在百丈以前，禅宗的学风，大多只在长江以南一带流传，最盛的区域，当在广东、湖南、湖北、江西、福建、浙江、江苏、四川等省，能够北入中原的还不太多，至于黄河南北，还是停留在初期东来佛教的方式。禅宗以外的其余宗派，以及专精佛教学理，讲习经论的法师，被称为义学沙门的，为数还是很盛，大凡笃信研究经论学理的人们，不是过于圆通，便是过于迂执，尽管他自己本身，也翻滚不出时代的潮流，如果有人要公开改变旧制，自然就会忿然动色的。所以当百丈创建丛林之初，就被人骂作“破戒比丘”，这也是事所必致的了。马祖百丈等辈，都是气度雄伟，智慧豁达之士，具有命世的才华，担当立地成佛的心印，他毅然改制，固然由于见地定力的超群，也是适应时势机运的当然趋势。
百丈以后，晚唐五代之间，禅宗本身，又有五家宗派的门庭设立，范围僧众的制度，大体还是遵守丛林的清规，可是在教授方法，和行为仪礼之间，却因人、因地、因时的不同，就各有少许出入，这种不能算是异同，只能算是出入的仪礼和教授法，便又名为家风。所以后世各个丛林禅寺，各有家风的不同，一直流传到清末民初，严格地说，禅寺丛林所流传的规范，已经经过千余年的变易，当然不完全是百丈禅师时代之旧观了。而且江南江北，长江上游和下游，各寺都有各寺不同的家风和规矩，但推溯这个演变的源流，无论它如何变更形式，穷源探本，可以得一结论：
丛林禅寺的宗风，是渊源于丛林制度的演变。禅宗的丛林制度，是脱胎于佛教戒律的演变。
佛教戒律，是由释迦牟尼佛所制定的，它为了范围僧众集体生活，修证身心性命所建立，具有中国文化《礼记》中的礼仪，以及法律、与社会法规等的精神和作用。
1.丛林的规模
(1)住持和尚：他是职掌全寺的修持(教育)、寺务(行政)、戒律和清规(法律)、弘法(布道)、经济财务等事权，等于政府的元首、社会的领袖。他在寺内住的所在，叫做方丈，也就是佛经上说，维摩居室，仅有方丈之意，所以普通便叫一寺的住持和尚作方丈，有时也叫作住持，就是佛经上住持正法之意。《禅苑清规》称尊宿住持谓：“代佛扬化，表异知事，故云传法。名处一方，续佛慧命，斯日住持。初转法轮;名为出世。师承有据，乃号传灯。”
(2)住持和尚的产生：住持是僧众们推选出来的，必须具有几个条件：第一，是禅宗的得法弟子，要确有修持见地，足为大众师范，而且形体端正，无有残缺。第二，要德孚众望，经请山长老和其他丛林的住持们赞助。第三，得朝廷官府(中央政府或地方政府)的同意。
他具备这些众望所归的条件，经过一次极其隆重的仪式，才得升座作住持和尚，如果以上还有老师和尚的存在，在升座的仪式中，还有付法、嗣法。人院、视箓等手续，才算完成接座的一幕，相等于现代的交替教育宗旨，和职位上的移交。
(3)退院的和尚：前任的住持和尚退位，便称为退院老和尚，他闲居养静，再不间事(或者闭关专修，大体都是功高望重，修持与德操，达到圆满的程度。他与新任接位接法的住持和尚之间，视如父子，必须极尽恭敬供养侍奉的能事，一直到了老死，务须尽到孝养，否则，会被诸山长老及僧众们所指责的，甚之，还算是犯了清规，受到责罚，但是唐宋时代的退院高僧，多半是飘然远引，从来不肯作形似恋栈的事。
(4)和尚与政府的关系：以前在中国的政治上，关于僧道制度，虽然历代都有过不大不小的争议，但因中国文化的博大优容，最后决议，都以师礼待遇僧道等人，虽然朝见帝王时，也不跪拜，只须合掌问讯，等于只有一揖了事。东汉时，僧尼隶属于鸿肿寺管理。唐以后，改变自姚秦、齐、梁以来的大增正和大僧统，设祠部曹，主管天下僧尼道士的度谋和道箓等事。祠部与僧箓司，等于现代政府的宗教司，唐代是隶属于礼部的，《唐会会要》称：“则天延载元年五月十五日，敕天下僧尼隶祠部。”全国僧尼的户籍，也隶祠部专管，并置有僧籍的专案，迨唐宪宗元和二年，在帝都长安的左右街还置有僧录的职衔，相当于姚秦的僧正，后魏的沙门统，南齐京邑僧官的僧主，那是选拔聘请有道德学术修养的高僧，人都作僧官，主管天下僧尼道士等的事务。元代有一时期，还专设有行宣政院，以管理僧俗喇嘛及边情等事务。明洪武时，置僧祭司，各直省府属置僧纲司，州属置僧正司，清代因其职称。度碟，是政府给僧尼的证件，等于现代的文凭和身份证明书，唐代又称为何部牒，它自尚书省祠部发出。道士们的度牒，又名为箓。
丛林住持的和尚，虽然由僧众推选产生，但是也须得朝廷或地方官的同意聘任，如果住持和尚有失德之处，政府也可以罢免他的职位，甚至，还可以追回度碟，勒令还俗，便变成庶民，像平常人一样接受政府法律的制裁，这种制度，一直到清代以后，才渐渐变质，不太严格。因为清代在精神上，乃异族统治，变相松弛，是另有他的政治作用。中国历代政权，虽然没有像现代人一样，有宪法规定宗教信仰的自由，可是向来都听任自由信仰宗教的，过去政府对于僧道的措施，并不是严格的管理，只是严整的监督。
(5)住持和尚执行的任务：住持的职位上，是全寺首脑的住持，由他选拔僧众，分担各种执事的职务，但是却叫作请职，并非分派。请职，等于说以礼聘请，并不以命令行为。各种执事的职位，虽然由住持所请，但一经请定了，便各自执行他的职掌，秉公办理，即使对住持，也不能徇私，因为他们有一最高的信仰，尽心尽力，一切都为常住，才是功德。常住，就是指丛林寺院的全体代名辞，也就是佛经所说佛法常住之意。所以几关于处理或决议全寺和大众的事，住持必须请集全体执事公议以决定之，不能一意孤行，至少，也有两序执事长老，或少数重要执事参加决定才行。因此，住持在职位上，并不像专制时代政府的主官一样，他却像中国旧式教育的全体弟子们的严师一样，因为他所负的重要责任，便是指导全寺僧众们的实地修行，和品行的督导，关于这一方面，他却有无上的权威，也有无限的责任感，所以古代的丛林，有些住持，根本就不问事务，他认为执事的职掌，已经各有所司，毋须他来多管，他只须自己努力修行，随时说法，行其身教就是，要能不使学者走入歧途，这才是他应负的责任。
(6)住持和尚请两序班首执事：住持就位，就要选请全寺的执事，所谓执事，百丈旧规，称为知事。班首，旧规称为头首。他要选拔僧众中才能胜任，而且足孚众望的出任各种职司，虽然不经过选举，但是必是大众所谅解同意的。他要发表各位执事职司的手续时，先要征求本人的同意，再把各执事职司的名字职位，写在一个牌上(等于现代的公告牌)，挂了出来，大家就得遵守之，须在每年正月十五、或七月十五挂牌。在请职以前，先于三五天前方丈预备了茶果，就命侍者去请某某师等同来吃茶，经过住持向他们当面请托，得到了同意，才一一由书记写好名字职位，挂牌示众。然后在就职那一天，午斋的时候，先送到斋堂，依次就座用膳。饭后再绕佛经行，送到大殿上，依次排列位置，再礼佛就位。晚课以后，各请新的执事，便到方丈礼座就职，住持便当面加以训勉，告诫尽心职务，遵守清规。退而再至各老职事房中，一一拜候，便叫作巡寮(巡寮这个名辞，在戒律上又作别论)。这样便是简单的请职程序。请职的时候，也有请二人同任一职，互为副助，或数人同任一职的，偶也有之。但各职执事职司，虽由住持请出，却不像上下级官吏的组织，他是平行的，可以说，只有圆的关系，既不是上下，也不是纵横的隶属，他们有弟子对老师的尊敬，却没有下级对上级的班行观念。
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