燕军乘船迫岸，首先直冲盛庸主营。盛庸师溃，燕军追奔数十里。最后，杀得盛庸单骑遁，其余将士皆解甲投降。
明军舟师如此之众，竟不战而降，至此可见燕军的兵威已经非同一般。（盛庸逃跑后，朱棣不久即攻下金陵称帝。盛庸以余众降，守命驻守淮安。不久，建文帝的兵部尚书铁铉被擒获，朱棣马上命盛庸退休。很快，朱棣就派人诬告盛庸“怨望有异图”，bī迫盛庸自杀。朱棣起兵后屡战屡捷，但多次败在盛庸和平安两将之手，因此一直记恨在心。）
抢渡长江后，燕军攻下镇江咽喉要地，直奔金陵杀来。
当时，本来凤阳还有留守军队数万，但守将认为中都不能轻弃，死心眼固守中都。驸马梅殷在淮安也有数万兵，也因消息隔绝，不知所为。
建文帝到了这个地步，惊惶忧郁，天天徘徊殿庭间。无奈，他招方孝孺问计。
方孝孺只是一大儒，兵事根本非其所长。他只能在朝班上抓住李景隆，说：“坏陛下事者，此贼也。”请建文帝下令杀掉他。群臣班中共冲出十八人，都咬牙切齿，愤怒之下，争相上去拳打脚踢，差点把李景隆当众打死。
把李景隆bào打一顿，火气稍消，方孝孺出主意说：“城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足。应把城外居民尽驱入城，并把城外木材全部抢运入城，使得燕兵无攻城之具，日久就会自行撤离。”
建文帝从之。这一来，盛暑季节，老百姓毒日头下搬运巨木，饥渴劳苦，死者无数。大家为躲避拆毁自家房屋后运送房梁入城的苦差，许多人自己纵火烧屋，大火连日不息。
“屋漏偏逢连夜雨，船漏又遭顶头风。”好好的金陵城，东北角和西南角又无故崩塌，朝廷下忙派兵民抢修，怨天愁地，上下官民都昼夜不得休息。
惶急无计之下，建文帝一拨又一拨地派李景隆和诸位王爷出城，乞求燕王朱棣退兵，答应割地中分天下。
朱棣当然不会退兵，一口咬定要逮捕“jian臣”，诸王个个碰了软钉子而回。
建文帝会群臣，当众恸哭。有人劝建文帝逃往蜀地，有人劝逃往浙江，有人劝逃往湖湘，意见纷纷，莫知所之。最早立议削藩的齐泰、huáng子澄都早先出外“募兵”。至此，建文帝一筹莫展，天天长吁短叹，恨恨道：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”
燕王朱棣害怕四方勤王兵至，便派军队诸将日夜研究攻城计略，想尽快结束战斗。
哨探侦知金川门是李景隆把守，朱棣便率先派军攻打。燕军一到，李景隆与谷王朱橞马上大开城门投降。以兵部尚书茹瑺为首的数十个望风使舵的建文帝臣子也都纷纷投奔，叩请朱棣称帝。
李景隆是朱元璋重臣李文忠之子。李文忠是朱元璋亲外甥，连李景隆的名字都是朱元璋所起。此人相貌堂堂，但其实是个绣花枕头美男子。他先前丢盔卸甲亡掉八十万军队，建文帝也没有诛杀他。危难关头，他不仅不以死报，反而首先开城门投降朱棣，此人品xing也真是至差至衰。朱棣即位后，李景隆得授“奉天辅运推诚宣力武臣”，增岁禄千石。朝廷每有大事，他还站在班首主持政议。为此，诸功臣皆不平。永乐二年，朱棣的兄弟周王告发李景隆在建文朝时qiáng向自己索贿一事，不久，又有人告发他“蓄养亡命，谋为不轨”。毕竟姑表亲，朱棣不忍加罪，只是削夺他的勋号，以公爵身份归家停职。又过些时日，有大臣弹劾“李景隆在家坐受阁人伏谒如君臣礼，大不道；〔李〕增枝〔景隆子〕多立庄田，蓄童仆成千，意叵测。”朱棣这才下旨把李景隆父子连同家眷全部软禁，没收全部家财。老哥们耍赖皮闹绝食，十几天不死，也就又继续苟延残喘下去。寂寞荒凉之下，直到永乐末年才病死。
建文帝惶急，史载，他是“逊国而去”。
建文帝逊国，乃中国历史一大谜团。官方所修正史也讲“宫中火起，帝不知所终”。但朱棣“遣中使出帝后尸于火中，越八日葬之”，自己单方面宣布建文帝已被烧死。但他称帝后，仍然不放心建文帝，怕这位侄子日后东山再起，派人四处寻找。大太监郑和自永乐三年起〔公元1405年〕数次下西洋，表面上是宣示大明国威，一路挥霍金银无数，实际上最重要的目的只有一个，就是为了探访建文帝下落。当然，七下西洋，诚为我中华征服海洋的壮举，据说美洲也是三宝太监首先发现，比哥伦布还要早。估计朱棣和臣下谁也没想到，为了寻访一个小皇帝下落的航海“壮举”，会带出日后那么多大动静来。
建文帝嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰销败亡。
第二，huáng子澄、齐泰、方孝孺皆书生，仓猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误己误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统帅军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”。反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是qiáng弩之末的燕军以致命的最后打击。
另外，纵观整个龙虎斗过程，建文帝一方除盛庸、平安外有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大帅之才。这也要“归功”于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被诛除gān净，留下的全是三四流将领，自然不是燕王朱棣的对手。
壬申殉难——朱棣残杀建文臣子的倒行逆施
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）huáng子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的太监。
他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个痴呆。）
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起糙自己的继位诏书（朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子”，绝不可杀）。
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