要素市场化滞后是制约改革与社会和谐的第二个深层次因素。现代市场经济的最基本特征是市场经济主导资源配置。中国改革在推动市场化的进程中，取得重大进展并且也最成功的方面，是重塑多元市场主体和产品市场化;而在对市场经济体制形成具有决定性意义的要素市场方面，市场化进程明显滞后，这是当前经济运行中的主要矛盾。在基本要素市场发育和形成的过程中，劳动力是最早市场化的要素。
在土地市场化方面，地方政府几乎排斥了土地使用权拥有者参与交易的权利，直接成为市场交易的主体。在土地市场化中，地方政府和土地开发商成为最大的获利者，土地使用权拥有者的利益不同程度地受到伤害。近年来在城镇拆迁和农村土地征用过程中，发生大量民事纠纷，并非仅仅是利益补偿问题，而是深刻反映了地方政府垄断征用与市场化之间的矛盾，反映了地方政府在土地市场中的功能定位及运行程序方面的缺陷。
资本要素市场滞后集中反映在借贷市场和股权融资市场方面，其基本特征是以服务于国有企业资金需求为主;这种状况不仅严重不适应市场主体多元化的现实，而且蕴藏着极大的系统风险。
制约改革的第三个深层次因素是经济转轨中的资本与劳动关系的平衡问题。市场机制并不能自然地实现资本与劳动的平衡，没有市场之外的力量，资本的统治就不可避免。 中国走向市场经济的过程中，资本与劳动的矛盾也会通过一定的形式表现出来。即便是国有资本，由于代理链条的下端代理人几乎获得了与私人资本同样的权力，并且在若干方面模拟私人资本的经营方式，客观上也存在职工权利被侵害甚至被剥夺的可能。问题在于，平衡资本和劳动的机制滞后，特别是代表劳动组织化力量的工会如何适应市场化进程，仍然需要进一步探索。从一些国有企业早期的“砸三铁”到后来的随意裁员，从一些地区企业职工的工资长期不变到人身安全等基本权利屡受侵犯，可以明确地感受到“劳资关系”的不协调和工会的缺位。
制约改革的第四个深层次因素是利益表达机制的扭曲。90年代中期以后，利益分化不断提速，冲突的社会性特征日益突出，冲突的焦点几乎普遍与不同的利益群体的价值取向相关，在基本价值参照系方面形成共识的困难越来越大。在社会发生巨大变革的过程中，思想观念的激烈冲突本不足怪，利益多元化和思想观念多样化也是社会进步的体现;问题在于，在利益平衡机制还很不完善和健全的条件下，强势利益集团往往占有甚至垄断表达渠道。这种状况一旦左右现实发展方向，就会加剧社会利益关系的失衡，导致社会矛盾激化。
上述所有制约改革的深层次体制因素无不与行政管理体制有关。换句话说，正是居于传统体制核心部位的行政管理体制，导致了改革的诸多变形。20多年来，中国的改革只是在技术层面上模仿了现代市场经济的形式，而很少吸取市场经济制度的本质特征。这种模仿在短期内可以产生较大的收益，甚至可以率先推进产品市场化。但从长远看，由于在制度机制上尤其是在行政管理体制层面，传统的制度机理仍然发挥着强力作用，致使要素市场化很难向纵深推进。要素市场化改革的滞后，不仅仅是经济体制改革本身的问题，而且牵涉到经济、社会、政治的方方面面。推进要素市场化改革，实质上就是针对传统体制的核心部位展开的一场攻坚战。而行政管理体制的改革，是衡量中国改革成败的关键指数。
正是基于这样的认识，“十一五”建议以行政行政管理体制的改革为各项改革之首，把行政行政管理体制改革当作深化改革、推进当前和未来社会发展的关键环节。政府应该从市场中的利益主体变成公共服务的主体，把财力物力等公共资源更多地向公共服务和社会管理倾斜;并通过制定和维护公平竞争的规则，致力于创造一个有利于各市场主体平等竞争的市场环境。
社会进入转型期，通常有四个显著特征：人们格外关注经济利益;社会骚动不安;犯罪显著上升;官员腐败严重。正处于社会转型期的中国，目前面临着与西方国家当年类似的问题。
改革低效率重复造成的最直接的结果就是：根本性的问题没有触动，最难的改革全都留到了最后。中国体制改革将处于艰难的攻坚时期，一些高难度的改革，将进入实质性的阶段。
改革成本集中支付，必然带来一系列问题。中国进行的是渐进式改革，使得改革成本得以集中支付。但进入改革的攻坚阶段，需要大规模地支付改革成本。
政府机构改革表面上看是人员的增减，是权力格局的重新调整，背后隐藏的是利益关系。任何改革都是利益关系的调整。
每次新的意见、建议和方案的出台前，都会有很多争论，这表面上看是不同观点的争论，其实是各种利益的争端。
90年代之前，社会各群体之间的利益差别不是很明显，改革能够普遍提高各群体的收益，改革有着广泛的社会基础，所以改革得以顺利进行。而近年来，权力部门化、部门利益化、利益个人化的现象，还有利益集团崛起已经为人所诟病。“十五”期间，社会各群体之间的利益差别已经很明显。“十一五”时期，在利益关系日益复杂化的背景下，利益群体的分化将更严重。不同收入群体、不同阶层的人群在利益需求上与以前大不一样，他们对改革持有的看法也各不相同，这使得改革的阻力进一步增大。
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