建文帝嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰销败亡。
第二，huáng子澄、齐泰、方孝孺皆书生，苍猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误已误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统师军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”，而反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是qiáng弩之末的燕军以致命的最后打击。
另外，纵观整个龙虎斗过程，建文帝一方除盛庸、平安外有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大师之才。这也要“归功”于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被株除gān净，留下的全是三、四流将领，自然不是燕王朱棣的对手。
壬申殉难——朱棣残杀建文臣子的倒行逆施
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）huáng子澄、齐秦、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的没老二太监。他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辩马牛，完全被禁锢成一个痴呆）。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起糙自己的继位诏书（朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子，”绝不可杀）。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰桎白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君”（意指他自己）
方孝孺咄咄bī人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年），朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可糙！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残bào本xing。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，jian臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪jiāo流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此ròu甘甜否？”铁铉历声回答：“忠臣孝子之ròu，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，nüè杀其十来岁的两个儿子，并硬bī铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当jì女，任由兵士蹂躏。
对建文帝刑部尚书bào昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣又先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里bī他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐秦，也是因其不屈，送刑场凌迟；对太常卿huáng子澄，也赤其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，jiāo杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣lángxing大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣nüè杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应秦这样叹道：
“嗟乎！bào秦之法，罪止三族；qiáng汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过份的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中yínbào凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司（公家jì院）做xing奴，每天受二十多jīng壮汉子轮jian，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做jì女，死后便“着抬出城门喂狗吃了”……—— “此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”（谷应秦语）
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