十多年后，万历四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘死于政府狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂|奇-_-书^_^网|，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马土司逮捕入狱，活活折磨而死，时年仅四十一岁。
一下子变成孤儿寡母，秦良玉含泪忍痛。她大义为重，殡敛丈夫后，未有生出任何反叛不臣之心，反而代替丈夫任石柱土司，忠于职守。
《明史》中这样赞诩秦良玉：“（其）为人饶胆智，善骑she，兼通词翰，仪度娴雅。而双下严峻，每行军发令，戎伍肃然。”
万历四十四年（1616年），女真酋长努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁新宾县）建立“大金”（后金），开始连连发动对明朝的进攻。两年后，萨尔浒一役（战场在今辽宁抚顺以东），明军惨败，诸营皆溃。自此之后，驻辽明军几乎是闻警即逃。
东北告急，在此大背景下，明廷在全国范围内征jīng兵援辽。秦良玉闻调，立派其兄秦邦屏与其弟秦民屏率数千jīng兵先行，她自己筹马集粮，保障后勤供应。为此，明廷授秦良玉三品官服。
沈阳之战中，秦氏兄弟率“白杆兵”率先渡过浑河，血战满洲兵，大战中杀辫子兵数千人，终于让一直战无不胜的八旗军知晓明军中还有这样勇悍的士兵，并长久为之胆寒。
由于众寡悬殊，秦邦屏力战死于阵中，秦民屏浴血突围而出，两千多白杆兵战死。但也正是由此开始，秦良玉手下的石柱“白杆兵”名闻天下。
得知兄长牺牲消息后，秦良玉制一千多件冬衣，配送给远在辽地的石柱兵。然后，她自统三千jīng兵，直抵榆关布防（今山海关），控扼满洲兵入关咽喉。明廷兵部尚书张鹤鸣为此专门上奏天启帝，追赠死难的秦邦屏都督佥事，立祠祭祀。不久，明廷又诏加秦良玉二品官服，封诰褒奖。
由于“白杆兵”战斗力qiáng，明廷再下令征兵两千。秦良玉闻诏即行，与弟弟秦民屏驰还石柱，征调士兵准备援辽。
抵家仅一日，重庆内乱。永宁土司奢崇明借奉诏援辽的名义，率数万人马与其女婿樊龙里应外合占据了重庆，并发兵围攻成都，大有关门当皇帝的意思。
由于同为“土司”乡亲，奢崇明派人携大笔珍宝来石柱与秦良玉“通好”。秦良玉二话不说，立斩贼使。
她派遣秦邦屏及其二子溯流西上，渡渝城后，忽然抵至重庆南坪关，扼制贼兵归路。趁天黑敌军无备，“白杆兵”突袭贼军驻于长江和嘉陵江上的水军，尽焚其舟。同时，秦良玉分兵守忠州，驰报夔州官军密防瞿塘天险，阻遇叛军沿江东下。
正是由于这位女中丈夫的调度有方，奢崇明叛军终于难成气候，出战即败。但当时川地有一带诸土司“自治”部落皆收受叛军贿赂，大多数逗留观望，惟独秦良玉率石柱兵奋勇直前，连获红崖墩大捷、观音寺大捷以及青山墩大捷。如此一来，不仅成都围解，重庆也很快得以收复，叛乱得平。
明廷叙功，秦良玉得授总兵一职，成为方面大将，她的兄弟和子侄皆获擢升。
川地甫定之后，鉴于作战中明朝官军的“熊包”表现，秦良玉上书奏称：“臣率（秦）翼明、（秦）拱明（她的两个侄子）提兵裹粮，累奏红崖礅诸捷。而（明朝官军）行间诸将，未睹贼面，攘臂夸张。及乎对垒，闻风先遁。败于贼者，唯恐（别）人之胜；怯于贼者，惟恐（别）人之qiáng。如总兵李惟新，渡河一战，败衄归营，反闭门拒（见）臣（秦良玉自称），不容一见。（李惟新）以六尺躯须眉男子，忌一巾帼妇人（自称），（其）静夜思之，亦当愧死！”
疏上，由于明廷正需石柱这样的地方力量，天启帝“优诏报之”，并下令文武大吏对待秦良玉皆要以礼相待，不得疑忌。感动之下，秦良玉更加为明廷卖命，其弟秦邦屏不久即在陆广作战中战死沙场。
崇祯三年（1630年），皇太极攻榆关不入，便率十万辫子军绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，连克永平四城，明廷大震。
秦良玉得到十万火急的勤王诏书之后，即刻提兵赴难，星夜兼程，直抵宣武门外屯兵。当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十万有余，但都畏惧满洲兵的狠武，无人带头出战。秦良玉“白杆兵”人数虽然仅有数千，但一直为满洲兵所忌惮。昔日浑河血战，让大辫子们再也忘不了这些身体矮小手持超长锐矛的士兵。因此，“白杆兵”呐喊冲杀之际，满洲兵心自发怯，加上明军中又有孙承宗这样的老将配合，最终迫使皇太极连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去（当时山海关未能攻下，也是满洲军撤兵原因，他们怕日后遭首尾截击）。
北京围解之后，崇祯帝大加感慨，特意在北京平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐彩帛美酒，并赋诗四首以彰其功：
学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。
由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
蜀锦征袍手制成，桃花马上请长缨。
世间不少奇男子，谁肯沙场万里行！
露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。
凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
凭将箕帚扫虏胡，一派欢声动地呼。
试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
观崇祯皇帝有生之年，享国日浅，遭逢多难，很少有闲qíng逸志吟诗作赋，除赠秦良玉诗外，仅有赠杨嗣昌的五绝诗传世。
迢迢西南边陲一位女土司，竟能得到大明皇帝面见赐诗，秦良玉当属古往今来第一人。
抗贼御寇保家乡
——与张献忠贼军的血战
满洲军出塞后，秦良玉率石柱兵回家乡。由于当时流贼张献忠、罗汝才等九路人马自湖广进攻四川，明廷诏令秦良玉不用再出兵援剿，“专办蜀贼”，负责守御川地。
崇祯七年（1634年），张献忠贼军破夔州（今重庆奉节），进围太平，秦良玉提兵赶至，贼寇慑于秦良玉及其手下“白杆兵”威名，仓皇逃走，川东大定。
崇祯十三年（1640年），罗汝才贼部进入巫山，为秦良玉阻遏。于是，这位绰号“曹cao”的黠贼突然进攻夔州，又被秦良玉率兵击走。
不久，秦良玉率兵在马家寨邀击贼军，杀其骁将“东山虎”，斩首六百余级。然后，秦良玉乘胜，与明军在谭家坪、仙寺岭连败贼寇，夺得罗汝才主帅大纛，并生擒其副手“塌天”。
数役下来，秦良玉部斩贼兵近万，获甲仗马骡无算，贼尸横陈遍山谷。
罗汝才率残部遁走大宁（今重庆巫溪），与张献忠在巫巴山区合军后，贼势复炽，逾过巴雳河（今重庆巫山县双龙镇大宁河），拼死攻击秦良玉侄子等人统领的石柱兵。接着，贼兵四处扎营，严重威胁到川地大部分地区。
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