在为《最后的晚餐》做准备时，列昂纳多写了大量笔记并画了一些草图。他将要画的使徒分成4组，每组3人，以耶稣为中心，6个使徒分别在他两边。在做准备工作时，他把每个人物的动作表情都记录在笔记上，例如：
正在喝酒的人把杯子放在桌上，转头看向说话者。另一个使徒则把手指绞在一起，向同伴皱着眉……还有一个使徒在邻座的耳旁细语，听者把身体靠向他，在听他说话的同时，手中还拿着一把匕首。
他详细构思了使徒们当时的表情和状态。在表现年轻的人物时（例如雅各和约翰兄弟），为了让他们和皮肤黝黑、蓄着胡须的年长者有所区别，列昂纳多写道：
长发随着风在年轻人的脸庞周围飘动着，瀑布似的卷发使他们看上去更美.
尽管《新约》中并没有把雅各、约翰和腓力描述得特别年轻，但绘画的惯例是把他们画得比其他人年轻一些。约翰在很多版本的《最后的晚餐》中都显得很年轻，有时甚至被描绘成一个小男孩。列昂纳多也不例外。他画中的约翰很年轻，而且符合他笔记中的形容。列昂纳多的素描《腓力》（见图22）加图22，《使徒腓力》——习作
和水彩画《耶稣》（见图26）
加图26《救世主耶稣》——习作
中的年轻人就是很好的例证。另一幅雅各的习作也大致相同。在图27中我们可以看到修复后的《最后的晚餐》中的约翰。加图27，约翰（复原后）——《最后的晚餐》
再回到《达·芬奇密码》，我们在小说中还看到了另一个人物，圣杯执著的研究者雷·提彬爵士，就是他告诉索菲·奈芙画中的约翰其实是玛利亚·抹大拉.他还让她注意彼得（坐在旁边的人）把手像刀刃一样横在玛利亚的脖子上。
在艺术界，有很多关于《最后的晚餐》的作品都取材于福音书.列昂纳多选择了《约翰福音》的第13章第21节那个场景：耶稣宣布其中的一个使徒将会背叛他。《约翰福音》中写道：“门徒彼此对看，猜不透所说的是谁”.它还提到彼得在和另一个使徒商议（通常的看法是约翰），“点头对他说，你告诉我们，主是指着谁说的。”
列昂纳多的作品表现了彼得正在询问的场景。他和邻座的人之间并不存在任何敌意。那个使徒正在往他怀里靠，听他说话。在1994年壁画修复之前，彼得的手也许摆成了刀刃的样子，但现在我们能清楚地看到，他只是把手轻松地搭在另一个使徒肩上（见图24）。许多其他画家也是这样描绘这个场景的，例如汉斯·荷尔拜（见图25）。画中的约翰同样非常年轻，头发比彼得的长，也更有魅力。加图24-25《最后的晚餐》——局部
“《最后的晚餐》（1495年）局部细节图，取自马库·奥焦诺1524年的临摹画，图中彼得的左手放在约翰的肩膀上，右手藏着一把小刀”
接下来在《达·芬奇密码》中，也提到了一只“握着匕首”的“无名”之手.那只手出现在安德烈和犹大之间。在1999年这幅壁画被修复完成之前，从画面上的确很难判断这只手是属于谁的。然而，我们现在可以确认它的主人就是彼得，而且他手中拿的并不是一把匕首，而是一把小刀。更幸运的是，在列昂纳多的杰作损毁之前，也就是在它面世30年间，列昂纳多的很多学生都临摹了这幅壁画。在每幅临摹画中，彼得的右手都被表现得很清楚。当他从犹大身后靠近约翰说话时，他的右手别扭地弯着。后来当耶稣在客西马尼被捕时，是彼得抽出剑削掉了马勒古的耳朵（《约翰福音》）。当时的情景是，彼得在询问约翰是谁出卖了耶稣时，同时在身后藏了一把小刀。而讽刺的是，坐在他们中间听他们说话的人正是犹大。
在早期的临摹品中（1520年左右）同样表现出了彼得的左手轻松地搭在约翰的肩上，同时还画出了耶稣的酒具。《达·芬奇密码》中提到耶稣应该像《圣经》中所说的那样，有一个装酒的圣餐杯.事实上《圣经》里并没有这个说法。三篇《对观福音书》提到的酒具是一个普通杯子，而在《约翰福音》（列昂纳多所参照的）中根本没有提到象征鲜血的酒。
《达·芬奇密码》的不合宜之处在于，在所有推论和这幅画扯上关系的时候，它都应用了一个废弃过时的假定。在提及画作《最后的晚餐》在1954年被马罗·佩里西奥里修复后，提彬说：“……许多艺术书籍上的照片都是1954年之前拍的，那时这些细微之处被层层的污垢掩盖着，而且大量的修复工作都是由一些笨拙的工匠完成的……至少，现在这幅壁画终于被清理的跟原作一模一样了”.然而，事实上佩里西奥里并没有将原来的复绘清除掉。在他简单的清理之后，显现出来的仍然不是列昂纳多的原作，只有1979至1999年的修复工程做到了这一点。但《达·芬奇密码》却对此不加理会，它那抹大拉永存于画作中的旧理论最终被巴西龙博士的工作颠覆了。
根据严格的历史记录，耶稣和使徒们最后的晚餐并非我们通常认为的逾越节餐会。在餐会上耶稣也没有举行血酒仪式。按照《死海古卷》中的《会规手则》，最后的晚餐应该是救世主宴会（即主的宴会）。而且和耶路撒冷逾越节庆祝活动相比，同时进行的救世主宴会有着完全不同的重大意义。宴会的主要主持人是大祭司和以色列的救世主.宗团的信徒则由12名使徒作为代表，他们被称为宗运公会。《会规手则》（最古老的艾赛尼文献之一）列出了所有人的座位次序，并详细记录了宴会中要举行的仪式。其中写道：
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