在艇上，韩星惊讶地发现，柳雅智父女也在艇上。原来柳氏父女是日本极右翼组织的间谍，多年来潜伏在中国，目的有两个：一是为了获取中国的国之利器——核潜艇的秘密，二是他们利用医生这个职业作掩护，大量采集中国人的基因样本，研制一种叫“SARS”二号的基因病毒武器，专门针对华人。此种病毒比中国在2003年流行的“SARS”一号传染性更强、更难防治、也更阴毒。病毒不会致死，却能够让感染者很快变成植物人，一旦传染开，中国国力尽失，危在旦夕。柳雅智当初施美人计接触韩星，就是因为发现韩星有可以让植物人康复的特效药，王子之吻。但是，董小方投靠日本后，柳氏父女知道了药物的秘密，知道这种药物极难量产，不足以破坏他们的阴谋，便放弃了对韩星的工作。
韩星知道这些阴谋，特别是知道“SARS”二号已在日本本土量产，并将于第二天晚上向中国传播，韩星心急如焚，却无计可施。
天明，潜艇进入日本海海域，正式浮出水面，悬挂日本国国旗，日本政府对此表示欢迎，迫不及待地宣布将094潜艇纳入日本海军编制。国之利器落入人手，中国的国际地位一落千丈，却无可奈何。韩星痛骂董小方，董小方不为所动。
这时，韩星惊讶地发现，艇上刘一舟等叛国军人纷纷昏倒。原来，董小方使用了他们曾经用来对付韩星的“浅蓝色海豚”迷药。
董小方和他的一众同伴制服了柳氏父女，释放了韩星，并解开谜底。原来，董小方和楚云儿都是中国国家安全局的海外特工。对炎黄的种种措施，都是为了骗取日本人的信任，最终利用自己研制的“王子之吻”技术，换得了日本人的核心机密。老兵之所以能够通过密道进入基地，也是董小方的精心策划。他料定必会有此结果。但董小方唯一没有计算到的，却是楚天明会如此刚烈。因为女儿投敌失节自杀。楚云儿为了国家利益，付出了极大的牺牲。
在日本右翼政府即将发动生物袭击的最后关口，董小方决定，利用核潜艇上的百枚核弹核平日本，消灭病毒。他把手放在了核按钮上，目标，也锁定了日本诸岛。
韩星因中子弹一事改变观念，认为董小方此举是反人类，劝董小方三思。董小方劝说韩星，潜艇已并入日本海军编制，他本人是日本籍，此举对中国并无危害，日本只能吃哑巴亏，国际社会也无话可说。而且，国家在危难关头，不是你死就是我亡。
董芳芳附议韩星的意见，并且说，她的新成果，就是二代王子之吻，已经研制成功并在海州炎黄制药量产，且并不昂贵，日本生物武器的威胁不足为患。
最终，董小方被说服，潜艇回归中国。日本朝野震动，但并不敢拦截或者攻击满载核武的核潜艇。
回国后，病毒已经小范围流行。依靠王子之吻，疫情终于得到控制。而日本政府使用生物武器攻击中国一事，也因受韩星感动而洗心革面的柳雅智提供证据而大白于天下。之后，柳氏父女切腹自杀。
日本政府因犯众怒，被联合国制裁，美国有心阻挠，但面对国际国内正义的呼声只能放弃。中国以核武为后盾出兵日本，清查大规模杀伤性武器，解除日本武装，成为占领国，并扶植亲华政府。日本在百年之内不再能够对中国产生威胁。
韩星、林清雅、谈晶晶，还有董小方兄妹和他们的配偶，钱玉成楚云儿夫妇，经此一疫，已不再适合在中国公开露面，便移居非洲基地，重建了一个世外桃源，安度余生。
至此，全书完。
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