高等法院受上诉，再度开庭，传讯证人，审理终结，改判上诉人有期徒刑七年，施剑翘仍不服，再上诉到南京全国最高法院。
施剑翘到监狱服刑后，孙案应该就此了结;但是施中达仍不放弃营救姐姐，继续奔走，向上层社会政要求助。最后通过关系找到冯玉祥。冯当时是国民政府委员，在中央说话很有影响。冯对当时社会热门话题“施剑翘刺杀孙传芳”早有耳闻，惟因地位关系不便直接出面说话。此次施中达找上门来，冯也不加推却，当即应承为施解困。
冯玉祥与施剑翘的生父施从云曾在清末同时发动滦州起义，施从云遇难，国民政府已明令将施从云列为革命烈士永志纪念。因为有这一层旧友关系，再加上冯素和孙不睦，芥蒂很深，所以冯才欣然答允施中达解救施剑翘。
冯玉祥插手解救施剑翘以后，上与最高法院院长焦易堂疏通关节，下与河北省高等法院的邓哲熙院长联络友情，同时又在国民党内联合国民党元老于右任、李烈钧、张继等中央委员联名上书国民政府，营救正在服刑的施剑翘。
在冯玉祥等人的请求下，国民政府中的不少政要皆表赞同为施剑翘减刑。在国内各民间团体继续向国民政府呼吁，要求释放施剑翘的声浪日高，发往有关方面的信电与日俱增。在民众舆论的压力下，同时也是于自身利益的考虑，1936年10月14日，国民政府委员会经过反复研究，发布公告决定赦免，全文如下：
施剑翘因其父施从滨曩年为孙传芳惨害，痛切父仇，乘机行刺，并及时坦然自首，听候惩处，论其杀人行为，固属触犯刑法，而一女子发于孝思，奋力不顾，其志可哀，其情尤可原，现据各学校各民众团体纷请特赦，所有该施剑翘原判徒刑，拟请依法免其执行等语。兹据中华民国训政时期约法第六十八条之规定，宣告将原判处有期徒刑七年之施剑翘特予赦免，以示矜恤，此令。
施剑翘入狱将近一年，1936年10月15日，国民政府主席林森的特赦令下达后，河北省高等法院饬令天津地方法院遵照国民政府训令，当日宣布施剑翘赦免释放。此时，施剑翘听到这个消息，神情显得异常平静，她脱去囚服，重获自由，却并未欣喜若狂。
由国民政府直接出面干预司法，在民国时期甚为罕见。
施剑翘被赦免走出天津第三监狱的大铁门后，孙家及孙部旧属对此均表强烈不满，有的部将甚至要拉队伍和国民党拼命，最后经内部讨论，大家都感到谁也不能推翻国民政府的行政命令，只有将满腹怨恨埋在心里。孙家和支持孙家的一方后来得知是冯玉祥从中为之出力，皆对冯恨之入骨。
孙家在这场官司中花费虽巨，亦没得到圆满的解决，眼看着女凶手逍遥法外，亦奈何不得，怨愤之余，惟一的心理慰藉就是厚葬自己的老人孙传芳。最后孙家出资16万元，在孙传芳生前在北平市西山卧佛寺侧畔购置的一块茔地建造一所孙氏祠堂和孙氏墓地。这项工程由程登科会同卧佛寺主持智宽共同承办，监工修造由程的盟兄何毓华负责。经过三年多的时间，孙氏祠堂和孙氏的陵墓全部竣工。1939年3月，孙传芳及其张氏夫人、周氏夫人均妥善得以安葬。
施剑翘被放不久，抗日战争爆发，她先后辗转到长沙、重庆等地，筹措慰劳品，办从云小学，做了不少有益于国家、人民的工作。1952年她因病移居北京。病愈后又称居五台山光明寺村，并以居士身份在碧山寺修行。之后为北京市政协委员会特邀委员，1973年病逝。
原来孙、施两家恩怨，社会各界并不了解，近经双方彰明事情原委，则仁者见仁，智者见智，各有不同看法，不过大多数人认为孙传芳是北洋军阀死不足惜，也有一小部分人认为此乃情法之争，总的来说多数人已经站在同情施剑翘的立场上了，甚至有人倾慕“侠女”行为。
孙传芳被刺事件发生后，过去在军政界有地位的居士们，对居士林从此视为畏途，裹足不前，靳云鹏偶尔来林，亦必戒备森严。一般居士也认为居士林是个凶杀之地，不敢问津，以为真是佛法失灵。昔日车水马龙的胜地，一变而为门可罗雀的僻境了。
对于这件刺杀案，很多人认为就是施剑翘为父报仇，但是另有一些人则不这样认为，他们认为这件刺杀案表面上是蒋介石接受了冯玉祥的请求，以政府的名义，把施剑翘特赦了。但实际上真正原因是因为蒋介石早就对孙传芳恨之入骨，早就想杀掉他。这时候，正好遇到施剑翘刺杀孙传芳的案件，这恰恰符合蒋介石的心意。蒋介石正好一石二鸟，一方面给冯玉祥卖个人情，另一方面也解决了自己的心头大恨。
蒋介石为什么要杀孙传芳呢?这还要从1933年军统局刺杀张敬尧说起。
1933年5月7日，军统局北平站站长陈恭澍、天津站站长王天木伙同军统局北平站工作人员白世维，将曾任湖南督军的张敬尧刺杀。
多年后陈恭澍回忆道：当时北平军分会代理委员长何应钦发出了一道制裁令，刺杀张敬尧，必须执行。因张敬尧与日本人勾搭，发动叛变，制造暴乱。又说和张敬尧一起来北平共同作乱的，还有曾任五省联军总司令的孙传芳，后他侥幸逃掉了。
孙传芳虽然当时幸免一死，但也跟张敬尧一样，入了蒋介石的制裁名册。只是，因为孙传芳深藏于天津租界内，窥伺时机，暂停汉奸活动。再加上蒋介石又下达了对石友三的制裁令，军统局顾此失彼，才使孙传芳又多活了两年。
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