同时下令刑部及京师地方衙门，开释系狱的囚犯，这是皇帝的生母孝庄太后的意思；但即使这样大行仁政，并不能为皇帝却病延年，到了初七夜里，特召学士两人至养心殿御榻前受命草遗诏。这两个人一个是满洲正黄旗的麻勒吉，当顺治九年满汉分榜时，他是满洲状元；还有一个叫王熙，是京师的土著，顺治四年的进士，会讲满洲话，通满洲文。
到了正月初八，是各衙门开印之期，百官上朝，得知凶信，大行皇帝在前一天晚上亥刻驾崩，于是宫中治丧，一片缟素；文武官员照满洲的习俗，首先摘去帽子上的红缨，然后依礼成服，朝夕哭临。
第一大事是立嗣君。大行皇帝共生四子，只留下了两个，皇二子福全九岁，皇三子玄烨八岁；皇位反常地落在较幼的玄烨身上，这是出于一个日耳曼人的建议。
这个西洋人的华名叫汤若望，是天主教士；明末来华传教，以徐光启的推荐，被征参与修改历法的工作。人清以后，完成修历的伟绩，被授为钦天监；以后又得封号“通玄教师”，升官进秩至正一品。这些恩宠之来，都由于孝庄太后信了天主教，而场若望是她的“教父”的缘故。选立嗣君之际，孝庄太后征询汤若望的意见；他指出福全未曾出痘而玄烨出过，以立玄烨为宜。眼前就有令孝庄太后悲痛的实例在，所以此一建议，从太后到满洲亲贵大臣，无不接纳。
在嗣君于正月初九接位以前，先颁遗诏；而公开的遗诏已不尽是大行皇帝的“末命”——满洲的从龙之臣，不满皇帝生前的作为，在取得孝庄太后的同意后，趁死无对证的机会，假借皇帝之口，完成若干制度上的改革，所以这道遗诏，“罪己”的意味特重。一开头就说：
朕以凉德，承嗣丕基，十八年于首矣！自亲政以来，纪纲法度，用人行政，不能仰法太祖太宗谨烈，因循悠忽，苟且目前，且渐习汉俗，于淳朴旧制，日有更张，以致国治未臻，民生未遂，是朕之罪一也。
开宗明义就已表明，要纠正顺治朝汉化的倾向；当然这也就是表示满洲人将掌握更多的权力。所以接下来就特别提到疏远亲贵，重用汉人之非。
宗室诸王贝勒等，皆系大祖太宗子孙，为国藩翰，理宜优遇，以示展亲。朕于诸王贝勒等，晋接既疏，恩惠复鲜，以致情谊睽隔，友爱之道未周，是朕之罪一也。
满洲诸臣，或历世竭忠，或略年效力，宜加倚托，尽厥猷为，朕不能信任，有才莫展。且明李失国，多由偏用文臣，朕不以为戒，而委任汉官，即部院印信，间亦令汉官掌管，以致满里无心任事，精力懈弛，是朕之罪一也。
另有一款，则不但满人，汉人亦认为异常明智，那就是废除“内十三衙门”。明朝以太监为家奴，而满洲则以掳掠而得的汉人为家奴，称为“包衣”；上三旗的包衣，为天子私人的奴仆，掌管了宫内的一切庶务，但自“内十三衙门”一出现，上三旗包衣就失势了。
“内十三衙门”仿照明朝宦官“四司六局”的编制，由太监主持。所以设立“内十三衙门”，就明显地表示出来，明朝留下来的太监，复得当权：“上三旗包衣”自然很不服气。只是大行皇帝乐于亲近汉人，性耽翰墨，而明朝宫内设“内书堂”教太监读书，在“司礼监”办事的太监，代批章奏，更非知书识字不可；其中出类拔萃，经史娴熟的颇不在少，久而久之皇帝便远包衣而亲太监了。特别是宠任吴良辅这么一个太监，内十三衙门就是吴良辅勾结一个在宫内办事，颇见信任的满洲人佟义所创设的。
大行皇帝驾崩，上三旗包衣，自然要趁此机会翻案，在遗诏中便有这样一款：
祖宗创业，未尝任用中官；且明朝亡国，亦因妄用宦寺，朕明知其弊，不以为戒，设立内十三衙门，妄用任使，与明无异。以致营私舞弊，更逾往时，是朕之罪一也。
明朝亡于宦官，已成定评，因此大行皇帝以此一罪自责，臣民无不额手称庆。
遗诏的最后一款，便是指定八岁的皇三子玄烨，继承皇位；并指定“内大臣”索危、苏哈萨克、遏必隆为“辅臣”，也就是所谓“顾命大臣”。
在四辅臣主持之下，嗣君接位，定年号为“康熙”。接位后的第二个月，裁撤“内十三衙门”，恢复内务府，由上三旗包衣主持，接收了前明属于宦官的一切职掌。其中供应皇家绸缎的衙门称为“织造”，分设江宁、苏州、杭州三地。苏州的织造，放了一个正白族的包衣，名叫曹玺；他的妻子是八岁的小皇帝的保姆，有个儿子名叫曹寅，随着他母亲一起进宫，是小皇帝的最好游伴。
哀诏颁到睢州，在县衙门大堂开读；汤斌以卸任官员的身分，也到场伏地听宣。一面听，一面想起在出任潼关道的时候，曾奉朱笔亲加的考语：“品行清端，才猷赡裕”，不由得起了知遇之感，流泪不止。
然而也因为这道哀诏，汤斌绝了复出之心，觉得满人的权力更见扩张，汉人仰承鼻息，不堪忍受。同时他也有件大事需要经纪，那就是重建他母亲的“节烈祠”。
赵太夫人诰封为“赵恭人”。在顺治五年，由河南提学使檄令睢知州，在汤家故居的东面，兴建“赵恭人节烈祠”。汤斌只要在家，每年都要敬谨祭祀。到他辞官回里，正好巡按河南御史，表扬节烈忠义，将赵太夫人殉难的事迹，奉报朝廷；奉到旌表，题汤家的门楣为“节烈之门”。睢州知州戴斌因为旧祠湫隘，特地改建新祠；汤斌亲自监工，其时正是流火烁金的盛暑，汤斌每天衣冠整齐地站在烈日下看工匠操作，整天不休。这分孝心和惨重将事的精神，感动了工匠，所以这座新祠，建筑得格外坚固。
到了奉主人词那一天，地方官员，一起都来行礼。然而死者的哀荣，无补于生者的思慕，汤斌想起母亲的慈爱，殉难的惨烈，放声大哭，昏倒在地；大热天又中了暑，因此生了一场大病。
病起对他的父亲是越发孝顺了，因为对慈母的哀念，并诸于严父的膝下，他要尽双倍的孝思。而他父亲便血的宿疾，越来越严重；汤斌便开始学医，穷研药性，可是他父亲还是去世了。
这在汤斌是个无与伦比的严重打击，朝夕流涕，哀毁骨立。葬了父亲，在坟上种了五百株树；每隔数天，便要去省视一遍，倘或枯死一株，便会掉泪，接着是补植一株。在他看，仿佛那五百株树，就是他父亲的精魂凭依之处。
在守制的日子中，他视继母轩大夫人如生母，家事大小，都要请命而行；轩太夫人慈爱而谦虚，称他“大少爷”。对这位大少爷，她事事满意；唯一的例外是，大少爷似乎绝了仕宦之想，读书人不肯做官，在她觉得是一件不可解的憾事。
汤斌对这一层也感到疚歉和为难——难的是有些道理，解释不清楚；他在南安的一年，曾痛自反省，认为自己虽以王阳明为法，但处事或嫌操切，或用权术，或者是碰运气，口中说得极有把握，其实内心不免彷徨，不能像王阳明那样，达到“圣贤亦不过如此”的境界而能够心安理得，无时不保持着一股“浩然之气”。这些毛病的根源，还在学养不足；所以他不愿做官，只顾读书。果然到了有把握的那一天，再为国为民做一番事业，也还不晚。
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