监察御史傅公让等人联名弹劾，奇皇后母子扣下诏书，把傅公让等御史一律改任他职，只留下一个御史大夫老的沙。因为老的沙是顺帝的母舅。但是新上任的御史台官吏全体辞职抗议。奇皇后母子又谮毁老的沙，顺帝封老的沙为雍王，遣令他归国，命朴不花为集贤大学士。知枢密院事秃坚帖木儿一向与老的沙友善，也随老的沙西去了大同。
大同镇帅孛罗帖木儿与秃坚帖木儿是几十年的朋友，便将他们留在军中保护起来。奇皇后与搠思监知道这个消息，诬陷老的沙图谋不轨，许多在京人员被牵连成狱。奇皇后遣使到大同索要老的沙。孛罗帖木儿替他辩护，拒绝了来使的要求，搠思监与朴不花便弹劾孛罗帖木儿私匿罪人，顺帝下旨削夺孛罗帖木儿的官爵。孛罗帖木儿当下以清君侧为名率军攻入大都。
顺帝的卫兵不堪一击，很快孛罗帖木儿攻下居庸关，列营清河，京城为之震动。顺帝遣国师达达央求秃坚帖木儿罢兵。秃坚帖木儿说：“罢兵不难，只要将搠思监、朴不花执送到军前。”顺帝只好如约将二人绑去军营。奇皇后除了急泪两行，也没有其他的办法。秃坚帖木儿命军士将搠思监与朴不花用刀剁成了肉泥。然后孛罗帖木儿引兵入建德门，顺帝慰劳他一番，赐授秃坚帖木儿为平章政事，复了孛罗帖木儿官爵，并加封太保，仍旧镇守大同。
奇皇后与太子怀恨不已，遣使到扩廓帖木儿那里命他调兵北讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿与孛罗帖木儿一向有仇，便立刻发兵去打大同。孛罗帖木儿察知此事，再次率兵攻打京师，皇太子亲自督兵守御清河，不料军无斗志都跑得一干二净。皇太子知道京师也守不住，便由小路西去投奔了扩廓帖木儿。顺帝又封孛罗帖木儿为左丞相，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。接着进封孛罗为右丞相，节制天下的军马。
孛罗专权后，驱逐宫中的西番僧，诛杀秃鲁帖木儿等十多个人，遣使请皇太子还京。皇太子与扩廓帖木儿檄召各路人马入讨孛罗帖木儿。孛罗帖木儿大怒，带剑闯入后宫，要顺帝交出奇后。顺帝吓得浑身发抖，不能说一句话。孛罗帖木儿干脆指挥着宦官宫女拉奇皇后出宫，幽禁在总管府。
孛罗帖木儿亲自领兵出通州，路上遇到了大雨，只好返回大都。一个宦官带着几个绝色的美女进献给他。孛罗帖木儿心花怒放，他问宦官是谁送来的。宦官说是奇皇后送来为丞相解忧。孛罗帖木儿高兴地说：“难得奇后的一片心意，让她明天就回宫去吧。”这以后孛罗帖木儿每天与美女在府中恣意淫乐，不听外事。一天他接到急诏入宫，刚骑马驰到宫门，几十个勇士持刀将他刺死。老的沙听到孛罗帖木儿被杀，挈了他的眷属出大都北逃，被追及后乱刀砍死。不久秃坚帖木儿也被守兵所杀。
扩廓帖木儿接到奇皇后的密谕，让他率兵拥太子入城胁顺帝禅位。扩廓帖木儿没有听她的，快到京城的时候遣还了军队，只带数骑送太子入朝。奇后母子由此非常怨恨扩廓帖木儿。顺帝令扩廓帖木儿为左丞相。当时因军费开支过于巨大，政府筹措无术，靠印发纸币解决，导致纸币滥发无度，时政恶性循环，江、淮、川蜀，已全部陷没。扩廓帖木儿自请出征辞别了顺帝。
至正二十五年，皇后伯颜忽都在冷落寂寞中去世，享年四十二岁。顺帝册立次皇后奇氏为皇后。因为奇氏出自高丽，立她为正后有背祖制，于是改奇氏为肃良合氏，冒充蒙古族的后裔。奇皇后看见伯颜忽都所遗留下来的衣服都十分破旧，便嘲笑说：“身为皇后怎么穿这么破旧的衣服啊？”
扩廓帖木儿率兵南进，但此时的元朝地方军队都忙着扩充自己的地盘，互相打内战。扩廓帖木儿因为镇将不受调遣，不能去讨贼，便西攻那些拒绝命令的元朝军队。皇太子乘隙进馋言说他奉命南征，却反而西进与自己人互相残杀。顺帝遣使令他罢兵，扩廓帖木儿不拒不受诏，皇太子派人离间扩廓帖木儿的部下，不久部下都叛离了扩廓。扩廓帖木儿最后引兵据太原，尽杀元朝所置的官吏。顺帝令诸军四面进讨扩廓帖木儿。
这时起义军里的朱元璋打败了张士诚与陈友谅，至正二十八年正月建立了大明朝，建元洪武。接着朱元璋命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率师二十五万北上灭元。明军势如破竹，元朝仍旧内部纷争不息。顺帝只好集合六宫的后妃、皇太子、皇太子妃，半夜开建德门北逃上都开平。
至正二十八年八月，明军攻入京城，元朝至此灭亡，自忽必烈开国到顺帝北奔共一百六十二年。
明朝洪武二年，朱元璋出师进攻开平，顺帝又逃到和林，后来又颠沛流离到了应昌。不久五十一岁的顺帝因痢疾去世，元人谥为惠宗，明朝认为妥欢贴睦尔在国破家亡的前夕不背城一战，是为“顺天命”，所以称他为元顺帝。《元史》关于元朝帝王的本记一共四十七卷，但顺帝一个人就占了十卷，接近四分之一的篇幅，这与他在位的时间长有关系。顺帝是元朝十五个皇帝中在位时间最长的，一共在位三十六年，比元世祖忽必烈还多了一年。明军攻克应昌后，皇太子爱猷识理达腊率几十个骑兵向北逃走，他的儿子买的里八剌与后妃诸王等被擒获，奇皇后不知去向。
黄仁宇在《赫逊河畔谈中国历史》中有一句话：“一个少数民族虽获得政治领导权而不愿迁就于多数民族政治体系之需要，其统治不能长久。”其实对比后世的清朝可以得出这个结论。顺帝一朝出了许多难以节制的权臣，是因为元朝的政权体系拒绝汉化，缺乏有效的上下权力制衡。顺帝在后宫的淫乱生活一直被作为元朝灭亡的根据，但实际上其他朝代的许多君主远远比顺帝不如，只不过顺帝将自己的江山丢了，他的私人道德因此而显得格外刺目。
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