市行政会不愿意考虑这一问题。传教士们不爱吵架，我们不能不认为世俗当局对宗教法庭篡权一事是不安的。委员们把决议拖延了一段时间，最后的判决模棱两可。卡斯特利奥受到训斥但未处分、未被除名。但提名他为温多华传教士的活动在另行通知之前暂行停止。
这样一个不冷不热的惩戒，有人可能认为足以使卡斯特利奥满足了。但他另有主意。这一事件只不过加强了他先前的想法：在象加尔文那样的一个暴君的独裁统治之下，日内瓦就不会有自由精神。因此他请求市行政会解除他的职务。他通过第一次尝试使用力量和研究他敌手的策略学到了足够多的东西。他知道政治党徒用专横对待真理，他们想使真理为他们的政策服务。卡斯特利奥清楚地预见到，他坦率、果断地拒绝高位显职，只能使他的敌人散布流言蜚语，说卡斯特利奥失去官职的原因是由于某种不端的行为。因此，在离开日内瓦之前，卡斯特利奥请求得到一份有关这事件的书面报告，加尔文别无选择只好在报告上签名。这份报告现仍存巴塞尔图书馆国家文件档案中。在那儿，我们读到之所以拒绝任命卡斯特利奥为传教士，仅仅只是因为两项无关宏旨的神学上的分歧。报告最后部分的原文如下：“没有人可对塞巴斯蒂安·卡斯特利奥离职的原因妄加猜测，我们全体宣布他是自愿辞去学院院长职务的。直到最后，他是如此圆满地完成了职责，我们认为他值得成为我们传教士的一员。即使最后的人事安排并非如此，这也并不是因为我们发现卡斯特利奥有任何不端行为，而仅仅是为了上述原因。”
加尔文当然还是得到了胜利——从日内瓦勾销了那唯一能站出来反对他的人。但毋庸置疑，这胜利是付出极大代价才得到的。卡斯特利奥极孚人望，许多人把他的离去当作本城的一大损失。公众的舆论认为，“加尔文大大冤枉了卡斯特利奥老爷”。整个人道主义者世界普遍认为：加尔文在日内瓦谁也不容，只容得对他的所有意见唯唯诺诺的人。二百年以后，服尔泰把对卡斯特利奥的镇压作为证明加尔文内心思想态度的决定性的证据：“我们能够根据卡斯特利奥揭露加尔文迫害的实例中衡量这专制暴君的恶毒——虽然卡斯特利奥是远比加尔文伟大的学者。是加尔文的妒忌把他逐出了日内瓦。”
加尔文的本性对批评过份敏感。他很快就认识到民意是反对他的，普遍认为他应对卡斯特利奥的下台负责。他刚达到了他的目的，成功地把那唯一具独立思想的人直接逐出了日内瓦，就意识到自己得为卡斯特利奥目前的贫困和苦难负责，他因此感到不安。实际上，卡斯特利奥的离职决定是在走投无路的情况下作出的。作为加尔文(从政治上说起来，此人是瑞士最强有力的新教徒)的对手，卡斯特利奥不可能指望很快就接到改革教会的另行任命。他鲁莽的离职决定，使他处于赤贫状态。这一曾任日内瓦宗教改革学院院长的人被迫为乞讨口粮挨户奔走。加尔文是够聪明的，他意识到当一个被击败的对手明显地处于贫困状态时就会铤而走险。现在卡斯特利奥已不再在他旁边使他恼火了，因此，加尔文想为那被追猎的人留一条退路。在这个时候，他想必花了很多的时间，一封信接一封信地为自己开脱。他称为了替卡斯特利奥那个穷小子谋一个合适的职位，他找了许许多多的麻烦。(卡斯特利奥为什么穷苦，那还不是加尔文的过错?)“我希望能从什么地方借到一笔足够的贷款，我将尽一切力量助成此事。”但卡斯特利奥不象加尔文所希望的那样保持沉默。他告诉所有的人，由于加尔文的专横跋扈，他被迫离开了日内瓦。这就触到了加尔文的痛处。因为加尔文从来不公开承认他自己是一个独裁者，他总是形容他自己是一个谦卑恭顺地完成人们分派给他困难工作的人。
加尔文写信给他朋友们时的口气很快就变了，他不复同情卡斯特利奥了。“如果你知道这情况就好了，”他写信给人说：“这杂种狗(我指的是塞巴斯蒂安.卡斯特利奥)冲着我狂吠乱叫。他称他是被我的专制暴虐逐出公职的，他称我希望做一个至高无上的统治者。”在几个月之内，就是这样一个被加尔文形容为够得上担任上帝仆人神圣职务的人，成了一只“野兽”，一条“杂种狗”——这只不过因为卡斯特利奥宁愿受极端的贫穷，也不愿出卖自己，不愿因为赠予牧师的傣禄而缄口。
这一英勇地受穷、自愿受难的行为，在卡斯特利奥同时代的人中间引起了敬佩。蒙田说过，象卡斯特利奥这样做过那么多好事的人，会落在那万恶的时代里，实是可叹。那法国随笔作家接着说，有很多人如果及时知道卡斯特利奥匮乏的话，毫无问题，他们会乐于帮助他的。蒙田太自信了。没有人对卡斯特利奥最低限度的需求，帮过一点忙。年复一年，这一被逐出职位的人，得不到与他的卓越的学涧道德相配的位置。有很长一段时间，没有一所大学光顾过他，没有向他提供过一个传教士的职位。因为，在政治上瑞士各城市对加尔文的依赖已如此之大，以致于没有一个人敢冒风险而向日内瓦独裁者的对手假以援手。无论如何，这个被追猎的人仍可在巴塞尔的奥伯林印刷所当一个低级校对员以挣得菲薄的收入，可是这职业并不是正式的，不足以养活妻子和孩子们，也不足以养活他自己。为了扶养一群赡养者(数目是六或八人)，卡斯特利奥加班当私人教师。多年的匮乏使他心力交瘁。他不得不忍受着这一切，直到最后，巴塞尔大学给予这一有百科全书之称的人一个希腊文读经人的位置。但这一读经的位置，荣誉性质大于挣钱，远远不能使卡斯特利奥从无休止的苦役中解放出来。年复一年，生命延续着，这伟大的学者(很多人视他为当时最伟大的学者)得做雇工的活，他在巴塞尔郊区用手铲土。因为他的日常工作，不足以糊口。卡斯特利奥终夜兀坐校样：为别人的文章润色，翻译多种外文资料。我们计算了一下，他为巴塞尔印书商从希腊文、希伯莱文、拉丁文、意大利文和德文翻译过数千页的资料，这一切仅仅是为了挣得每天的面包。
由于这些年的去职，他衰弱的、过分敏感的身体被搞坏了。但他独立的和不屈不挠的精神，从来没有被削弱过。因为在艰苦的劳动中，卡斯特利奥从来没有忘记他真正的任务。他不屈不挠地继续他终身的事业：把《圣经》翻译成拉丁文和法文。一有空暇，他就组织争辩，写评论文章，交换意见。他没有一天、没有一夜不坚持艰苦的工作。他从来不知道旅游的欢乐、消遣的欢欣，甚至不知道名誉、财富等世俗的报酬。他宁愿接受无休止贫困的苦味，宁愿丧失睡眠的机会，也不愿对他的良心不忠实。这样，他为我们提供了一个精神英雄的灿烂的典范。这个人，虽然没有被世界看到，虽然在黑暗中被遗忘，但仍然为了他视作神圣而又神圣的享业——言论的不可侵犯，意志的不可破坏而斗争。
卡斯特利奥和加尔文之间的决斗还没有开始。但两个人、两种思想已互相对峙着。每一方都认为对方是不妥协的敌手。他们不能在同一城市、同一精神领域共同生活一天。虽然实际上他们是分开的，一在巴塞尔，一在日内瓦，但他们彼此密切地注意着：卡斯特利奥没有忘记加尔文，加尔文也没有忘记卡斯特利奥。他们彼此缄口不言，但那只是暂时的等待，等待说出那决定性的话。这样的对立，要比仅仅意见不同更进一步。那是一种哲学同另一种哲学的根本结仇，永远不能达成协议;在独裁统治的阴影之下，是永远不可能有自由自在的精神自主的，而对一个独裁统治来说，只要在它势力范围内有一种独立思想，它就永远不能无忧无虑和充满自信。当然从潜在的紧张到激化，还需要一些特殊的原因。直到加尔文燃起火把，烧死了塞维特斯。卡斯特利奥现在是骨鲠在喉一吐为快了。只有当加尔文向每一个精神是自由的人宣战时，卡斯特利奥才以良心自由的名义，宣布对加尔文作生死的搏斗。
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