建安十四年七月辛未（公元209年10月10日），曹操下达了抚恤三军将士的教令，这不啻一份“罪己诏”，他终于肯接受惨痛的事实了，这也标志着此次南征的黯然收场：
自顷以来，军数征行，或遇疫气，吏士死亡不归，家室怨旷，百姓流离，而仁者岂乐之哉？不得已也。其令死者家无基业不能自存者，县官勿绝廪，长吏存恤抚循，以称吾意。
此后的几个月曹操把兵马留驻，一者为休养伤病，二者扩建刘馥进行一半的芍陂工程，命令绥集都尉仓慈大规模开垦农田。这也算是弥补些民心吧。
江陵一线的防卫战打了半年多，曹仁尽了最大努力，却始终无法摆脱被动局面。周瑜派甘宁袭取夷陵，刘备率部绕至江陵后方，意欲断绝粮道，这仗越打越被动。更不幸的是，镇守汝南的大将李通带病救援曹仁，一路上身先士卒拔出鹿角，虽然赶到了前线却因病卒于军中，曹军不仅痛失一员重将，而且严重影响了军心。万般无奈之下曹操只能放弃，命令曹仁、曹洪、满宠大踏步后退，舍弃了汉水以南的所有地盘，把防御据点圈定在襄阳和樊城。
不少臣僚对此有异议，但曹操坚持这一决定。他毕竟是身经百战的一代统帅，只要脑子不发热，依旧有独到眼光。丢弃的地盘虽大，但那些地方都无险可守，而襄樊拥有汉水作为屏障，襄阳与樊城隔水相对，南北呼应互相配合，只要守住这个地方，就可扼住敌人势头。更妙的是，襄阳以西就是房陵郡。
房陵原本只是个县，《史记》称其“纵横千里，山林四塞，其固高陵，如有房屋”，因此而得名，此地原本在益州辖下，刘璋黯弱无能，其地落入荆州控制，刘表把房陵县和附近一带提升为郡，任命蒯氏一族的蒯褀出任郡守，曹操原打算撤换此人，但是赤壁落败情势不稳，像他这样任职多年的实力派就不敢随便动了。况且蒯褀与当地最大的土豪申氏家族关系融洽，有这样深厚的基础，干脆让他们继续盘踞此郡。曹操虽没见过诸葛亮，也没听说过什么“隆中对”，但他知道房陵郡是入蜀的唯一通道，有襄阳挡住这地方，再加上对蒯褀的重用，谁都别想谋取蜀地。
恢复元气需要很长一段时间，曹操能做到的也只有这些了，是否有想不到的地方，唯有老天爷知道。
轰轰烈烈的南征彻底宣告失败，除了襄樊什么也没得到。十几万军队折损大半，统一天下的最佳机会失之交臂，曹操登基称帝的梦想也变得遥遥无期。城池舍弃了，士兵抚慰了，叛乱遏制了，一切恢复平静，但这并不等于战败的恶劣影响到此终结，恰恰相反，内部问题才刚刚显露……
收拾残局
曹操在合肥心不在焉忙了几个月，转眼又已入冬。他思考再三，还是怀着矛盾的心情回到谯县过冬。不愿意来是因为曹冲死在这里，又要面对儿子夭折的地方；不得不来是因为将士疲惫，实在难以跋涉到河北。谯县是曹操家乡，也是大批亲信将校的家乡，到家过冬也算是一种慰藉吧。
曹仁退守襄阳之后，敌人果然不再追击，但这并不意味着结束。孙刘两家开始分享成果，在鲁肃斡旋下，孙权竟把二十出头的妹妹嫁与年近半百的刘备，两家结成郎舅之亲，而且孙权还把荆州沿江诸县“借”给刘备屯军。曹操最痛恨的“大耳贼”竟成了这场战争的最大受益者。之后孙权又自命周瑜为偏将军、领南郡太守，程普为江夏太守，彻底将曹操这个大汉丞相视若无物。不过程普虽为江夏太守，却只能管江夏郡江南的那部分，江北的大部分地盘还是刘琦暂领江夏太守，治所仍在西陵县。曹操当然也不甘示弱，在更北的石阳建立治所，让朝廷明发诏书，任命文聘为江夏太守。区区一郡竟蹦出三个郡守，都说自己是正统，真是滑天下之大稽。
荆州江北之地，曹操只能睁一眼闭一眼，江南之地更是无力染指。刘备撤退南下后，第一件事就是抢占江南四郡。这四个郡实力薄弱，又失去与中原的联系，皆成待宰羔羊。长沙太守韩玄、武陵太守金旋双双被杀，曹操本欲升赏他们，没想到反倒把他们害死了。零陵太守刘度、桂阳太守赵范本就是刘表麾下，这俩人索性破罐子破摔，当初怎么降的曹操，这次就怎么降刘备，四郡全部丧失。至于临危受命的刘巴，根本掌握不了局面，被人家赶得东逃西窜，后来断了音讯，生死不明。
唯一的好消息是袁术旧部的叛乱被平定了，这仗打得还算漂亮，尤其是天柱山之战。天柱山地势险要，高峻二十余里，只有一条蜿蜒狭窄的山道，张辽亲自率兵硬闯，浴血奋战真拿下了山头，斩杀吴兰、梅成，雷薄丧于乱军之中。剩下庐江反贼雷叙，独木难支，被夏侯渊打得四处逃窜，最后跑去投靠刘备了。为了提升士气振奋人心，曹操对张辽格外嘉奖，将他的封邑翻了一倍，并授予假节之权。可这样的平叛胜利，又有什么可庆幸的？失败的阴影很难走出，实力受损更不知要何年何月才能恢复……
无眠之夜曹操闷坐寝室，心情依旧烦乱。即便如张范所言，与民休息，与兵休息，但还有些事必须要做，他不但要抚慰将士，更要给朝廷一个交待。此刻他眼前放着口大箱子，里面装满了诗文、书信、表章——这都是诛杀孔融满门从府里抄没的。御史大夫郗虑遵从曹操授意上书弹劾，处死孔融暴尸许都城门，却被太医令脂习盗去，不知藏于何处，现在该了结这一案了。如今这个案子已不单是曹操与孔融个人恩怨的问题，这个节骨眼上，曹操急需利用这件事挽回自己的声誉。
董昭满面灰土侍立一旁——他本留守许都，闻知王师败绩便赶往许都恭候，却接到指示，曹操在家乡屯兵过冬，叫他提孔融所遗文书，连同犯官脂习一同押赴谯县。董昭到许都脚跟都没站稳，又星夜兼程赶往谯县，这日天黑时分才到，连口水都没喝就来复命。
曹操看着这满满一箱子书简，既好奇又为难，实不知该从哪一卷看起。董昭便从繁杂的简册中挑出一份递过来：“这是他的临终诗，是狱卒抄录下来的。”
“临死还有这等闲情逸志？”曹操实在无法理解，品读起来。
言多令事败，器漏苦不密。河溃蚁孔端，山坏由猿穴。
涓涓江汉流，天窗通冥室。谗邪害公正，浮云翳白日。
靡辞无忠诚，华繁竟不实。人有两三心，安能合为一？
三人成市虎，浸渍解胶漆。生存多所虑，长寝万事毕。
看完这首诗曹操想笑，却又笑不出来——孔融到死都不明白自己失误在何处，还仅仅停留在“言多令事败”“谗邪害公正”的层面，对曹氏代汉的企图只字不提，是他太单纯，还是根本对曹操不屑一顾呢？而他面对死亡又那么坦然，“生存多所虑，长寝万事毕”，没有悲苦愤恨，有的只是慷慨。
曹操扔下这首诗，信手在箱子里翻找，发现许多是抄录的书信，给王修的、给邴原的、给张纮的，其中辞句颇令人感慨：“曹公辅政，思贤并立。策书屡下，殷勤款至。”“余嘉乃勋，应乃懿德，用升玺于王庭，其可辞乎？”“根矩（邴原，字根矩），根矩，可以来矣！”十几年间，孔融一直在为朝廷招贤纳士，这也等于帮曹操。应当承认孔融在清流中名望比曹操高得多，有不少人是看着孔融的面子才到许都的。费尽心力最后却落个家破人亡的下场，与卸磨杀驴何异？曹操原以为天下将定，孔融没有利用价值了，没想到吃了这么惨痛的一场败仗。孔融死了，以后谁还能帮他网罗名士？谁还敢来？
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