墨子一方面是个经验主义者，重视从实践中得出的经验材料，相信其反映事物属性的可靠性，并把它当作正确认识的来源。因此，墨子对事物存在的普遍差异就不能熟视无睹，肯定差异存在的客观性，“二必异”。 墨子指出，同与异具有在相互比较、相互联系中才能显示其存在，“同异交得放有无”。 别异就自然成为墨子基本的思维原则，“以类取，以类予” 也就成为墨子认识活动的重要方法。
同时，墨子又是理想主义者。“同”始终是墨子追求的理想境界。“同。异而俱于之一也。“ 墨子认为，同的根本表现在于：差异是由同一形成的，所谓同根之同，说明万物同于根，至小亦同。同时，墨子又认为，万物差异归根到底又构成一同，”不外于兼，体同也，“ 说明万物同于一兼，至大亦同。在墨子的思想中，同既是异的原因，又是异的结果，同一比差异更为根本。从墨子追求的理想境界来看，”同“是墨子的最高理想，尚同是墨子最基本的信念。在墨子的思想体系中同和异在本质上是对立，同和异之间没有联系转化的中间环节。同为什么又如何生成异，异为什么又如何构成同?在理论上，逻辑推理上得不到合理的说明。尚同和别异作为两个基本的思想原则当然就悖反了。尚同和别异思维原则的背反，从认识论的角度看，表现为感性经验的直观性和理性思维直觉抽象的背反;从社会阶级的根源看，表现为追求阶级利益的现实内容和超阶级利益的普爱形式的背反;从存在与思维的关系看，表现为唯物与唯心的背反。
尚同和别异的背反渗透到墨子认识自然事物的科学活动中，一方面墨子肯定自然万物差异存在的客观性，肯定自然界变化现象的普遍存在，所以别异分类是认识自然万物的有效手段;另一方面墨子又认为万物构成的基元及途径都是绝对同一的。
墨子从物体本身的内在结构来说明自然万物差异存在的客观性，提出了“端一体一兼”的结构层次观念。墨子从物体本身的物质构成来说明物体存在的形式及变化的原因，坚持了从最简单的，可分析的因素来理解物体宏观现象的倾向，从而使对自然物体的科学认识建立在坚实的物质性和具体可分析性的基础之上。
墨子认为，任何物体都是由物质基元——“端”构成的，“体也，若有端”。同时，体也是更大层次的物体——“兼”的构成单位，“体，分于兼也。”“端”是一种可以独立存在“有”的一种基本形态，“非半弗则不动，说在端。”从几何特征上看，“端是无间也”。 这个“端”是绝对同一的构成基元，它在几何、物理特征上都是同一的，至小无内，至小亦同。万物都是通过由端成体，由体成兼的同一方式构成。那么同一的基元，同一的构成方式如何能构成多种形态的自然万物?绝对同一的基元和其所构成的二必异的万物之间缺乏联系的中间环节。“和实生物，同则不继”。 同一基元，同一构成方式不能从理论上说明构成万物的差异。在认识自然的过程中，尚同和别异作为基本的思维方式就不可调和了。
古希腊、近代科学的原子论思想认为，存在不同种的基元原子。同种或不同种的基元在数量及空间形式方面，在各层次上的不同组合才构成了互异的万物，从而在理论上得到了一个自我完成的解释。在这基础上，能进一步从基元本身的结构和性质来探求基元组合的动力问题。因而原子论为科学理论思维沿着结构分析的方向深入发展准备了思想基础。“端一体一兼”的结构层次思想对物质结构的认识虽然是一个良好的起点，但由于尚同和别异思维原则的矛盾，却无法在科学认识上深入下去。“端一体一兼”的结构层次思想停滞在萌芽状态，不能成为墨子科学活动的指导思想和理论构成的出发点，不能促使墨子的科学认识向实证分析的方向发展。墨家成员多属社会下层，社会上各阶级、各阶层政治、经济地位强烈的反差给他们造成了重复的刺激和深刻的印象，对“强必执弱，富必侮贫，贵必做贱，诈必欺愚” 的阶级压迫有深切的体会。墨子认为“富贵者奢侈，孤寡者冻馁” 这种社会不平等的状况是不合理的，也不应该存在。但是墨子并不反对等级制度的存在，而只是反对人与居其位之间的不当。所以，墨子提倡尚贤以代替亲亲，主张提拔各级官吏应“不党父兄，不偏富贵”，“贤者举而上之，富而贵之，以为官长;不肖者抑而废之，贫而贱之，以为徒役。” 墨子认为，社会阶级差异的存在虽有其客观性，但不是本质的，永恒的，而是可在一同的基础上得到消除，鼓吹从理想化的“兼”、“同”来消除现实客观存在的“别”、“畸”。墨子不顾经济地位造成的阶级差异，血缘联结形成的宗法关系，在没有现实的政治、经济力量冲破当时的政治、宗法等级的背景下，从一同的思想出发，认为至小亦同，即人人都应平等，至大亦同，即整个社会应是一个人人“兼相爱交相利”的社会。墨子将大同思想的实现寄托于能一同天下之义的天子、天志。
尚贤是君择臣，却要求不以阶级地位为依据，尚同是民择君，却要求天下之义一同于君。墨子从绝对的同出发认识社会现象的异，虽然墨子对社会不平等的现象有深刻的揭示和清新的认识，然而提出的解决方案却是如此迂腐可笑和不切实际。荀子曾中肯地批评过墨子，“僈差等，曾不足以容辨异，县君臣。”墨子“有见于市，无见于畸，有齐而无畸，则政令不使。” 墨子的社会政治思想半是醒世恒言，半是痴人说梦。作为一个政治活动家，墨子半是艰苦绝卓的实践者，半是喋喋不休的说教者。这正是尚同和别异思维原则背反的结果。
一种思想体系是否适应社会的需要，固然是其生存和发展的必要条件，但是其本身内在的自我调节能力亦是一个重要因素。墨子思想体系由于尚同和别异的背反，丧失了这种调节能力，使它不能适宜、适时地改变自己的体系和形式，求得自身的生存和发展。
(二)强力非命与天志明鬼的背反
在墨子的社会历史观中，强力非命与天志明鬼表现为内容与形式的矛盾。形式上的天志明鬼思想表明了传统力量的深厚和沉重，表明了小生产劳动者物质力量的薄弱和思想的不彻底。
在从“学在官府”向学术下私人的演变过程中，由于社会物质力量的缺乏，对因袭的传统缺乏足够的力量与之决裂。维新就是对传统习惯、观念、思想批判继承的一种主要形式，尊古贱今的社会习惯心理使托古言之成为一种社会需要。小生产劳动者虽是一个新兴的社会阶层，但由于其本身力量的单薄和分散，有一种对超自然力量的依赖心理。小生产劳动者的生活、生产受制于自然界的各种偶然事件，所以对不测之风云，自然会有一种畏惧感，产生天意、鬼意的想法。王命天授又是一种符合当时社会心理的传统观念，它有利于人君世主的政治统治保持一种神秘的恫吓、震慑力量。所以，天志、天意的观念受到现实政治力量的维护。这些使墨子假借天志、鬼神的形式具有现实的社会基础。同时，墨子是宋人后裔，明鬼是宋俗，所以，墨子借用明鬼形式有其历史渊源。墨子假借天、鬼形式宣传自己的社会政治思想，将其提高到天志的高度，成为一种不可侵犯的法规。
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