清河城是努尔哈赤的眼中钉、肉中刺，使他时刻感到是个威胁。四年前，明朝巡抚山东都御史翟凤种曾经说过：建州奴隶主们最贪的是清河、抚顺两个市场贸易之利，最害怕的是抚顺、清河两处官军的“捣剿”[25]。因为抚顺、清河两城是后金通向辽沈的门户，离赫图阿拉最近，路途也比较方便。这自然对后金是个最大的威胁，使努尔哈赤时刻不能安枕。
清河攻守战前，明经略杨镐，曾以清河城四山环抱，只有正东一路通向鸦骨关(今辽宁省新宾县西南三道关)，以守为绝境，以战为奇地，用四个月时间，进行了认真的修筑。城上布列火炮、枪、铅子、铁弹子等武器，并指令守将邹储贤说，敌人若来侵犯，应设伏于城外的山径小路或山间之地以牵制敌兵，万万不可拥兵于城内，束手待毙[26]。杨镐的这个守城指令是正确的。
七月二十日，英明汗努尔哈赤率领众贝勒、大臣统兵向清河进发，当夭围困了鸦鹘关。二十一日，镇守清河主将邹储贤得到后金军前来攻城的消息，即刻下令闭门拒守。守城副手将领张旆要求出城迎战，邹储贤拒不听从。守堡官张云程竭力相劝，邹储贤也不采纳，连出城打草的数百名军卒闻讯奔回城下，守城主将拒不开门收纳，一律拒之门外[27]。邹储贤率领守军六千多人，利用城上设置的一千多座大炮以及滚木雷石等武器，据城设防，决心进行死守。
英明汗努尔哈赤统率大军，浩浩荡荡，于二十一日清晨到达清河城外。他立即传令各旗战士，尽快围城。八旗士卒有的冲到城下竖云梯，有的放箭，霎时将清河城围得水泄不通。城上的守军凭险坚持抵抗，千炮轰鸣，滚木雷石齐下，石矢如雨。八旗战士冒死冲击，当即死伤惨重，造成第一次猛攻失利。英明汗努尔哈赤改变战术，命令全军退出城下，改近攻为远围。后金军首战吃了败仗，努尔哈赤与众贝勒见城防严密，强攻不利，就决定进行招降。派遣大额驸李永芳到城下劝降。城守副将邹储贤见前来招降的是李永芳，即刻大怒，指骂李永芳是不义之人，并告诫说，若不即刻退去，将要放箭。见李永芳招降不成，努尔哈赤与众贝勒只好再次强攻。于是命令八旗战士环城猛攻。守军顽强抵抗，炮声震天，火光闪闪。八旗士卒死伤很多，攻战再次失利。努尔哈赤被迫再次下令，全军后退，暂时停止攻城。这样，八进八退，从清晨战到星斗满天，后金八旗士卒战死的多达数千。最后，在夜幕掩护卞，努尔哈赤令各旗军士以板车挖城墙，致使清河东北城脚陷落，乘守军一时慌乱，后金军乘机叠尸登城。邹储贤知道再守已经没有希望了，便焚毁衙门、屋宇、妻、孥等，亲自披甲上阵，遥见李永芳大骂赴敌，终于战死在疆场。努尔哈赤挥军入城。
大英明汗努尔哈赤统兵在二十二日清晨攻破清河城时，城内尚有明官兵六千四百多人，户五百多家。八旗兵入城后，与城内军民巷战，被杀军民以万计，剩下的部分壮丁，被强行驱赶北去。为了防止明军再次占领清河城，努尔哈赤下令将城全部拆毁，又命令将三岔堡(今辽宁省铁岭县东南“三岔子”)到孤山堡(今辽宁省凤城县东北孤山屯)一带所有的房屋尽行焚毁，又下令拆毁了一堵墙(今辽宁省本溪县东北乌家城子)、碱场(今辽宁省复县西南谢屯公社盐场村)二城，使明军从清河城到抚顺城一带无存身之地。然后，收取各地窖中谷物，运回都城。凡是田中青苗都纵马牧放[28]，造成五、六十里之内，不见人烟。
清河之战，是后金与明朝两军攻守战中第一次激战。后金尽管出动了八旗劲旅，仍损失相当惨重，明军所表现出来的战斗力，使英明汗努尔哈赤及其部下众贝勒颇为震惊，特别是在八旗士卒中产生了极大的影响。清河守城有法，官兵抗战志坚，竟没有一兵一卒投降。连后金的一般八旗士卒也由衷称赞[29]。
清河之战说明，以大英明汗努尔哈赤为首的建州奴隶主阶级，拥有一支战斗力很强的军队，几乎是攻无不克，战无不胜。八进八退的顽强斗志，正说明了八旗兵良好的战斗作风，而清河失守固然与主将邹储贤死守孤城，怯于野战等的战法有关，但主要原因还在于明军官兵畏敌丧胆，不敢与后金八旗兵进行对阵，邹储贤死守孤城，不敢外设伏兵就是一证。然而，几明朝各路援军退缩不前，皆无求战之心更能说明问题。援辽总兵麻承恩，在努尔哈赤统兵围清河城的前两、三天就知道后金军欲犯清河城，而他竟不积极赴援，只统率一千健卒，从沈阳进到开原，再也不想前进了。七月二十日，努尔哈赤统兵离开赫图阿拉向清河城进发时，明将李如栢已经得到了消息，也不肯积极增援，竟移兵到懿路(今辽宁省铁岭县南懿路)驻防，待清河信使前来告急，才缓缓起兵。当清河城已经全部陷落时，李如栢自汎河(今辽宁省铁岭县南“范河”)，王宣自辽阳、麻岩自开原、郑国良自铁岭、杨于谓自沈阳，先后到达。他们只见清河城一片废墟。众将中唯独叆阳参将贺世贤率兵五千及时赴援清河，中途与后金军相遇，大战一场，互有杀伤，后金兵死亡一百五十三人。然而，当他返回驻地时，千总陈大道等率领新兵砍开宽甸木栅，越山而逃，堡中商民都随官军四散而奔，以致全城逃之一空[30]。
明朝末年，朝廷政治腐败，从皇帝、各部大臣到辽东镇、抚各官，不论事情大小，都互相推委，辽东的战局变化就是一面镜子。努尔哈赤攻占抚顺城的时候，朝廷大臣都象热锅上的蚂蚁，纷纷上奏，出谋献策。三个月以后，调将增兵进展不大，张儒绅从后金归来一说，人心涣散，整个备战松松垮垮。突然听到努尔哈赤攻陷清河城，又紧张起来，这才下令重新调整辽东守军的驻防。令总兵官李如栢、王宣驻守沈阳，麻承恩驻守开原，都司冯应魁、参将李怀忠驻守铁岭，麻承宗驻守中固，赵启祯驻守汎河，孙守任驻守懿路，罗万言驻守蒲河(今沈阳市东北蒲河)。贺世贤、刘遇节、卜向绩等能征惯战的将领率兵屯驻各城之外。
大英明汗努尔哈赤，看到明朝边防的重新调整，防守力量稍有增强，便改变了继续夺取较大城堡的方针，采取严格守备，骚扰明边的办法。从此，后金与明军相互出击，互有胜负，致使战局出现相持的局面[31]。
八月初，北方的秋收季节到来了。明辽东官军与后金军以争夺粮食和扰害对方收获为中心，展开了相互袭击战。先是后金国大英明汗努尔哈赤命令两位大臣纳邻、音德率领众贝勒庄上的阿哈八百人，在距边境二十里的浑河、界藩之间的嘉木湖地方收获谷物。临行时，努尔哈赤对两位大臣作了具体指示和安排，告诫他们：白天督促收割，夜里隐避在山险的地方。办法是：今夜宿于南山，明夜移住北山，今夜宿在东山，明夜改宿西山，经常变更驻地，使敌方摸不清踪迹。在此易受袭击的地方，必须谨慎行事。纳邻、音德领命而行，分八百人为两部分，纳邻率领四百人在浑河南岸打谷，音德在浑河北岸打谷。两个人都违背了汗的旨意，不肯勤于变更驻地，为明辽东官兵探明。九月初四日，总兵李如栢派兵夜袭纳邻谷场，砍杀收谷的阿哈七十多人，另外的三百多人逃散了。努尔哈赤以两位大臣违令，下旨没收纳邻的全部家产，没收音德家产的一半，又以哨探叶古德侦探情况不明，没收他的三分之一家产[32]。
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