五、5月1日，正式废除《临时约法》(即所谓“民元约法”，又称旧约法)，公布《中华民国约法》，实行总统制，废国务院，设政事堂于总统府，以徐世昌为国务卿，杨士琦、钱能训13为左、右丞。至此，政治会议完成了其使命，被参政院取代。黎元洪、汪大燮分任参政院正副院长，以陆征祥等七十三人为参政员，张国淦为秘书长(后改为林长民)14。
六、7月，袁公布了复古色彩很浓的文官官秩令，分为上卿、中卿、下卿;上大夫、中大夫、下大夫;上士、中士、下士。共计九等。
七、12月，“约法会议”通过了《总统选举法》修正案，并于29日公布：总统任期十年，得连选连任;这在实际上确认了袁世凯的终身总统地位。至于袁的继任者，法案规定由袁世凯自行推荐三人，藏于金匮石室，于其身后开封确认，颇类似于帝王的遗诏。
所谓金匮石室，是师法雍正皇帝置传位遗诏于乾清宫“正大光明”牌匾后面的遗意，为的是防止对于皇位的觊觎和争夺，但当时袁世凯还是民国大总统的身份，其申令为：“中华民国大总统继承人，照大总统所亲书继承者三人姓名，按先后次序承继，特设石室金匮之制。此令15。”共和制度，总统例由全民或国会选举产生，袁氏却来了一个接班人钦定，非驴非马，但很能反映他对帝制的醉心程度。这个石室就建在居仁堂之右、经过丰泽园，转过?字廊的小坡上。袁氏死后，黎元洪按临时约法继任大总统，但仍按捺不住自己的好奇心，开启石室一探究竟。刘成禺16曾就此面询过黎元洪。
我问黎：“总统已经开启了石室金匮了吗?”黎说：“开了。”“其中所藏何物?”黎说：“大总统继承人，项城亲笔书写的人名册子呗。”“名册为何种样式?”黎说：“全是用中国线装书的方式装订，长一尺，宽六七寸，共十页，用最名贵的白夹宣纸，册边用黄丝线装订，封面用黄绫，书头用红绫包角。题签是项城亲笔书写的四个大字‘万民攸赖’。翻开黄绫封面，又是四个亲笔大字‘中华民国’;再翻开一页，则划有三条红格长线。(项城)亲笔书写三人姓名，顶格书写，每人姓名各占一行。”我进言说：“总统的姓名，项城必是亲笔书写在第一行中了。”黎笑着说：“我做总统，乃中华民国约法上的合法总统，全国公认，岂是借袁项城一笔写出来的吗!我做总统与袁何干，倒是经你们的笔写出来的。”17
刘成禺是国会议员。黎元洪的意思是自己是由国会选出来的。刘成禺一再追问名册中写的是谁，黎则坚决不肯透露。直到黎元洪去世后，随同黎开启石室金匮的秘书黎澍(湖北黄陂人，字劭西)才透露了实情：
民国五年农历五月初七日，黎副总统正位为中华民国大总统。农历五月初九日，赴中南海开启金匮石室。石室钥匙由三海指挥官徐邦杰18保管，我是总统秘书，随大总统前往开匮。徐邦杰献钥匙于总统，总统亲手拆去封条，开锁启门;徐邦杰再献上金匮的钥匙，总统拆去封条，开锁启匮，再开启匮中的金函(匣子)，取出黄绫面的线装书一册。总统令随行人等一概退到门口，自己打开书册阅看，阅看后阖上书，装入衣袋中，关闭石室回府。随行人等都不知道书中说了些什么事，题写了何人姓名，只知道是大总统继承人而已。我后来去春藕斋，一天，陪黎元洪闲话聊天，黎无意中说出金匮石室所藏，黎为第一人，徐(世昌)为第二人，段(祺瑞)为第三人。我对黎宣誓保证不外泄。我又问及徐邦杰诸人，说是取消帝制后，袁又将金匮中的名册，更换过一次，大概原本是袁克定第一，徐世昌第二，段祺瑞第三。后来更换时，乃改袁克定为黎元洪。开始的意图是传子，后来才依照约法，首先列黎元洪，借以掩天下人的耳目而已。19
现在让我们回到正题上来。在地方上，袁则主要是实行军民分治的方针，废除集军政民政大权于一身的都督职务，改设“将军”一职，专管军事;另设巡按使(相当于省长)负责民政。在京城则设立将军府，将权倾一方、尾大不掉的地方军头，调入将军府，以高位厚禄尊崇羁縻之。袁氏此举，与扫平孙、黄一样，实在是强干弱枝，潜消割据所必须进行的一步，否则就不可能实行中央集权。黄绍在谈到民国初年的军民分治时曾回忆说：
1913、1914年代的各省都督，掌管军政大权，民政不过是都督职掌的一部分，民政长(或称内务司长)是都督的下属。1913年，黎元洪首倡军民分治的论调。他的秘书长饶汉祥用骈四骊六的文章，力陈唐代藩镇之害。而当时的都督也真是无所不督，各省自成王国。袁世凯实行中央集权，黎元洪的这种论调，正合了他的心意。1914年6月，将各省都督一律裁撤。另于北京建将军府，给那些都督们以各种将军的称号(其实是都督的集中营)。然后选择亲信，予以督理军务的名义，都督就一变而为督军(督军是督理军务的简称)了。说明白一些，就是以前都督什么都可以督，现在只能督理军务了。
民政方面，仿明朝制度，把民政长改为巡按使。明朝的巡按使，既可以管民，也可以管军;也就是要用文人来管军人，以防军人造反。袁世凯在巡按使的职权内，还可以以大总统命令巡按使会办或帮办军务，在巡按使署，有它的军事组织。民元的都督，多半是由前清的偏裨武官出身，或是革命的草莽英雄。因此，袁世凯所用的巡按使，就尽量利用前清的封疆大吏。这些人多半是那些都督或督军旧日的顶头上司。这样，在旧社会的感情上，督军既不能拒绝巡按使，还要相对地听巡按使的指导或监督。袁世凯认为这是无上的妙法。20
军民分治是维护国家统一的必须，却损害了大大小小拥兵自重的地方军头的既得利益，袁世凯在这上面犯了众怒，但此举名正言顺，他又挟扫平孙、黄的余威，却也没有人敢于据地称兵，对抗中央。但潜在的不满已经在蓄积，如有机会，是一定会爆发出来的。
在中央的军政方面，袁世凯也开始进行权力上的调整，从而触动某些人的既得利益，使北洋集团内部出现了裂痕。首先，为了牢牢抓住军权，袁在就任正式大总统后，将原总统府军事处改组为统率办事处，将一批高级将领任命为办事员，共计六人：段祺瑞(陆军总长)、刘冠雄(海军总长)21、陈宦(参谋次长、代参谋总长)22、萨镇冰23、王士珍、蔡锷。此六人都是上将军衔，被称为大办事员。这样，袁就将原来由陆军部、海军部分掌的军权和人事任用权集中到自己手中了。重要军务和军队人事，都要经办事处会议，而办事处为总统属下的集体议事机构，陆军部长、参谋总长和海军部长均为办事员，只有总统(同时兼任陆海军大元帅)有拍板权，办事员的作用只相当于参谋、幕僚。统率办事处的作用在分权制衡，“表面上汇聚陆、海、参谋三部，统筹军事，实则减削陆军部之权24。”袁之所以这样做，有他的道理，他发现，有些北洋老人恃功自傲，有自立山头的迹象了。徐世昌曾言及当时北洋内部之矛盾说：
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