《清忠谱》所展示的客观情节让我们看到，发生在苏州的那场反魏忠贤的群众斗争，其基本队伍是市民;但是，这场斗争的性质，并没有与市民阶级的独立思想相勾连。斗争的领导者就其思想素质论，还属于封建官僚阶层中的刚介正直之士，尽管他们已被罢官，或官职不高。魏忠贤既是他们的对头，也是广大市民群众的对头，因此他们在反魏斗争中能够部分地代表市民的利益，受到市民的拥护。但是，说到底，他们所领导的这场斗争，在基本性质上是呼吁和促成了封建国家机器的一次自我调整。这样的斗争，最后必然是需要调动皇帝的力量的。《牡丹亭》即使最后皇帝不出场也已在大体上完成了杜丽娘的胜利，《清忠谱》则不同，志士仁人们的壮烈行动，都是为了能使最高统治者对奸臣有所察觉，作出惩处。因此，尽管《清忠谱》气势不凡，电闪雷鸣，其思想实质却并未超越封建政治思想的范畴，比之于《牡丹亭》，这是一种历史性的倒退。《牡丹亭》轻艳的异端，必然地被《清忠谱》壮烈的正统荫掩了。正是这种荫掩，使中国思想领域里刚刚露头的人文主义思潮退歇了，封建统治还会延续一个漫长的清代。
《清忠谱》带有很大的纪实性，《曲海总目提要》说它「事皆据实“，甚至可以对历史记载作出补充。它所反映的事件———发生于1626年的东林党人周顺昌的冤狱事件———曾引起过许多戏剧家的兴趣，据祁彪佳《曲品》记载，写这一事件的剧作先后曾产生过三吴居士的《广爱书》、白凤词人的《秦宫镜》、王应遴的《清凉扇》、穆成章的《请剑记》、高汝拭的《不丈夫》及未着姓氏的《孤忠记》等。诚如吴伟业在《清忠谱序》中指出的，这个创作热潮，在魏忠贤案刚刚布露时就形成了：
逆素既布，以公(指周顺昌)事填词传奇者凡数家。李子玄玉所作《清忠谱》最晚出，独以文肃与公相映发，而事俱案实，其言亦雅驯，虽云填词，目之信史可也。
这不有点像当年严嵩势力刚败即演《鸣凤记》的情景么?由此可见，传奇创作从明代到明清之际，越来越成为一种十分普及、十分趁手的吐愤舒志的工具，一种编制迅速、反响热烈的宣传样式。据张岱《陶庵梦亿》记载，当时另一出记述魏忠贤罪孽的传奇《冰山记》上演时，观者竟达数万人，台上演出的人和事都是台下观众所知道的，因此反应非常热烈，有的时候观众对剧中人名的呼唤声和对剧中冤情的愤懑声，就像浪潮奔涌一般。这种万人大集会，这种气氛，这种巨大的心理交流，如果以人文主义思想为基础、为指导，是有可能较早地鸣响封建社会的丧锺的，但众所周知，事情并非如此。人民的情绪很自然地被引入到了对魏忠贤的控诉上，而魏忠贤的罪名则是“逆贼”：叛逆了正统的封建宗法制度。应该说，这一批及时涌现的剧作也参与了这种对人民情绪的引导工作。作为这批剧作的后起者和代表者的《清忠谱》，就以周顺昌这一艺术形象对人民的情绪作了有利于封建王朝的吸附。如果这出戏关注的不是这么一个一时失信于朝廷的忠臣，而是一个敢于问一问产生魏忠贤的客观原因，敢于在市民利益上多作一些考虑，敢于在思想实质上对封建主义保持一点独立性的人，那么，那种万众一心的观剧场面很可能是中国社会走向新生的温床了。然而李玉和其它苏州剧作家并没有达到这种思想水平，他们立足的土壤也没有向他们提供这方面的条件，因而他们自己深感忭慰、也要引导观众感到忭慰的结局只能是：
目今新主登极，大振干纲;魏贼正法戮尸，群奸七等定罪。世界重新，朝野欢庆。向日冤陷诸忠臣，谪戍者悉已召回复职;惨死者尽皆宠锡表扬。……九天雨露洪恩重，万里山河气象新。
被“逆贼”篡夺了的权力又回到了君王手中，封建政治排除了产生于它自身的一次灾变。人民还须回过头来，感谢封建君王。这便是《清忠谱》在思想内容上的根本局限，也是中国戏剧文化终于未能顺着《牡丹亭》的道路开创的一个人文主义天地的重要原因。
但是，历史上的文化现象往往是非常复杂的。以肯定和歌颂封建政治为皈依的《清忠谱》，还因通体散发着一种凛然浩气而受到广大观众的喜爱，包括那些对封建政治毫不喜爱的观众在内。东林党人周顺昌、市民颜佩韦等人的政治观念带有很大的特殊性和复杂性，我们可以不接受，但他们为了自己所信赖的观念赴汤蹈火、百死不辞的意志和豪情，至今仍然具有动人心魄的震慑力;苏州人民的情绪当然还缺乏更正确、更进步的引导，但他们对于正义人物的深厚同情心，对于一切倒行逆施的普遍仇恨，对于政治背景的深切关注，却也能使今天的观众感奋起来。这种复杂的文化现象和美学现象，从艺术上说，体现了艺术构件对于艺术构架的独立性，艺术途径对于艺术目的的独立性;从思想上说，则体现了气节、意志、人生风貌对于政治目的的独立性。即便是那些意在推翻封建制度的后代志士，也会通过《清忠谱》进一步激励自己的斗志，尽管在基本意旨上他们正与这出戏相逆。艺术，特别是像戏剧这样的复杂艺术，不会仅仅以一个简单的目的性面对观众的，它们总是以一个复杂的整体面向世界。对于不同的观众，它们多层次的思想内容大抵具有可剥离性，以适应各有取舍的要求。
周顺昌、颜佩韦等人的战斗意志确实具有夺人的力量。他们与《赵氏孤儿》里的那批义士不同，不是要做一项秘而不宣的事情，而是要以自己响亮的呼喊震动皇帝。秘而不宣的事情，就怕别人知道。《赵氏孤儿》里的义士，为制造假象作出了巨大的牺牲。而《清忠谱》里的义士，则要以巨大的牺牲让皇帝知道社会真相。《赵氏孤儿》里的义士对最高当权者完全失去了希望，带着极大的仇恨在黑夜里递送着颠覆的火种;《清忠谱》里的义士对自己周围的宦官恨之入骨，但对自己头上的青天、脚下的土地并没有完全失望，他们力图在同样一个天地中扭转是非，于是总是采取十分公开、万人瞩目的行动。他们处处要表露自己的爱憎，表露，就是他们的斗争方式，也包括了他们部分的斗争目的。因此，一部《清忠谱》，没有曲折的内在线索，没有“吃惊”的因素和“发现”的因素，只是浓烈而坦率地呈现斗争的一个个回合，由于这些斗争的当事人力求扩大事态、轰动视听，因而多数回合都具有场面性，有的回合还表现为大场面。
主角周顺昌原是一个级别不低的中央官吏，因反对魏忠贤被革职返里，本很引人注目，而他偏偏还要以强烈的行动表明态度。他一听说反对魏忠贤的另一位官员文元起也被罢官遣返，很快就去拜访，走在路上，苏州的人民都已知道他去干什么了。例如他在郊外的路上遇到两个轿夫，轿夫认出了他———
轿夫：原来是周老爷。嗄! 周老爷是去望文老爷了。
周顺昌：你这两个人，怎么晓得我去拜文爷?
轿夫：昨日文老爷北京回来，到竹坞去了，今日周老爷自然去的。
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