这是一个在明媚的春光里开始的故事。南安太守杜宝家的后花园里已是一片奼紫嫣红，但是，他的独生女儿杜丽娘还被牢牢地关在闺房里。一天，杜宝听说女儿在刺绣之余还偶尔午睡一会，十分生气，觉得有失家教，决定聘请一位家庭教师来严加管束。请谁呢?杜宝夫妇合计：女儿除父亲外还没见过其它男性，最好是请一位女先生来;但是合适的女先生是很难请到的，他们终于选定了一个六十多岁、咳嗽多病的穷学究陈最良。
没料到，刚开课就出了乱子。陈最良为杜丽娘和伴读丫头春香讲解《诗经》的第一篇《关雎》，明明是一首求爱的恋歌，陈最良却依据礼教习惯讲解成有什么贤达、风化的意义在内，两位姑娘当然既不懂，又不满。春香当着陈最良的面顽皮地抢白了一通，杜丽娘则在先生背后反复吟味《关雎》中的词句，悄然叹道：圣人不是也在这里说“情”吗?真是古今同怀啊!不读书还好，一读书竟惹起了春愁，惹起了杜丽娘青春的郁闷。春香丫头见小姐困闷，就建议她到后花园走走，消遣消遣。
虽然是自己家的后花园，按照规矩，姑娘们也是不准进的。知道有这么一个破败的后花园的存在，还是春香丫头不久前的发现呢。杜丽娘当然很想去看看，但又十分害怕父母亲得知，后来想起父亲这些天外出了，就郑重其事地取来历书选日期，决定几天之后大胆地到后花园去领略一下春光!
杜丽娘终于一步跨进了后花园。这些花，这些草，这些鸟鸣，是那样的平常，但都在杜丽娘心中激起了青春的感应，掀起了情感的波澜。她立即发觉，自己的生命与眼前灿烂而又易凋的春花是那么相像。她奇怪地感受到，在这恼人的春色中，自己竟然产生了需要寻找一个“折桂之夫”，与之“早成佳配”的强烈愿望。她闯到闺房后就迷迷糊糊地做了一个梦，梦见有一个手持柳枝的英俊青年朝她走来，并把她搂抱到牡丹亭畔、太湖石边、芍药栏前，千般爱恋，万种温情。直到从梦中惊醒，杜丽娘还在低声呼唤着：“秀纔，秀纔，你去了也?”
从此之后，杜丽娘几乎成了另一个人。她神思恍惚、茶饭无心，一心只想着那美丽的梦境。她支开了春香丫头，独个儿来到后花园，找到了自己在梦中和那个青年欢爱的地方，徘徊流连。她看到在附近有一棵暗香清远的梅树，就希冀自己死后能葬于这棵梅树之下。她渐渐地消瘦了，想起易逝的春色，她就取过镜子和笔墨丹青，把自己的容貌描绘下来。她真想把自己的画像寄给爱人，但爱人又在哪里呢?终于，这位年轻的姑娘被炽热而又无望的爱情烈火熬干了生命，她死了。按照她的遗愿，家人把她埋葬在牡丹亭畔、太湖石边、芍药栏前的梅花树下，又盖起了一座“梅花庵”，以志纪念。
奇怪的是，天底下还真有一个杜丽娘梦见的持柳青年。他叫柳梦梅，赶考途中投宿梅花庵，无意中在太湖石的假山缝隙中捡到了杜丽娘的自画像，就把它挂在自己的房间里，恨不得能让画上可爱的姑娘变成真人与自己结成夫妻。其实，杜丽娘人虽死去，游魂还在，见到曾与自己在梦中相好的青年如此真挚地面对着自己的画像，十分感动，就显形与柳梦梅相会，并告诉柳梦梅，只要掘开梅花树下的坟墓，自己便能复生。柳梦梅第二天就照办，结果真的扶起了复生的杜丽娘，正式结成夫妻，坐着一艘小船到首都临安去了。柳梦梅到临安后还赶上了科举考试，表现出了超群的纔华。
但是，还没等到考试发榜，战火燃起，皇帝命杜丽娘的父亲杜宝前去抗金平匪。柳梦梅冒着战火找到了“岳父大人”，告诉他杜丽娘已经复生。但杜宝哪里肯信，竟把柳梦梅当作一个盗墓贼给抓了起来。后来，杜宝发现，被自己关押的柳梦梅竟是新发布的新科状元，当然只得释放;但他仍然不能相信女儿已经复活，更不能承认柳梦梅与女儿的婚姻。直到皇帝降旨，他纔勉强首肯。
《牡丹亭》的情节，奇异到了怪诞的地步。你看杜丽娘，也不是有过两小无猜的爱侣，也不是有过一见钟情的际遇，只是游了一次园，做了一个梦，就恹恹而死。梦中之人果有，死后尚能复生，这就更奇特了。后代的人们有理由疑惑：这样大胆的艺术措置，能够取信于人吗?戏剧领域的任何艺术创造都在睽睽众目的逼视之下，一点细小的失真常常成为人们长年讥笑的话柄，像《牡丹亭》这样的怪诞，能在剧坛容身吗?
历史证明，它不仅受到人们充分的信任，而且还以巨大的力量震撼了无数青年男女的心。伟大的曹雪芹在《红楼梦》中写到，林黛玉只是隔墙听了几句《牡丹亭》的曲调，就已经“如醉如痴，站立不住”。曹雪芹把贾宝玉、林黛玉争读《西厢记》和林黛玉聆听《牡丹亭》写在同一回目中，浓浓地渲染了这两部戏剧作品对于他笔下的主人公的陶铸和感应，这就证明了他的杰出创作对于王实甫和汤显祖的继承;同时，作为一个严格的写实主义大师，他的这种描绘本身也反映了《西厢记》和《牡丹亭》在清代社会中的传播程度和接受情况。其实，就在汤显祖写出《牡丹亭》之后并不太久，已有大量的青年以自己追求自由的内心与它产生了共鸣。明代末年可怜的妇女冯小青所写的这首诗，是几乎所有研究《牡丹亭》的人都喜欢提及的：
冷雨幽窗不可听，挑灯闲读牡丹亭。
人间更有痴于我，不独伤心是小青。
任何虚假的艺术都不可能引起如此强烈的情感共鸣的。
比汤显祖晚一辈的文学家张岱(汤显祖去世时张岱二十岁)较早地在理论上涉及了这一问题。他在给当时的一个戏剧家袁于令写信时，曾不客气地指出袁于令新创作的一个传奇剧本陷入了一种在当时很流行的剧坛通病之中，这种通病被他概括为：
传奇至今日怪幻极矣!生甫登场，即思易姓;旦方出色，便要改装。兼以非想非因，无头无绪;只求热闹，不论根由;但要出奇，不顾文理。……于开场一出，便欲异人，乃装神扮鬼，作怪与妖，一番热闹之后，及至正生冲场，引子稍长，便觉可厌矣。
张岱所不满意的“怪幻”、“出奇”、“装神扮鬼”，是否与当时传世不久的《牡丹亭》有什么关系呢?不。张岱紧接着下去便说，戏剧作品可以“热闹”，也可以“出奇”，但必须“是情理所有”。他认为，《琵琶记》、《西厢记》是不“出奇”而合乎情理的，因而如“布帛菽粟之中，自有许多滋味，咀嚼不尽”;既“出奇”而又合乎情理，就艰难得多了，他认为处理好这两者关系的典范就是汤显祖的《牡丹亭》。他指出，汤显祖在写《紫钗记》的时候在这方面“尚多痕迹”，而《牡丹亭》则“灵奇高妙，已到极处”。再往后，待到创作《南柯记》和《邯郸记》，又逊色了。总之，张岱充分肯定了《牡丹亭》在基本情理上的必然性和真实性。
直到今天，我们仍然能够在奇幻无比的《牡丹亭》中看到一种强悍而热切的情感逻辑，并在这种情感逻辑背后，看到一种使它产生具有必然性的历史逻辑。
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