大英明汗努尔哈赤的移民政策引起的更为严重的社会后果是它打击了中小地主阶级和明朝中下级官吏，严重地侵犯了他们的切身利益，触动了辽河东西各个社会阶层。从天启元年大移民、大迁徙以后，辽民无论是贫是富都要迁移，富有的家庭多田土、多财产，既不易于搬动，也不愿意远徙，他们常常被列入被驱赶之户。一旦被赶，猪、马、牛等家产，一律归公。最富裕的户到了新的地方，也只是按照规定，十五口之家给两匹马、两头牛、两头驴。贫穷的户，十口之家，只给一头牛、一头驴。更贫的户，十个男丁仅给一匹马[17]。原有的耕地，按照牛录被重新均分，原有的地主失去了田园和不劳而获的生活，变为自食其力，耕作在田的农人了。从努尔哈赤迁移人口的地区来看，凡是辽河东西的居民几乎全部被牵动了。这就从根本上否定了最初在辽民中推行的“各守旧业”的政策，深深地触动了明朝在辽东的封建势力的根基。那些在后金刚刚进入辽沈的时候，按“各守旧业”的政策，庆幸保住田园的中小地主阶级和中、下级汉族官吏，还能在辽民的抗金波涛中，静坐两端，苟且偷生。如今，他们失掉了往昔的一切，变成了赤贫户。他们愤怒了，相继投入抗金的波涛中去。这就是天启三年以后，后金社会村村相通，户户相结，集体逃跑、暴动，民族矛盾和阶级矛盾加剧和社会危机加深的重要原因之一。
从天启四年到天启五年，从城镇到乡间，处处都燃起了反抗的怒火。面对这一切，努尔哈赤完全把责任推到以李永芳、佟养性为代表的汉官和汉民的身上。事实上，正是由努尔哈赤政策本身的变化所造成的。大英明汗努尔哈赤任用汉官的目的是让他们私查暗访，告密捉好，加强后金奴隶主贵族集团的统治。然而，辽民日益激烈的反抗斗争，使努尔哈赤大失所望，对于汉官他疑心重重。夭启二年正月，努尔哈赤对李永芳、佟养性等人，公开指责他们与河西的明人有勾结，故意损害他的事业，表示今后不再相信他们[18]。努尔哈赤还严厉指责汉官贪贿，擅自索取属下人民的财物，包庇毛文龙派来的“奸细”，不肯检举、查获他们[19]。天启三年五月，复州人民再次暴动。李永芳情况不明，误认是传言。后来证实果然有其事，努尔哈赤便愤怒异常。他下书给李永芳，大加斥责。书中说：李永芳!念你在抚顺的时候，是一个深明事理的人，才把我们金女的身子许配给你，上天保佑我有了叶赫部、哈达部、乌拉部、辉发部，打败了明朝的四路大军，得了抚顺、清河、开原、铁岭、沈阳、辽阳、广宁、蒙古等地。李永芳!你不相信吗?你每每念记明帝可以长久存在，认为我只是暂时的。辽东汉人叛乱的事，来书举发不绝，我都收查在案。你的谰言耽误我的大事。汉人投入明境的时候，你高兴，被我发觉后杀了，不顺你的心意。你若是诚心不苦累我兵，不劳苦我国人民，就要管好你任内的事，平定逃叛。如果那样，就算我的过错，你的谰言为对。你轻视我，然而，我听说你们汉人的刘邦曾经作过淮下吏，老天保佑他做了皇帝。宋太祖是个市井无赖之徒，也做了皇帝，传国数世。朱元璋没有父母，孤独乞食，投在郭元帅(郭子兴)帐下干事，也做了皇帝，传了十三、四世。你虽然思念明朝，可是，天示异兆，明国将亡，你能阻止吗?你目中没有我这个养父，但你是我家的女婿，这件事，蒙古人，明人，朝鲜人都知道。今天考虑到若是判你的罪，他国的人会嘲笑我，也会嘲笑你，所以不判你的罪，默默地了结此事。我这些话，都是发自胸中的愤恨啊[20]!
大英明汗努尔哈赤不信任汉官的结果，使一部分本来就不积极做事的汉官，更不肯勤于职守了[21]。有的汉官在女真官吏的管辖下，地位卑微，似同阿哈，难于生活。他们暗中与明廷相通，或找机会悄悄地逃走了[22]。连镇守金州、复州、盖州的副将，一度效忠于努尔哈赤的刘爱塔也离心离德，想投靠明廷。天启三年初，刘爱塔曾经在大贝勒代善的红旗下，很不得志，连他的乘马、财物也被旗主贝勒夺去，受尽虐待，几乎不能活下去。因此，爱塔派遣部将金应奎到登州、蓬莱私通明朝官员，愿意以复州作为内应，投归明朝。明廷派遣总兵官沈有容，以舟师联合毛文龙所部，集结在海外，等待刘爱塔起事。在爱塔还没能开始进行起事，努尔哈赤已经侦知明朝的舟师到了海外，他恐怕金州有失，当即采取了措施，把沿海居民暂时移到复州。爱塔首次预谋献城归明的事受阻了。同年五月，刘爱塔又派人与明官约定，将要在六月二十日深夜献出复州城。后来，因为爱塔与部下的备官王丙有了矛盾，密谋之事被王丙告发了。努尔哈赤得报后，迅速调发大兵三万，包围了复州城，逮捕刘爱塔，对复州、金州两城进行屠城。辽南军民纷纷逃难，先后逃入朝鲜王国的难民多达十余万[23]。
由于女真官员语言不通，民情不熟，无法控制汉民，而汉官又不愿意也不敢认真去管理汉民，甚至有的完全不管，使汉民敢于集体逃走。留下的汉人也不肯从事生产，自愿变成流民，所以社会上到处乞食的流浪者日益增多。逃亡、杀掠、抢劫等事件层出不穷，加重了后金的社会的混乱。
天启四年，由于生产遭到严重的破坏，后金境内，居民没有粮食吃，物价飞涨，社会日用品奇缺。谷物一升由白银一两，上涨到八两。一匹马由过去的十几两白银，上涨到三百两。一匹蟒缎由过去的四、五两银，猛涨到一百五十两或二百两，相当于过去的四十倍到五十倍[24]。与此同时，社会上出现了“盗贼兴起”，人相食的严重情况。社会经济已经接近于崩溃的边缘。
天启五年(公元1625年，天命十年)，大英明汗努尔哈赤在社会上出现严重动乱之后，大生杀机。屠杀的对象不仅是暴动的，无谷和少谷的汉人，而且把矛头指向明朝革职官员、秀才，以及一切可疑的人。同年十月，努尔哈赤下令：总兵官以下，守备官以上的八旗各级官员，到各城乡、村屯去甄别汉人。凡是在八贝勒家和一般女真家庭中服役的汉人都绑来盘查。让现任的汉族官员，将各自近亲的人领出来。被甄别出来的人口，即被怀疑的人均留在村中，最后，努尔哈赤命令八旗大臣，统兵分路到各个村庄去，将留下的汉人，统统杀光。在这次血洗辽地的惨案中，无辜被杀的居民和秀才难以统计。事后清查，只有三百名秀才得以幸免[25]。
大英明汗努尔哈赤所施行的一系列不利于团结汉民、汉官，并且激化民族矛盾的作法，严重地挫伤了汉族人民的感情，影响了后金社会的迅速发展和对东北地区统一事业的进程[26]，当时的人就批评努尔哈赤犯了“多疑过杀”的错误，影响了后金的发展、壮大[27]。
大英明汗努尔哈赤对于辽民采取编庄的管理办法，是始于天启二年(公元1622年，天命七年)二月，当时由都堂下书给汉官石廷柱、刘爱塔等，命令他们将移户编庄，这些庄户有自己的家畜，分给田地，配给耕具[28]。庄户既然有自己的经济，有自己的生产资料，说明他们不是被驱赶的户，也不是阿哈。因此，这种庄不是阿哈庄，是与三年以后的大规模编庄，在性质上是一致的[29]。
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