沈剑飞领导的太空联合指挥部爪哇岛战略轰炸指挥小组见大规模轰炸时机成熟，便在9月15日晚11点45从苏门答腊和加里曼丹各空军基地出动五百架战机进行战略轰炸，目的主要是配合海军和二炮封锁全岛，并以长时间的火力打击削弱和动摇印尼人的抵抗意志，为日后登陆创造条件。
太空中的卫星和先期潜入的无人机构成侦察和评估系统，而这五百多架飞机则组成数个执行不同任务的群体，分为预警保障群体、突击保障群体和突击群体，在太空联合指挥部爪哇岛战略轰炸指挥小组统一指挥下协同作战，共同完成任务。海军和二炮部队发射的第一波巡航导弹和弹道导弹首先开路;预警保障群体引导突击保障群体中的战斗机分队消灭冒险起飞的联军战机和用反辐射导弹突击敌方防空系统的雷达;尔后侦察和评估系统再直接或通过预警保障群体指挥突击保障群体在联军火力圈之外以空地导弹和制导航空炸弹摧毁联军方最重要的新目标;在压制了联军防空力量的抵抗后，突击保障群体中的电子战分队欺骗和堵塞联军的残存的雷达系统，掩护突击群体采用小编队、多路多方向同时深入目标上空攻击。侦察和评估系统发现解放军空军第一夜的“迷盲──压制”、“侦察──摧毁”的战术取得成功，标定的目标大多摧毁，自己竟然只损失1架H─6C轰炸机。
但第二夜解放军的损失增大到6架战机，沈剑飞的指挥小组发现它们都是被在大城市内公路上机动的可移动导弹和高炮部队击落的。沈剑飞断然决定改为白天轰炸，让繁忙的城市交通阻碍联军的机动。
9月17日下午5点，解放军空军的飞机一反常态地临空雅加达，热闹的人流片刻之间便化为四处乱窜的没头苍蝇，一些交通路口跟发生多向连环车祸，联军的防空部队动弹不得了。联军的雷达测量员只能测好飞机的高度，再通知调弹处，调弹员再将炮弹调到指定高空爆炸，来来往往间延误了战机。解放军的飞机在高速地飞行，并不停地改变高度和方向，要将炮弹射中飞机简直是天方夜谭，联军只能祈求炮弹恰好在飞机周围爆炸，弹片把飞机打伤。本来多门高射炮集中火力便可增加命中率，但联军为机动作战都分为许多小组，此刻不免有望机兴叹之感。
解放军战机要炸哪一个目标，不是来一两架飞机，而是六七架，甚至十几架。
有的飞机在外围旋转，侦察地面火力点;有的携带火箭和导弹，盘旋观察，一发现火力点，就近用火箭远用导弹向防空阵地射击。有调皮的解放军飞机乔装投弹，引开火力点，好让其他的飞机轰炸目标。有时炸了即去，有的假装去了，突然又转回轰炸，有时不断地轮番轰炸……总之，解放军空军的战术是机警、多变甚至带有些既兴发挥。
黔驴技穷的联军防空部队使出最后杀手锏，隐藏在居民区、清真寺、医院、学校和博物馆的防空导弹突然发射，使十几架中低空飞行解放军战机猝不及防，其中几架飞机立刻在空中爆炸成碎片;另几架飞机受伤，拖着一团火或浓烟坠落远方。
居民区、清真寺、医院、学校和博物馆等都是军委规定禁止袭击的目标，薛皓简只能把沈剑飞报告的情况上达中央。信息爆炸带给军事行动的最大不便就是保密问题，联军用民用设施做掩护的小道消息很快在中国国内的互联网上流传开来，触角灵敏的记者很快把从某个气愤难当的解放军飞行员那里获得更细节的材料刊登，中国公民的愤怒爆发了。在压力下，中央取消了对解放军的这一限制。
沈剑飞是精确轰炸战术的积极支持者，在军校便接受了解放军通过观察和总结美国空军的近三十年“外科手术”式行动而发展的思想，即空中力量的发展要以精确轰炸为核心，战略轰炸不应轰炸平民，应当突击敌人国家经济结构，打击国民经济关键环节，导致其全面崩溃。因此，解放军航空兵的使用原则一贯是──对重要目标系统中的重要点状目标进行精确轰炸。从军人的荣誉上出发，沈剑飞不屑攻击平民目标，但同当今普通中国公民一样，更不能接受“牺牲自己战士的生命去换取敌对国平民的安全”的腐儒观点，他断然命令用普通炸弹实施低空“地毯”式轰炸。促使沈剑飞采用面轰炸方式的另一原因是，太空联合指挥部的秘密侦察和评估小组很快发现，解放军空军对攻击固定目标诸如掩体或者桥梁本应该十分精确，但让专家们大跌眼镜的是，解放军空军还是打不中，这得归功于联军中英国人的伪装天才。
秘密侦察和评估小组的一位专家惊讶地说，联军为了保护雅加达芝里翁河上一座解放军重点轰炸的桥梁，在真桥上游300米处搭了一座用塑料和铁皮造的假桥，引来解放军空军战斗机和轰炸机多次轰炸了那座假桥，而化妆的真桥直到现在还安然无恙。专家们还发现，英国人把长长的黑色铁棒插在破卡车的两个轮子之间，结果引得解放军战斗机前来轮番攻击。有很多防空导弹发射器居然是用金属线扎的!这名解放军专家悻悻地说：“在5000米高空看这些玩意，绝对跟真的一样。不能怪飞行员们误报打中目标!”
秘密侦察和评估小组的一些专家官还认为，这种通过精确轰炸来摧毁工业设施的做法对付工业集中的国家会起到很大作用，但却没有使印尼的生产放慢多少，这是因为印尼工业的大部分都分散在居民区内的小工厂里，精确轰炸无法奏效。
沈剑飞的决定是经过深思熟虑和反复推敲的。根据对卫星和航空照片情报的研究来看，由于总是遭到解放军无人机的低空骚扰，联军对于低空夜间空袭很麻痹，雷达预警系统遭受前段空袭的破坏产生很大漏洞。其次，从各地涌入的印尼平民在居民区见缝插针造了不少纸木结构的临时房屋，极易燃烧。雅加达等大城市消防能力有限，市自来水总管道的压力不稳，消防队要靠电力辅助抽水泵，一旦电路被切断，水泵就不能用了。沈剑飞断定，雅加达等城市一旦被点燃，火势将无法控制。大规模面积轰炸带来的大火可以极大地震撼印尼国民，动摇其抵抗意志，并破坏其分散的中小工厂，使它们无法向大型装配厂输送生产出的配件，这样就可以使整个印尼军事工业陷于停顿。
在薛皓简批准的最后计划中，雅加达被选为首次火攻试验的目标。9月27日晚9点56分，苏门答腊各空军基地执行任务的三百多架飞机在发动机的轰鸣声中一架接一架地起飞了。晚10点45分，从加里曼丹岛和苏拉威西岛起飞的战机开始加入这个庞大的空中行列，引擎的隆隆声响彻海空。六百多架战机编好队形，向南飞去。
在高空，一百多架无人机拉开距离，模仿大型机群。
解放军的机群借助地型匹配雷达和数据链飞得很低突然，低到差点擦着树梢，掀起一股股狂风。飞机发出的声浪震耳欲聋，树叶纷纷落下，甚至连小鸟都吓得从树上坠到地面，纵有翅膀一时亦无法飞起。
11时35分，第一批J─11F战斗轰炸机飞临雅加达上空。夜空中响起刺耳的警报声，一些探照灯开始向空中照射。由于以往解放军夜间轰炸对雅加达造成的破坏不太严重，许多居民对警报声并不在意。
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