每天提出两次抗议。……无论是武藤和松井都曾承认，南京失陷后，他们还在后方地区的司令部时，就已听到过在南京所犯的暴行。松井承认，他曾听说过许多外国政府已对这类暴行提出了抗议。”
松井是指挥南京大屠杀的罪魁祸首，其大罪不容抵赖：
“松井在1935年退役，在1937年因指挥上海派遣军而复返现役。接着，被任命为包括上海派遣军和第十军的华中方面军司令官。他率领这些军队，在1937年12月13日占领了南京市。中国军队在南京陷落前就撤退了，因此所占领的是无抵抗的都市。接着发生的是日本陆军对无力的市民施行了长期持续的最恐怖的暴行。日本军人进行了大批屠杀、杀害个人、强奸、抢劫及放火。……当这些恐怖的突发事件达到最高潮时，即12月17日，松井进南京城并曾停留了五至七天左右。根据他本身的观察和参谋的报告，他理应知道发生了什么事情。他自己承认曾从宪兵队和使、领馆人员处听说过他的军队有某种程度的非法行为。在南京的日本外交代表每天收到关于此类暴行的报告，他们并将这些事报告给东京。本法庭认为有充分证据证明松井知道发生了什么样的事情。对于这些恐怖行为，他置若罔闻，或没有采取有效办法来缓和它。”
没有根据证实松井由于生病而无法实施制止暴行的愿望：
“他的疾病既没有阻碍他指挥在他指导下的作战行动，又没有阻碍他在发生这类暴行时访问该市区达数日之久。而对于这类暴行具有责任的军队又是属他指挥的。他是知道这类暴行的。他既有义务也有权力统治自己的军队和保护南京的不幸市民。由于他怠忽这些义务的履行。不能不认为他负有犯罪责任。”
法庭庄严宣告：“被告松井石根根据起诉书中判决为有罪的罪状，远东国际军事法庭处你以绞刑。”
武藤章被认定犯有参与策划发动侵略战争、制造南京大屠杀和马尼拉惨案等多项罪行，亦被判处绞刑。
绝望过后便是决心，便是本相。1948年12月21日，武藤章接到两天后执行死刑的通知。他坐在稻草垫上，就着刺眼的灯光，写了一节含着悲绝之情的俳句：“霜夜时，横下铁心，出门去！”
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