1912年2月初，临时参议院毫不留情地拒绝了宋教仁的组织法草案。但是，当南北议和告成，孙中山即将让位于袁世凯时，临时参议院又匆匆忙忙起草并公布了《中华民国临时约法》，以限制袁氏专权。其实就是抛弃总统制，采取责任内阁制。这虽然是对宋教仁的宪政思想的肯定，但最高立法机关因人更法，轻率改变国家行政体制，并将其写进具有宪法效力的临时约法，毕竟是民国立法史上的败笔。
南京临时政府结束后，孙中山去职下野，热衷于铁路建设。黄兴等革命元老消极彷徨。只有宋教仁还以饱满的热情站在政治斗争的第一线，希望通过建立责任内阁维护共和制度。宋教仁于4月27日就任唐绍仪内阁的农林总长，立即开始实施他的政党政治理想。他让仇鳌等人创办《亚东新报》，以利用宣传来监督政府，指导国民，并以“桃源渔父”的笔名，在报纸上发表长篇论文。
可一心想要复辟的袁世凯一上台，就不断破坏责任内阁制。他不经国务总理的部署便自行发布政令，不断破坏《中华民国临时约法》的准则。唐绍仪愤而辞职以示抗议。7月上旬宋教仁也因为不满袁世凯的行为辞去农林总长职务。内阁总理一职落入袁世凯的特务头子赵秉钧手中，责任内阁名存实亡。
7月21日，同盟会本部召开夏季大会，宋教仁当选为总务部主任干事，成为同盟会实际上的主持人。他加快了组织大党的步伐。8月25日，以同盟会为核心、联合国民公党、国民共进会、共和实进派等党派，组成中国国民党，召开成立大会。孙中山选为理事长，宋教仁以仅次于孙中山和黄兴的票数当选为理事，被孙中山委任为代理理事长。此时，孙、黄的兴趣和主要精力放在实务建设上，主持北京国民党本部的就是宋教仁。
年底，国会议员选举拉开序幕。1913年3月，国民党获压倒多数席位。宋教仁作为国民党代理理事长，自然成了责任内阁的组阁人。
宋教仁是资产阶级政治家，他憎恶封建君主专制，在中国长期不懈地推行西方资产阶级民主宪政。为尽快实现民主宪政的理想，宋教仁亲临长江各省演讲，尖锐抨击袁世凯专制政治的黑暗，积极宣传责任内阁的主张。他向大家描绘未来宪政共和国繁荣昌盛的美好前景，听者人人振奋，所到之处掌声雷动。此时，各地选举越来越有利于国民党，最终获胜似成定局，对宋教仁当选内阁总理的呼声也很高。
面对这样一个人物，一世奸雄袁世凯岂能无动于衷。谭人凤曾一语道破个中厉害，“国民党中人物，袁之最忌者惟宋教仁”。宋教仁的行动危及了袁世凯的独裁统治，更危及了他下一步要当皇帝的梦想。
袁世凯极力拉拢宋教仁，送他西装，连尺码都非常准确，还送他交通银行五十万元的支票一本，请他自由支用，但宋教仁只略取少许(二三百元)，离京南下前夕即让赵秉钧交还袁世凯，留信一封表示谢意：
绨袍之赠，感铭肺腑。长者之赐，仁何敢辞。但惠赠五十万元，实不敢受。仁退居林下，耕读自娱，有钱亦无用处。原票奉璧，伏祈鉴原。
这就是宋教仁，虽然谭人凤说他“英而不雄”，但他是一个有自己的政治人格、有操守的人，袁世凯的金钱无法收买他。他是个有热烈理想的政治家，不是为了追求高官厚禄。他是个“崭新的人”，“非一般政治人物可比”，袁世凯那一套制人术因此在他这里失去了作用。袁世凯见收买不成，便开始安排特务密切监视宋教仁的行踪。
宋教仁这时已是众望所归，他如果能顺利到达北京，根据约法组织内阁是任何力量都没法阻止的。因此他1913年3月2日游杭州时所写的《登南高峰》一诗中就有“海门潮正涌，我欲挽强弓”这样的诗句，虽然是写景，抒发的却是他胸中的抱负。当时实现民主的时光已经指日可待，所以他的诗里洋溢着的是一种胜利者的喜悦。甚至临终前他还致电袁世凯寄予殷切的期望，章士钊说他是“至死不悟”，他对袁世凯所代表的中国根深蒂固的专制力量实在是认识不足。
宋教仁年纪轻，阅历浅，读书也不够深入，以为只要一部“约法”，一个在国会拥有多数议席的“党”，藉着“责任内阁”的空名，便可以对付袁氏，这其实就是书生之见。
在武汉，谭人凤曾告诫他“责任内阁现时难望成功，劝权养晦，无急于觊觎总理。”他还告诉宋教仁，有秘密报告说会党头目应夔丞在北京直接与政府交涉，领有巨款，要他注意戒备。但宋认为这些都只是“杯弓蛇影之事”。
在上海，陈其美也要他提防暗杀，他还狂笑说：“只有革命党人会暗杀人，哪里还怕他们来暗杀我们呢?”许多朋友来信要他多注意安全，他都以为是谣言。3月20日，他动身北上那天他到《民立报》和记者徐血儿话别，徐血儿请他慎重防备，他还是坦然地说：“无妨。吾此行统一全局，调和南北，正正堂堂，何足畏惧，国家之事，虽有危害，仍当并力赴之。”
显然，危险已经紧紧跟随宋教仁身后，而宋教仁确实不是个有心计的人，对自己的危险全然不顾。而且，正因为宋教仁搞政治锋芒太露，党内党外都树敌太多，招忌太甚，纵是一般国人、党人，对他也不太心悦诚服。宋教仁是一位爱国者，一位有为有守的君子，并非可怕之人。只是他少年气盛，精力过人，心比天高，自命不凡，个性倔强，毫无顾忌。特别是他做起演说来，听众总是掌声如潮，欢声雷动，在政敌听来，就更感到威胁了。
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