尽管损失惨重，沦陷区的一部分设备仍在内迁的途中，但是抗战一开始，荣氏兄弟就投入了抗日救国的伟大洪流之中。他们在一个多月内，先后捐助国民军面粉5万包和其他许多慰劳品;还把申新三厂装运棉花的船只交给荣永记轮船公司到上海接运难民回无锡，费用全部由荣氏兄弟负担;公益铁工厂奉政府之命，停止生产纺织、面粉机器，专门生产手榴弹、地雷等军需品，支援前线;还把济南茂四积存的几万包面粉和数千包小麦，用记账方式转交给第三集团军充作军粮。
1937年11月，荣德生避居武汉，全力支持他的女婿李国伟加紧生产。他们将申四、福五的生产设备通过水陆两路，运往四川、陕西。根据荣德生“报效国家社会，在荒僻创建事业”的指示，李国伟等人经过多次实地勘察，先后在重庆、成都、宝鸡、天水等地建立新厂，规模虽然不大，但开工很足，获利丰厚，为支援抗战和发展内地工业做出了贡献，也为荣氏企业清偿战前债务、恢复战后重建积累了资金。
1942年5月，汪伪政府进行“币制改革”，荣德生抓住这个新旧货币交替、黄金价格暴涨的机会，利用抗战以来企业的赢利，一举还清了战前积欠的几千万元债务。好不容易喘口气，这时候，日本人又找上门来。
日军曾提出要无锡申新三厂和茂新二厂“合作经营”，或者签订租约租用这两家工厂，荣德生都严词拒绝。日商丰田纱厂企图强行收买上海申新一厂和八厂产权，荣德生也不答应。汪伪政府的“外交部长”大汉奸褚民谊为了讨好日本侵略者，专门在国际饭店设宴招待荣德生，企图迫使他做出让步。
面对日伪势力多次威逼利诱，荣德生说：“我是中国人，决不把中国的产业卖给外国人!”他还正告大汉奸褚民谊：自己宁为玉碎，不为瓦全!荣德生眼看着日军把企业搬空、摧毁，也丝毫没有屈服之意，铁骨铮铮，为整个家族作出榜样。结果，没有一个荣氏子侄或亲属向日伪屈服，也没有一家荣氏企业愿同日商“合作”。
抗日战争胜利后，荣德生满怀喜悦的心情，立即投入到旧企业的修复和新事业的创建中。他曾真诚地希望政府能向日本索取赔款，以补偿荣家企业在战争中遭受的重大损失;并希望得到政府的扶持和借款，以便有足够的资金致力于企业的恢复和发展。
然而，残酷的现实把荣德生的理想化为泡影。蒋介石政府一意孤行，坚持独裁、卖国、内战三位一体的反动政策，四大家族官僚资本更是巧取豪夺，变本加厉地压制民族工业。荣家企业既没有得到日本的赔偿，也没有得到政府的借款，还在收回被日伪强占和搬走的设备时，多次遭到接收大员的无理刁难和公开勒索。
抗战胜利后的几年里，荣德生除了在无锡创办了天元毛麻棉纺织厂、开源机器厂等几个规模较大的新企业，修复了申新三厂，重建了茂新一厂外，原有的纺织、面粉企业几乎都没有得到新的发展。还有些毁于战争的老厂，如上海的申新八厂，始终没有恢复。战后荣家企业的规模和产量都没有达到战前的最高水平，而且逐年缩减。
在企业不断遭到惨重损失的同时，更令荣德生悲痛的是，自己和家人接连发生意外。荣氏家族的成员接连遭到劫难。1937年底，荣宗敬为了维持企业生产，曾参与以工商界人士为主体的上海市民协会的活动，不料这个组织的幕后操纵者是日本侵略军。真相被揭露后，他毅然脱离关系，为了躲难，只好于1938年1月4日秘密离开上海。年老不堪周折，2月10日，这位荣家企业的创始人在悲愤抑郁中病逝于香港养和医院，终年66岁。1939年7月20日，荣德生的长子荣伟仁因患鼻咽癌在上海去世，年仅34岁。1940年，次子荣尔仁被匪徒绑架，在魔窟关了58天。1942年，三儿子荣一心又被日本宪兵队扣押。
而荣德生自己被绑架一事，鉴于事发过程中的危险、无奈，和事发后的迷团百出，更令他深切体会到国家政权稳定的重要性。否则，纵有再多资产，也有一朝尽失的可能，纵使再有雄心抱负，也有难寻施展天地的时候。
绑架案发生在1946年4月25日，荣德生已值71岁高龄，在上海的家中吃过早饭又休息了片刻后，大约10点钟，他和三儿子荣一心、女婿唐熊源一起乘福特轿车去江西路的总公司办公。轿车刚驶到高思路转角处时，突然从马路斜处解角落里蹿出三个身穿军装的人，双手一横，拦在汽车前面。司机猛一惊乍刹住车，那三个已挥舞着手枪向车里的人吼道：“下来，赶快下来!”荣德生和儿子、女婿都愣在原地。坐在司机旁边的保镖把头伸出车窗，略微壮胆地问道：“你们是干什么的?”
为首的一个军官取出一张红色逮捕证，在他们所有人面前晃了一晃，荣一心眼利，看到那张纸上面盖有“第三方面军司令部”的大印，还有淞沪警备司令部二处处长毛森的签字，不禁目瞪口呆。保镖顿时吓得失了神色，面对不法匪徒还好，面对军府人员，他们就不知该怎么办了。军人们见势，乘机将荣一心和唐熊源拉下车来。其中一个军官大声宣布：“荣德生是经济汉奸，请他到局里去一趟!”另外两个人不由分说，硬把荣德生拉下福特轿车，强行将他架上了早就停在旁边的小汽车。三个军人紧跟着钻进了汽车，引擎立即发动，风驰一样开去，整个过程还不到3分钟。
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