在昭莫多战役取得决定性胜利之后，为了抓住战机不让噶尔丹喘息，康熙帝又在公元一六九七年(康熙三十六年)举行了第三次亲征。这时噶尔丹所控制的残部仅有五、六百人，在清军的重重包围之下，叛军纷纷投降，噶尔丹本人也一病死去。至此，噶尔丹在沙俄支持下发动的这一场分裂祖国的叛乱终于被康熙帝平定下去。
噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦又在沙俄的扶植下起兵叛乱，并于公元一七一八年(康熙五十七年)窜入西藏，康熙帝立即派他的第十四子允禵前往平叛。公元一七二○年(康熙五十九年)政府军击败了叛军，进入西藏，平定了叛乱。康熙对进一步稳固我国的西南边疆作出了贡献。
六 反对罗马教皇干涉内政
在康熙帝的政治生涯中，对于外国干涉中国内政一类的事，他是坚决不能容忍的。关于这一点，可以从康熙帝与罗马教皇格勒门第十一的斗争中得到充分的说明。
原来在公元一五八五年(万历十一年)利玛窦进入中国后，外国教会势力也逐渐在中国各地活动起来。康熙帝登上帝位后，他对外国传教士在中国进行的宗教活动，一直抱有戒心。当公元一六六九年(康熙八年)清除鳌拜后，他虽然出于学习西方科学的需要，任用了南怀仁，恢复了传教士的行动自由，但是对中国人信奉天主教一事还是禁止的。大约过了二十多年，也就是直到公元一六九二年(康熙三十一年)，康熙帝才放宽了限制，允许中国人信奉天主教。当时在华的传教士来自欧洲许多不同的国家，其所属的教会也各不相同。大体说来，以属于耶稣会、圣方济会、多明我会的传教士为多。其中的耶稣会自从利玛窦来华传教起，为了争取更多的中国人信奉天主教，便根据中国的国情，允许中国教徒祭祖、祭孔、祭天，并认为敬“天”与敬“上帝”两者并不矛盾，可以并行不悖。
可是到了十七世纪末和十八世纪初，在华传教士之间为了这件事，却爆发了一场激烈的所谓礼仪之争。这场争论是由属于多明我会在华传教士首先发难的。多明我会的传教士认为耶稣会允许中国传教士祭祖、祭孔、祭天的做法，违背了天主教的原则。属于耶稣会的闵明我、徐日升、张诚等人为了争取康熙的支持，便把与多明我会发生争论的情况告诉了康熙。康熙认为耶稣会的见解适合中国的风俗习惯，因此给予了肯定。由于多明我会教士的看法没有得到康熙的支持，他们便多次写信到罗马教庭进行申诉，从而扩大了事态。公元一七○四年(康熙四十三年)，罗马教庭稽查异端部站在多明我会一边，声称中国教徒祭祖、祭孔、祭天的做法是一种异端行为，必须予以禁止。接着罗马教皇格勒门第十一竞派铎罗为宗教特使，跑到中国任意张贴所谓禁正异端的教皇“谕旨”，下令所有的中国教徒必须放弃对祖先、上夫和孔子的崇拜。康熙帝认为罗马教皇公然出面把中国的习俗视为异端加以禁止，乃是严重干涉中国的内政。这是绝对不能容忍的。于是康熙帝断然采取了如下的措施：他一面下令将铎罗驱逐到澳门，一面颁布上谕严正指出：“近日西洋所来者甚杂，亦有行道者，亦有白人借名为行道，难以分辨是非。如今尔来之际，若不定一规矩，唯恐后来惹出是非”。并严格规定，只有保证在中国定居永不回国，并遵循利玛窦以来定下的原则，保证中国教徒有祭祖、祭孔、祭天之自由，并经内务府同意发给执照的外国传教士，方可在中国传教。对于那些“近年来明年去的人”，则认为他们“譬如立于大门之前，论人屋内之事”，有干涉中国内政之嫌。凡属这类人，则不准他们在中国传教。后来，康熙又多次申，明：“尔众西洋人内，如仍似前次各出己见，乱寄书信者，即系乱法之人，在中国亦无用处。除会技艺人留用外，其余众西洋人务必逐回，断不姑留。”公元一七二○年(康熙五十九年)，当罗马教皇格勒门第十一再次派使臣来中国坚持无理要求时，康熙再次下令将使臣嘉乐驱逐出境，表明了反对外国干涉中国一内政的立场。
七 振兴社会经济
从明朝崇祯到清朝顺治(公元一六二八年～一六六一年)在中国内部先是发生了明末农民大起义冲击明王朝的极端腐败的统治。清军入关后，明末农民战争的余波未息，接着又发生了波澜壮阔的抗清斗争。因此，直到康熙上台的初期，在全国许多地区仍然存在着“人逃田荒”、“所在萧条”的社会不景气状况。为了扭转这一局面，康熙在采取了一系列客观上有利于社会经济恢复和发展的措施。
一、废除圈地令。公元一六六九年(康熙八年)清除鳌拜后，康熙帝鉴于清初入关后推行的圈地令，维护了象鳌拜一类守旧派的利益，加剧了阶级矛盾，不利于满族的进一步封建化，因此下令永远停止圈地，并规定所圈土地应退还给农民。到公元一六八五年(康熙二十四年)时，康熙又规定民间新垦田亩“自后永不许圈”，从而在一定程度上限制了贵族旗主的经济扩张，有利于自耕农民。
二、实行更名田。也是在公元一六六九年(康熙八年)，康熙帝还指示户部停止将明朝废藩的荒熟田地“酌量变价”而“将现在未变价田地交与该督抚给予原种之人，令其耕种”。这部分原属明朝藩王的田地，分布在直隶、山西、山东、河南、湖北、湖南、陕西、甘肃八个省，面积有十六万六千八百多顷，超过了八旗圈占北京周围的土地面积并且多是肥沃的土地。
由于康熙帝实行这一政策，承认了农民对藩庄土地占有的合法化，使原来耕种藩地的大批佃农转化成自耕农，因此对恢复清初的农业经济起了一定的作用。
三、奖励垦荒。这是康熙恢复清初农业经济的又一个值得注意的措施。早在公元一**九年(顺治六年)也就是康熙出生前五年，清初统治者为了使小农经济得到恢复，就宣布过新垦土地六年以内可以不向国家交税的规定。到了康熙十二年，也就是吴三桂开始叛乱的那一年，年轻的康熙帝进一步宣布“嗣后各省开垦荒地”，业主可以耕种十年后再向国家交税。当时政府鼓励垦荒的办法主要有以下两种：一种是用授给官职的办法，刺激有钱的地主们积极垦荒，凡“贡监生员民人垦地二十顷以上，试其文义通者，以县丞用，不能通者，以百总用。
一百顷以上，文义通顺者，以知县用，不能通晓者，以守备用。”另一种是用放宽起科年限的办法鼓励垦荒。由于采取了上述奖励垦荒的措施，因此当时曾出现过湖广人民前往四川开垦以及河南、山东、直隶人民前往东北开垦的热潮。这说明康熙帝推行的这一政策取得了一定的效果。难怪到公元一七一二年(康熙五十一年)时年近花甲的康熙帝曾沾沾自喜地说：“云南、贵州、广西、四川等省，人民渐增，开垦无遗，或沙石堆积难于耕种者有之，而山谷崎岖之地已无弃土，尽皆耕种矣!”
四、镯免钱粮。为了恢复农业生产力，康熙还推行了蠲免地丁钱粮的政策。大致说来，这一政策是在公元一六八三年(康熙二十二年)统一台湾后，便大力推行起来。他认为“欲使民生乐业、比屋丰盈，惟当己责镯租”。因此公元一六八七年(康熙二十六年)他一次就“蠲免江宁等七府、陕西全省钱粮，合计六百万有余。”当户部有人觉得数字太大时，康熙却表示“六百余万未足为多也。”此后，各省钱粮大都得到不同程度的蠲免。到公元一七○二年(康熙四十一年)时，康熙鉴于“云南、贵州、四川、广西等处，未得常邀蠲恤”于是他发布谕旨说：“朕欲将四省四十三年钱粮悉行蠲免”。有人曾对康熙元年至四十四年的蠲免钱粮数作过统计，说这期间康熙帝“所免钱粮共九千万有奇”，如果再把公元一七○八年(康熙四十七年)“蠲免钱粮至八百余万两”统计在内，数字确实是很可观的。当然，这种蠲免政策的实质，正如康熙帝本人所坦率承认的那样：“不过于田多富户有益，其无地穷民未必均沾实惠”。然而这一政策的施行，对挽救小农经济的全面破产和复兴农业还是起了一定的调节作用的。
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