权力和利益的调整是政府改革中的核心问题。在政府的某些机构中，权力和利益是相辅相成的，有了权就有了钱，有大钱可以买通权。为什么现在关卡越来越多，因为从某些地方来看，一个层次就是一种权，也就是一笔钱。
政事不分，是我国行政管理体制上长期存在的一大弊端，也是造成干部队伍急剧膨胀，财政负担沉重的一个重要原因。
执政党的机构与政府的权力如何划分，是机构改革的一大难点。一谈到机构改革，我们往往片面地认为是对政府机构进行改革，而忽略了党的机构的改革。党政不分现象依旧，政府机构的权力边界难以确定，导致了政府机构改革收效甚微。
因此，在进行机构改革时，应该对执政党的机构与政府的权力关系加以明确的界定，通过法律的形式对党的领导地位和体制加以具体的规定。
我国行政体制改革的总体目标决定了改革的主要任务是：一是全面转变政府职能，在继续转变政府经济调节与市场监管职能的同时，把政府社会管理职能与公共服务职能放在更加优先 位置上;二是以精简、统一、效能为原则创新组织体系;三是按决策、执行、监管相协调的要求，完善行政运行机制。
“三定”(定职责、定机构、定编制)是行政改革最重要的一步，“三定”的质量决定行政改革的质量。
在新的社会经济条件下，政府与社会关系的调整必然引发政府部门利益结构的调整，政府部门利益结构的调整必然引起部门利益的再分配，部门利益的再分配不可能实现部门间利益的绝对均衡。所以，最容易被人忽视也是最重要的改革力量，就是政府部门之间的“互动”。
行政体制改革就是不断适应新的社会经济条件，最大限度的追求公共性利益。所谓的公共利益，便是具有公共性的共同利益，而共同利益则是具有公共性的个体利益。政府部门利益属于共同利益，不一定完全等同于公共利益。需要一个科学、民主、公开、透明的决策过程，需要相关者的充分互动，才能将狭隘自私的利益过滤掉。
加大行政权力的内部约束力度，实现行政权中决策、执行、监督分开制约，按决策、执行、监督相协调的要求推进，是政府改革的一个既定方向。
从一定意义上看，决策是利益的划分，执行是利益的实现。决策、执行、监督高度集中于一个部门，容易巩固“部门职责利益化”，容易造成部门之间的扯皮打架，容易使决策部门与执行部门彼此干扰。
在行政体制改革方面，我们似乎很难走出“精简——膨胀——再精简——再膨胀”的怪圈。美国历史学家诺斯古德。帕金森通过长期调查研究，提出了著名的“帕金树定律”：一个不称职的官员，可能有三条出路。一是申请退职，把位置让过能干的人;二是让一位能干的人来协助自己工作;三是任用两个水平比自己更低的人当助手。在某些领导眼里，这第一条路是万万走不得的，因为那样会丧失许多权力和荣誉;第二条路也不能轻易去走，因为那个能干的人很可能超过自己，成为自己的对手;看来只有第三条路最适合。于是，两个平庸的助手分担了他的工作，他自己则高高在上发号施令。两个助手既然无能，也就只能上行下效，再找两个无能的助手。
“帕金树定律”至少给我们一个启示：一个不负责任的地方领导，一旦走到领导岗位，臃肿的机构就难以避免，整个行政管理系统就必然会形成恶性膨胀，陷入不用自拔的泥潭。
中共十六届五中全会上关于“十一五”规划的建议中提出了行政体制改革的问题。《建议》除了强调把转变政府职能作为重要内容外，还提出了深化机构改革、优化组织结构、减少行政层次。这里面包含了如下几个要素：
一是进一步调整政府结构的设置。加强和完善从事经济调节和社会管理的机构，撤消那些直接从事和干预微观经济活动及社会事务的机构。
二是合理规范党政机构的设置。撤并党外和政府职责相同与相近的部门，确实需要党委和政府共同承担的职能，尽量采取合署办公的形式。
三是理顺上下级政府机构的设置。根据经济社会事务管理责权的划分，理顺中央和地方在财政、税务、金融、投资和社会保障以及工商、质检、国土资源管理等领域的分工和责权。
四是减少行政层级。
地方政府的“乱作为”和“不作为”这两个看似南辕北辙、互不相关的问题，其实指向的是同一问题。在相当一些地方政府及其部门中，“政令不行，有法不依”已经成为普遍现象。这既是削弱中共执政能力的毒素，更是权力腐败的温床。在国家加紧推进行政体制改革之际，对这种有损执政党权威的痼疾，包括不医。
中共执政近60年来，党政一体，大权独揽。在计划经济时代，由于社会经济事务相对单一，这种包揽一切的的体制和严格的党纪政纪制约，使得上令下达，上呼下应。然而，地方政府的“乱作为”和“不作为”这两个看似南辕北辙、互不相关的现象，其实指随着市场经济的发展，中国社会的政治、经济和文化生活高度多元化与活跃，党政一体、包揽一切的体制与今天变化了的经济基础已经全然不相适应。
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