宫中大火之后，连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗实录》记载，有一次明成祖对身边的大臣说：“朕于宫中遍寻皇考宸翰不可得，有言建文自焚时，并宝玺皆毁矣，朕深恸之。”宝玺被焚怎么可能没有一点残骸呢?建文帝很有可能带着宝玺逃跑了，借着宝玺他就有可能东山再起，这种疑虑与担忧始终萦绕在明成祖心中。《明史·胡濙传》记载，永乐五年朱棣派遣户科都给事中胡濙，以颁布御制诸书、寻访仙人张邋遢为名，暗中侦察建文帝的踪迹，前后长达十六年之久。所有这些都表明，建文帝有可能逃出宫了。
逃向何方
关于建文帝出亡一事，以清代学者谷应泰编撰的《明史纪事本末》的记载最具有代表性。它成书早于《明史》，为私人著述，权威性是被当时人们所认可的。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。
据谷应泰记载，建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，欲自杀。翰林院编修程济建议，不如出走流亡。太监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，交代说，如有大难，可以打开。众人一起赶到奉先殿左侧，看到一个红色宝匣，四周用铁封着，锁也用铁灌注。建文帝一见祖父的遗物，不免悲恸，下令焚烧大内，皇后马氏赴火死。程济砸开宝匣后，但见里面有三张度牒，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有和尚的袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。写着：“应文从鬼门出，其馀人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”建文帝叹道，这岂非天数!程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。杨应能表示愿意剃度，随帝流亡;监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑。于是决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。民间盛传当建文帝出鬼门时，门外正好有一艘小船，船中有一道士，呼建文帝乘舟，并叩首称万岁。道士说：“昨夜梦见高皇帝，命臣来此守候。”
这段富有传奇色彩的文字，其真实性让人怀疑，可谷应泰讲得栩栩如生，令人真假难辨。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京了?
在此后的一些典籍中，也出现了关于建文帝逃出宫所走密道的描述。《明史考证》有这样一段记载：“宫中阴沟，直通土城之外，高丈二，阔八尺，足行一人一马，备临祸潜出，可谓深思熟虑矣。”但是传说中的密道是否存在呢?对这段历史很有研究的季士家老先生多年前发现，1978年太平门里一家叫南京钢锉的工厂要建栋新楼，挖地下室挖出了地道。从挖出情况看，高度大概在两米五左右，宽度在两米左’右。当年发现地道的地方就在原来明皇宫的旁边。可这一个地道是否能直通皇宫?2005年6月的一天，季老先生接到一个电话，说在清凉山旁边的国防园发现一个明代涵洞。涵洞位于原明故宫的宫城外，在明代主要是为排水用的，但不下雨时，是没水的旱洞，完全可以容纳一个人通过。根据季先生的推断，这个涵洞很可能就是地道的出口。为了求生，建文帝使了一个火烧皇宫的金蝉脱壳计，从这个涵洞钻进地道逃走了。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢?综合各种资料，有如下几种说法：逊国为僧，云游四方
正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。当时建文帝被撵下台后，可以说是四面楚歌，无处藏身。因为当年建文帝大刀阔斧地“削藩”时，引起了藩王的恐慌和憎恨，这个时候根本不可能有哪个藩王站出来帮助建文帝，因此他只有去西南的贵州一带(当年贵州尚未建省，于永乐十一年，即1413年才正式建省)。为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、青海一带，很多地方都留有建文帝的遗址和传说。
云南省楚雄州武定县狮山，现存很多有关建文帝的历史遗迹和传说。在狮子山上，原先由元代印度僧人指空和尚扩建的正续禅寺，并没有指空和尚的一席之地，在大雄宝殿中央端坐的却是建文帝身披袈裟、头顶摩戒的塑像。寺内大雄宝殿的柱子上，则有这样一副楹联：“僧为帝，帝亦为僧，数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧;叔负侄，侄不负叔，八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高。”联内所说的皇觉寺，指明太祖朱元璋早年为僧之所;“叔负侄”指朱棣篡夺了侄儿朱允炆的帝位。显然作此联的古人坚信朱允炆曾在此为僧，并寄以同情。
联中“衣钵相传”语，概括了祖父朱元璋由僧为帝，孙子朱允炆由帝为僧的沧桑巨变。在《明史纪事本末》中，记载有建文帝所作诗词数首，都是反映他在云南一带流浪生活的，如《宿永庆寺》、《罗永庵题壁七律两首》、《七言述怀》等。其中《七言述怀》云：“牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。长乐宫中云气散，乾元阁上雨声收。新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。”据说这首诗是建文帝在朱棣死后，“决意东行”，拟回京参见新皇帝时所作。今日狮子山上亦立有此碑。
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