若没有日本人的入侵，吴佩孚原本是要在北京城里颐养天年的。可是，卢沟桥事变的枪声打断了他的残梦。
1937年初夏，日本人通过卢沟桥事变快速侵占了北平，一直不肯去南方做蒋的清客的吴佩孚，成了敌寇辖下的高级寓公。
和吴一样留在北平的一些有身份的人士怕死也怕失去悠闲的日子，便摧眉折腰事倭寇，其出任伪职的经历成了终身难以洗净的污点，这其中不光有吴的一些北洋同僚与旧部，也有北大名教授周作人这样的名士。
像所有的异族统治者一样，敌寇急于在占领区建立从属于自己的傀儡政权。日本人看好了两个一直与蒋介石不对付的中国人，一个是中国当朝二号人物汪精卫，一个便是曾统兵近百万的北洋时代最有人格力量、“在北洋军阀中，比较还像一个人”的吴佩孚。他们希望“汪吴合作”，一南一北，一文一武，敦请这两位强人出任傀儡政权的头儿，则亡华春梦便可变现矣。
尽管汪精卫终于答应“合作”，从重庆逃到了河内，但一直在日本人眼皮底下的吴佩孚却沉默如山，任冷落多时的什锦花园突然冠盖聚集说客盈门，却统统无补费精神!这其中，既有他的前部下、后来当了汪精卫伪政权军事首领的齐燮元，更有战后被国际法庭绞死的甲等战犯、日本驻华特务机关首脑土肥原贤二和华北派遣军参谋长板垣征四郎。吴佩孚不为所动、不受抬举、不肯附逆，天长日久，院里松柏本色不凋。
北平沦陷后，吴佩孚一直是日方拉拢的重点对象。日方利用这幅吴氏家庭合影，大造舆论。
日本人对吴佩孚是寄予厚望的。日本人大伯通贞受命进入北平，邀见吴佩孚，请吴出山担负“兴亚”大任。吴佩孚没有答应。随后日方又派更厉害的号称“东方劳伦斯”的中国通、日本著名特务头子土肥原贤二，决心要把吴佩孚拉下水来。且读一份战后日本“土肥原贤二刊行会”编撰的一段文字：
当时日本军以破竹之势，席卷华北、华中、华南。以王克敏、梁鸿志、德王为首的政府相继成立。土肥原作为陆军、海军、外务三省特别委员会的负责人，正在策划在三个政府之上建立以吴佩孚为首的中央政府的工作……
其实吴佩孚也答应过“出山”，条件也极简单，只一条：请日本人撤出包括东北在内的所有中国领土。而且，他也确实令旧部于河南开封一带集结改编成了“皇协军”，甚至还派人在山东境内招过兵，只是后来该部“全部潜逃”，“回归重庆军建制”(日本人语)人们才知道了吴氏的初衷。
日本人还越俎代庖地在什锦花园为他安排过一次记者招待会，他尚未开口，中外记者们已经读到了打印好的“吴氏对时局的意见”。
1939年3月30日，百余名中外记者拥向什锦花园。花园内戒备森严，进场的记者每位都发有一份中英日三种文字形式的“讲稿”。吴佩孚在众人的簇拥下进入会场，并客气地向记者先鞠了一躬，然后仅瞥了一眼案前的“讲稿”，做即席讲演。开始的讲话土肥原十分满意，讲着讲着吴佩孚把话锋一转，就提出了恢复中日和平的两个条件，即日本无条件全面撤兵，中华民国应保持领土和主权完整。吴佩孚同时还大声命令翻译按他的原话，一字一句地进行翻译。会场的中外记者纷纷疾笔如飞记下了吴佩孚最真实的讲话。随后吴佩孚把土肥原事先准备的“讲稿”从案前拿起来，然后狠狠地摔在地上，用力踩在脚下。
土肥原气得浑身发抖，脸色腊黄。吴佩孚巧妙地用记者招待会的形式，揭穿了土肥原散布的流言蜚语，粉碎了土肥原的阴谋。
后来日本人以死威逼，不想一到吴的家里，吴佩孚就请他们看一样东西，原来是一具黑漆棺材，吴佩孚已经在上面刻上了自己的名字，只空了年月日。日本人利诱威逼均告失败。
他的态度自然不会让日本侵略者高兴。
1939年11月中旬的一天，吃饭的时候，吴佩孚对身边的幕僚们说：“牙齿出了毛病，镶的金叶子有点刮舌头。”大家说：“那换一个好了。”当天晚上，派人将镶牙师找来，因为这名镶牙师就是当初为吴镶牙的。兴许吴佩孚是因为年龄老了的缘故，牙齿上有空洞，但并没有填补。12月4日，身体健壮的吴佩孚意外地因吃羊肉饺子，骨屑正钳在牙齿的空洞里，几天后，两腮红肿，疼痛难耐。于是，“学生”川本芳太郎携领日本军队医寺田及护士，由华北大汉奸齐燮元陪同来到吴宅。寺田检查后，声称需立即做手术，在日本军医再三说服和齐的劝慰下，对吴佩孚实施手术。手术后吴佩孚立即陷入昏迷。之后却得了败血症，离奇地结束了一生。从突患牙病到蹊跷辞世，只有短短的10天。
吴佩孚最终死于日本特务军医之手。中国近代史上不乏书生领军大获成功的例子，清朝的曾国藩是一个，李鸿章是一个，民国初年的吴佩孚也算其一。
从现有的资料来看，吴佩孚对日本侵华行径是痛恨的。1937年南京大屠杀的消息传来后，他绝食一天，以示抗议。1938年6月9日，国民党军炸开花园口黄河大堤，听说淹死许多日本人，他异常高兴;后又听说有140万人无家可归，他又为此失声痛哭。
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