参加华中局整风运动，并向干部作整风辅导报告。对扬帆受诬一案，参加审查，实事求是纠正错案。
1945年(39岁)
2月14日，被任命为中共中央华中局委员。
4月，在延安参加党的“七大”会议。会议期间，受到毛泽东的表扬和接见。会后留在延安，仍在中央社会部工作。‘
1946年(40岁)
3月，离沈阳到北平。旋即奉命到南京参加中共驻南京代表团工作。
7月，陶行知逝世后，根据周恩来的指示，对正在上海的许多进步人士一一进行了解，并给以多方面的关心与照顾。
9月，根据周恩来指示，与夏衍一起离上海到香港，在港主持统一战线及隐蔽战线工作。
1947年(41岁)
1月16日，中共中央决定成立中共中央南京局所属香港分局，被任命为香港分局成员。
1948年(42岁)
5月，就即将召开政治协商会议一事，和各反美反蒋民主党派、人民团体及社会知名人士交换意见。
联系和组织港商同大连、烟台等解放区沿海城市进行贸易往来，为解放区提供紧缺物资。
年底，在港获悉上海李白电台被国民党破坏，电告上海情报负责人刘人寿及部分情报干部撤往香港。
有计划地组织良主党派领导人和各无党派知名人士从上海等地转往香港，然后由香港通过海上通道转移到解放区，为召开新的政治协商会议做准备。先后共组织20多批，约350人，历时一年，没有一次失误。
1949年(43岁)
春。参与策动国民党政府资源委员会和上海海关两系统的起义。参与组织国民党中央航空公司和中国航空公司在港机构和人员的起义。
4月，应中央电召，与夏衍、许涤新同船离香港前往北平，接受接管上海的任务。
5月11日，受周恩来接见，谈上海接管工作。被告知即将担任解放后上海市副市长职务。5月12日，受毛泽东接见。当晚又出席周恩来召集的会议，讨论上海工作。
5月16日，离开北平。
5月23日，到达丹阳向中共中央华东局报到，参与接管上海的准备工作。
5月27日，上海全市解放。28日，上海市人民政府宣告成立。任上海市副市长。陪同陈毅市长接收上海旧政府。5月31日被任命兼任上海市军事管制委员会秘书长。”
在此前后，党内被任命为中共中央华东局委员、社会部部长、统战部副部长、上海市委副书记、社会部部长、统战部部长、市政府党组书记等。
9月30日，当选为全国政协委员。
1950年(44岁)
1月，中共中央决定华东局与上海市委领导机构分开。任市委常委。
1月27日，华东军政委员会成立，当选为委员。
1951年—一1953年
工作基本上没有变动，负责市政府的日常工作，并分管政法工作。
10月16日——24日，在上海市第二届第一次人民代表会议上，当选为副市长，市协商会议第一副主席。
11月，任市委财政经济工作委员会副书记。1951年5月兼任市政府财政经济委员会主任。
1954年(48岁)
春。华东局撤销，上海市委改组，任第三书记。
8月16日——21日，出席市第一届人民代表大会第一次会议，当选为全国人民代表大会代表。9月1日，赴北京出席全国人民代表大会第一次会议。
1955年(49岁)
4月3日，在中国共产党全国代表会议期间，通过陈毅，以书面报告形式主动向中央谈了自己12年前在李士群、胡均鹤挟持下会见汪精卫的经过，并说明自己长时间没有向组织上说清楚的原因。经毛泽东批示，被以“反革命”罪名逮捕，关押在北京北郊功德林公安部看守所。4月17日，上海各大报刊公布潘汉年被捕消息。
1960年(54岁)
3月15日，被转移到昌平县秦城监狱关押。
1963年(57岁)
1月9日，被最高人民法院以“内奸”罪判处有期徒刑15年，并剥夺政治权利终身。
2月13日，被“假释交公安部管制”，并与董慧一起到北京南郊团河劳改农场居住。
1967年(61岁)
3月，根据“中央文革”命令被重新收监审查，从团河农场转口秦城监狱关押。7月，患病住院，被怀疑为身患癌症，在医院住了两个月，仍回监狱。
1970年(64岁)
7月，根据“专案组”的建议，经中共中央批推，被重新加重处理：“永远开除党籍，判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。”
1975年(69岁)
5月，与董慧一起被遣送到湖南茶陵县洣江茶场安置，作为“特殊犯人”接受管制。
1976年(70岁)
冬。多种疾病发作，住进茶陵县茶场医院治疗。
1977年(71岁)
3月24日，获准转到长沙湖南省医学院第二附属医院治疗。
4月14日，因多种疾病迸发，医治无效，于晚上19点45分逝世。17日遗体火化，骨灰埋放在长沙市金盆岭火葬场墓地。
1979年
中共十一届三中全会后，陈云委托长期在上海从事地下工作的刘晓收集潘汉年材料，以查清问题。
1980年
11月3日，在一次中央工作会议上讨论《建国以来党的若干历史问题决议》(草稿)时，廖承志与刘晓率先提出，潘汉年问题是个冤案，要求中央对潘汉年一案重新审查。
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