毛文龙本人仍旧怒气勃勃，跳脚高叫。袁崇焕站定，手执尚方宝剑，一一历数毛文龙的十二斩罪：
尔有十二斩罪，知之乎？祖制，大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。人臣之罪莫大欺君，尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。人臣无将，将则必诛。尔奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道，三当斩。每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩。擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩。部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千，走卒、舆夫尽金绯，六当斩。自宁远还，剽掠商船，自为盗贼，七当斩。qiáng取民间子女，不知纪极，部下效尤，人不安室，八当斩。驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽，九当斩。辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩。铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩。开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩。
数毕其罪状，毛文龙丧魂落魄，哑口无言，只得叩头乞免。
袁崇焕厉声询其部将：“毛文龙罪状当斩否？”
这些人皆被震住，皆惶恐唯唯。
于是，袁崇焕命人把毛文龙推出帐外，以御赐尚方宝剑立斩其首，宣示其罪。
当时，毛文龙麾下健校悍卒数万，深惮袁崇焕大帅之威，无一人敢动。
转日，袁崇焕命人取棺厚葬毛文龙，具牲醴拜奠，哭言道：“昨日斩尔，朝廷大法；今日祭尔，僚友私qíng。”
然后，他分毛文龙手下二万八千兵为四协，分由毛文龙之子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别掌管。接着，袁崇焕犒劳军士，尽除毛文龙nüè政。
崇祯帝闻毛文龙被杀，登时大骇。如此方面镇将被杀，确实出乎意料。但由于当时正倚重袁崇焕，崇祯帝只得优旨褒答，认定他杀得好，并下诏宣谕毛文龙罪状。后来，这反而成为袁崇焕被杀的一条罪名：擅杀大将。
当时与后世，均有好事者认为，袁崇焕杀毛文龙，是中了后金的反间计，自剪羽翼，亲痛仇快。这些人往往以东江镇日后耿仲明、孔有德、尚可喜等人叛明降清为口实，认为皆是由于毛文龙之死引致。
其实，袁崇焕杀毛文龙仅仅几个月，皇太极就从长城逾入内地。袁崇焕急忙携军救援。崇祯帝偏中皇太极“反间计”，自毁长城，杀掉了袁崇焕。
如果袁崇焕不死，依他的指挥控制能力，东江镇兵将肯定会被打造成为一支恢复辽东的劲旅。而假如毛文龙不死，这个跋扈明将百分百可能会叛明降清，日后也不会附于袁崇焕传后，肯定会被乾隆帝编入《贰臣传》。
毛文龙被杀的三个月后，皇太极率兵，绕过山海关，由蓟镇长城的长安、龙井关、洪山口毁边墙入寇，并攻占遵化、迁安、永平、滦州四城。
后金军忽然出现在北京城外，对北京展开围攻，即明人所称的“己巳虏变。”
人们可能奇怪，山海关是后金（清军）入寇的必经之路，他们又怎能绕到蒙古人的地界到达内地的呢。这，还要简述一下蒙古诸部的qíng况。
瓦剌的也先被杀后，鞑靼部复起。孛来拥立脱脱不花之子的不麻儿可儿为“可汗”，由于此人当时年少，称之为“小王子”。此后，相沿成习，明人把蒙古部可汗均称为“小王子”。明成化年间（1474年），作为元世祖七世孙的达延汗（《明史》中仍称之为“小王子”）一跃成为蒙古诸部共主，重新统一了蒙古。他死后，蒙古复分裂为漠北喀尔喀蒙古、漠南蒙古以及漠西的瓦剌蒙古三大部分。漠北喀尔喀蒙古由达延汗幼子承继，其有子七人，多受分封，称为外喀尔喀七部。漠南蒙古分为东西两部，由于东部的察哈尔汗是达延汗长孙博迪之后，所以名义上他是全蒙古的大汗。西部是达延汗第三子的后裔，据有鄂尔多斯。期间，又有土默特的俺答黑马冒出。这些人相互攻杀，最终，俺答汗脱颖而出。他西取青海，东并朵颜卫，势盛一时。由于想从经济上得到好处，俺答在隆庆年间（1570年）对明朝称臣，受封为“顺义王”。这样一来，除了每年得到明朝巨额赏赐外，他又可以从互市中得利。俺答还建筑了归化城（今呼和浩特），以吸引汉人定居者。察哈尔汗受俺答势力压迫，被bī东迁至辽东西拉木伦河以北，不时骚扰明朝边境。传至林丹汗（明人称为“虎墩兔憨”）时，部众qiáng盛一时，相继征服喀剌沁等诸部，东起辽东，西至洮河，林丹汗自号“四十万蒙古”的主人。
明末时，蒙古沿边qiáng部有三：察哈尔、喀尔喀（内喀尔喀）以及科尔沁，他们名义上的共主自然是有“huáng金家族”血统的察哈尔汗。本来科尔沁诸部一直与女真叶赫部联合攻击努尔哈赤，皆大败不果。努尔哈赤称汗建国后，科尔沁蒙古首先来附。萨尔浒战役后，后金击败喀尔喀最qiáng的宰塞，迫使喀尔喀五部听命于己。但这些人“时好时坏”，由于贪图明朝赏金，喀尔喀常常掉头攻袭后金。他们对后金无信，对明朝也无信。王世贞广宁大败重要原因之一，就是蒙古诸部违约不至，没有夹攻后金所致。
西征蒙古诸部的林丹汗日益qiáng大，但对诸部无恩，最终使科尔沁部完全投入后金怀抱，并连兵一处，在龙安塔（今吉林农安）大败林丹汗。林丹汗乃“huáng金家族”嫡派子孙，不搀假的元室帝胄。他有勇有智，经历数年经营，雄踞漠南蒙古。可惜的是，既生瑜，何生亮，林丹汗活的不是时候，他准备统一漠南漠北蒙古的时候，后金方兴未艾，努尔哈赤、皇太极龙父虎子，使得林丹汗在东北遭遇到极大阻力。
林丹汗此人智商高，qíng商低下，血液中流淌的满是铁木真的残bào和自以为是，向蒙古诸部巧取豪夺，咄咄bī人，使得其主领的察哈尔一部不仅没有向诸部催生“大蒙古”的凝聚力，反而形成离心力，科尔沁、阿禄等部蒙古纷纷投向后金。
1619年（后金天命四年），林丹汗致书努尔哈赤，以“四十万众英主青吉思汗（成吉思汗）”自居，称努尔哈赤为“水滨三万人英主”，威胁对方不要攻取广宁，否则将兴兵斗抗。其实，“四十万众蒙古”是个传统的概念xing数字，泛指漠南漠北大蒙古，如同中国皇帝自称“华夏之主”、“九州之主”一样。
努尔哈赤较真，回信中狠狠嘲笑林丹汗一顿，历数他们元朝当初从北京逃窜时的惨状，“揭发”蒙古的“四十万众”早已丧失无几，并讥笑林丹汗不过是个贪图明朝钱财赏银的“无赖”。发信后，努尔哈赤果断出击，一举攻克广宁，林丹汗也未敢报复，远避后金兵锋。皇太极继汗位后，三征林丹汗，万里追击，终于在天聪六年（1632年）秋天把林丹汗的察哈尔部完全击溃，倒霉的汗王本人则远遁至藏地，失去了大本营老窝。一年多后，穷途末路，众叛亲离的林丹汗因发痘死于青海大糙滩，其妻囊囊太后与其子额哲穷蹙来降，并携传国玉玺来献（此玉玺号称是传自汉代，不一定是真），漠南蒙古全部臣服于皇太极。
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