足利尊氏觉得幕府被推翻并不是幕府制度不好，而是北条家的幕府不好，而自己是源氏嫡流，应该由自己来建立幕府。足利尊氏非常想出任征夷大将军，但是天皇却想建立一个天皇专制的政权，绝不允许再有幕府出现。天皇任命自己的儿子护良亲王做征夷大将军，征夷大将军不再是天下武士的头领，而只是朝廷的一个最高武职，归兵部卿管理。这就断绝了足利尊氏建立幕府的希望，足利尊氏对天皇很是失望。
另外一个对天皇不满的是新田义贞。新田义贞在消灭幕府的过程中，功劳应该不亚于足利尊氏。实际上直接导致镰仓幕府灭亡的是新田义贞起兵，半个月就灭了镰仓幕府。但是新田义贞得到的赏赐，只是一个从四位上左马助，大概在天皇家眼中，武士只配当弼马温吧。新田义贞跟足利尊氏同样属于源氏后人，也希望建立一个源氏的幕府。因此武士阶层以足利尊氏和新田义贞为首对后醍醐天皇都非常不满。
这样一来，等于天皇家皇族被得罪了，公卿被得罪了，武士也被得罪了。
两边都是官军
后醍醐天皇对当时日本国的形势完全不了解，只有楠木正成看得清楚，这个国家在当时就是一个武士社会，国家掌权的人必须是武士，整个国家依靠武士来推动。
所以，当时最好的统治方式就是武士掌握实权，天皇临朝不理政，就像以前镰仓幕府时代、藤原氏摄关政治时代一样。后醍醐天皇却看不明白，在最不应该得罪人的时候，把能得罪的人都得罪了，恰恰跟清朝末年清政府干的蠢事一样。
武士们在幕府被消灭之后，群龙无首，恩赏没能实现，土地所有权又不被天皇承认。建武新政实行了仅仅一年，镰仓幕府的余党就发动了叛乱，席卷关东各州。足利尊氏和他的弟弟足利直义，不待天皇旨意，私自以平叛为名杀回关东，很快平定了北条氏的余党，然后以镰仓为根据地，不经天皇同意，事实上建立了日本历史上的第二个幕府——室町幕府。
室町幕府建立之后，足利尊氏自封为征夷大将军，管理东国，公开跟天皇叫板了。天皇也无计可施，只能静观待变。而新田义贞除了对天皇不满，更不满的是足利尊氏。他觉得足利尊氏没有他的功劳大，反而比他位置高，对足利尊氏羡慕嫉妒恨。看到足利尊氏公开反叛朝廷，他向天皇表示愿意出兵讨伐足利尊氏。
天皇非常高兴，任用新田义贞为御前近臣。不料新田义贞色胆包天，竟然去勾引天皇宫中的女侍。天皇发现后，并未加罪，还把这个女侍做了个顺水人情，赏给了新田义贞。女人如衣衫，兄弟如手足，这个时候需要的是大将，不能因为女人伤了和气，新田义贞对天皇更加感恩戴德。
天皇任命新田义贞为主将率兵征讨镰仓地区的足利尊氏，被足利尊氏打得大败。足利尊氏为了取得合法地位，找到了被后醍醐天皇废掉的光严上皇，要求光严上皇下达讨伐新田义贞的院宣。光严上皇乐得如此，下了院宣。这样一来，足利尊氏就不再是朝敌了，而变成了官军。
两边都是官军，互相宣布开除对方朝籍，互相宣布对方是叛匪。
楠木正成以死报国
足利尊氏率领大军直抵京都，后醍醐天皇只好逃到比叡山里投奔僧兵去了。好在后醍醐天皇逃离京都是轻车熟路，这事儿他干了不止一回两回。这是建武三年(1336年)，天皇新政搞了不到三年，就被手下大将打到山里去了。
后来新田义贞和楠木正成合兵，总算是打败了足利尊氏，把足利尊氏逐出了京都。后醍醐天皇又回宫了，双方展开了拉锯战。
在拉锯过程中，楠木正成跟天皇讲：“足利尊氏新募兵将，连连得胜，其锋甚锐。我方如果以疲惫之师去格斗，没有胜算。所以不如请陛下退到比叡山中，让贼众占据京都，我到河内国去断绝贼兵粮道。这样的话，贼兵日散，我兵日聚，可以夹攻敌人，一举破敌。”楠木正成毕竟是百战名将，提出的主张非常可行。可惜后醍醐天皇不懂军事，听了一个酸腐公卿的话，认为王师有天助，要求跟敌人堂堂正正展开决战，命令楠木正成去援助新田义贞跟足利尊氏决战。
楠木正成万般无奈，拜别天皇之后，跟他十一岁的儿子楠木正行讲：“你现在已经超过十岁了，你要记住我的话，这次战役系天下之安危。恐怕我再也看不到你了，倘若我战死，那一定就是足利氏的天下，你千万不要降敌。咱们族中只要还有一个男子，你就带着他们到金刚山去反叛足利氏，以身殉国，有死无他。”
楠木正成解下天皇御赐的宝刀，交给自己十一岁的儿子。儿子要跟他同去，被他拒绝了。楠木正成到了前线，跟新田义贞汇合，俩人知道己方兵微将寡，与足利尊氏正面对抗，乃是求死之道，所以俩人喝了一夜的诀别酒。
第二天，新田义贞率三万人马抵抗足利水军。正成更可怜，手里只有七百人马，却要面对足利号称五十万的陆军，很快被敌军包围。正成勇武绝伦，跟常山赵子龙一样，浑身是胆，在敌军中七进七出，几次冲到足利尊氏的弟弟足利直义马前，但是都被敌兵打散。
正成兄弟只剩下七十三骑，本来可以突围逃走，但是正成决心以死报国，报效天皇，根本不想走。兄弟俩走入民宅，解开身上的甲胄。正成问弟弟正季：“你死后有什么打算?”正季回答：“我愿意七生人间，以杀国贼。”
楠木正成殉国
兄弟俩诀别之后，取出利刃对刺而死。
一天二帝南北京
楠木正成一死，新田义贞大败。后醍醐天皇眼见大势已去，诈降了足利尊氏，足利尊氏扶持光严上皇复位。可是光严上皇厌倦了人世的纷争，让位给自己的弟弟光明天皇。
后醍醐天皇还是拒绝交出三件神器，利用自己最熟练的逃跑技巧，暗地里又逃出京都，到了京都南部的吉野重建朝廷。从而形成了京都一个朝廷、吉野一个朝廷的局面，史称一天二帝南北京。日本正式开始进入南北朝时代，天皇家第一次公开地分裂了。
楠木正成死后，他的儿子楠木正行闻讯之后痛哭流涕，拔出父亲留下的宝刀就要自刎。不愧为楠木正成之后，年仅十一岁就这么刚烈。但他妈妈看见之后夺下宝刀，跟他讲：“你怎么这么糊涂，怎么可以如此轻率地殉葬?你应该继承父亲的遗志，讨国贼，报父仇。”
楠木正行听罢，恍然大悟，立刻断了自杀的念想，更加坚定了报仇的信念。他听说后醍醐天皇到了吉野，就赶去迎接。天皇大喜，一看忠臣之子来了，不顾正行年幼，现在来看还是小学没毕业的一个儿童，封他为检非违使、左卫门尉，兼四国守护。后醍醐天皇在吉野建立了据点之后，势力越来越大，把自己所有的皇子都封为大将军，让大家到处发动武装力量，讨伐足利尊氏。新田义贞也是野火烧不尽、春风吹又生，经过一番休整之后，重新投入了讨伐足利尊氏的事业之中。
可惜足利尊氏兵强马壮，势力太大了，几战下来，北朝连连得手，南朝不断战败。新田义贞也在战场上被流箭所伤，自杀身死。接二连三的败报打击之下，后醍醐天皇心灰意冷，把皇位让给自己的儿子，不久便龙驭宾天。
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