1931年5月中央特科改组，陈赓将杨度的组织关系转给潘汉年。后来，潘又奉周恩来命交给夏衍。杨当时作为秘密党员起了别人无法代替的作用。1931年9月14日，杨度逝世，周恩来、潘汉年等曾秘密地亲去吊唁致哀。
4、保护张浩(林育英)。当时，在国民党上海市党部吴开先手下当文书的沈寿亚，早期曾任中共嘉定县委书记，内部叫他“老枪”。潘同他建立了联系，要他隐蔽下来，长期埋伏，争取吴开先信任。1931年至1932年间，沈被调任国民党上海市党部组织部门某科的登记员，在他负责发放的登记表中，有一部分向国民党市党部秘密自首的共产党叛徒的登记表。潘授意沈向吴开先建议，自首登记表应与一般国民党员登记表分开处理、保存;并须有照片存底。这一建议被吴采纳，并决定由沈专管自首登记表。沈向中共党组织反映，上海某区一中共党员，秘密自首，并向敌提供了全国总工会常委、海员、总工会党团书记张浩(林育英)的职务和住处。敌特要这个叛徒继续与张浩来往，了解张浩上下左右关系。特科要沈取出此人的登记表和照片，核对属实后，全力保护张浩夫妇安全转移，并制裁了这个叛徒。张浩后来任中共驻共产国际代表团成员，1935年参加起草著名的《八一宣言》，同年11月回到中共中央所在地瓦窑堡，传达了共产国际关于建立反法西斯统一战线的精神，对中央制定抗日民族统一战线的方针政策和恢复中共同共产国际的联系作出重大贡献。并按党中央指示，以共产国际代表身份，同张国森分裂党的错误路线进行了坚决的斗争。
以上仅是潘汉年在中央特科工作的片断。对他这个时期工作的评价，1981年冬，在关于特科历史的座谈会上，陈云同志在肯定了中央特科重要的历史作用之后，说：“一二八”后，“就由潘汉年具体负责特科”，“应该说潘汉年是一个很重要的角色，不是一般的，实际上是他领导”。当然，特科局部工作的努力和成就，不能改变当时由于王明错误路线所造成的损失和被动局面。
二
1933年5月14日，潘梓年、丁玲被捕，潘汉年奉命撤离上海，到达江西瑞金。
在苏区，他先后任苏区中央局宣传部副部长、部长，中华苏维埃中央临时政府教育人民委员会委员，中华苏维埃共和国中央执行委员会委员，中共赣南省委宣传部长等职。1934年10月，随中央红军长征，任总政治部宣传部长兼地方工作部长。
在此期间，潘汉年两次被委派为苏维埃政府和工农红军的代表，先后同福建国民党十九路军、广东省主席陈济棠的代表谈判。这两次谈判都是成功的。前一次谈判，促成了福建事变。但因当时的“左”倾领导者的错误指导，丧失了利用福建事变打破围剿这一良好机会。后一次谈判则为红军长征突破南线封锁线创造了有利条件。
这两次谈判都为潘汉年广泛联系反蒋上层人士和社会各界人士积累开展统一战线工作经验打下了基础。
遵义会议后，张闻天于1935年3月代表党中央通知陈云和潘汉年，要他们去上海，准备恢复白区工作，并设法恢复同共产国际的联系。潘先行。抵沪后，中央军委和特科留在上海的同志告诉他，一时无法与共产国际联系，他在沪不安全，于是，潘就到香港等候。8月，陈云到沪，潘汉年返沪与陈会晤。9月，陈云、潘汉年先后从上海赴苏。他们抵莫斯科时，共产国际“七大”已开过，他们一起参加了少共国际的“六大”。
此前不久，1935年8月1日，中国共产党驻共产国际代表团，以中华苏维埃中央政府和中共中央名义，发布了《为抗日救国告全体同胞书》，即《八一宣言》，标志着中国共产党方针任务的新转变。12月瓦窑堡会议和毛泽东的《论反对日本帝国主义的策略》的报告，对党的抗日民族统一战线方针政策作了更切实、更深刻的论述。特别是“一二九”运动后，党的抗日民族统一战线深入人心，得到各派政治势力的响应，党同地方实力派开始了广泛的联系。
1935年5月，日本策划华北五省自治，损害了英美在华利益，1935年下半年英美对日态度转硬。1935年11月19日国民党第五次全国代表大会上，蒋介石的态度也有所变化。
1936年1月，南京政府驻苏使馆武官邓文仪，找到中共驻共产国际代表团。中共驻共产国际代表团团长王明表示，国共两党中央都在国内，谈判以在国内进行为好，并指定将由苏返国的潘汉年同国民党联系。1936年7月，国民党与中共联系的代表张冲在香港找到潘汉年，陪他从香港到南京。主持谈判的陈立夫，指定铁道部次长曾养甫见潘，表示要潘先去陕北，取得中共中央对两党合作谈判的意见后同陈立夫正式会谈。
两党谈判的目的不同，共产党是为民族最高利益，国民党是为了融共，所以谈判过程中充满了斗争。但这个时期，面对日本的高压，国民党的态度还比较缓和。5月中旬，陈立夫在曾养甫家口授四条，由湛小岑记录。(1)K方(国民党)欢迎C方(共产党)的武装队伍参加对日作战;(2)C方武装队伍参加对日作战时与中央军同等待遇;(3)C方如有政治上的意见，可通过即将成立的民意机关提出，供中央采纳;(4)C方可选择一地区试验其政治经济理想。
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