但在弗朗西斯的年轻岁月里，他对此种危险并不知晓。12岁时，他被认为可以上大学学习了。这么小的年龄就被准许入学，是非常罕见的。
1573年3月的一个早晨，伊丽莎白女王突然造访古汗堡的培根家。几个星期后，弗朗西斯就打点行李，进了剑桥大学。他没有去尼古拉爵士读过的基督圣体学院，而是去了亨利六世捐赠的剑桥大学三一学院。亨利六世是弗朗西斯的外祖父。剑桥还是伊丽莎白受人尊敬的家庭教师罗杰·阿什凯姆先生读过的大学。当时，哥哥安东尼跟他一起上大学，非常可能的是，弗朗西斯上大学，女王起了重要作用。
三一学院院长亲自出门迎接两个孩子的到来，以表热忱的欢迎。有个叫约翰·惠特吉夫特的人，他是女王的宠臣，是个新教教徒。培根家的这两个孩子就直接归这位先生监管。他把两个孩子安排到自己房间的隔壁。这种特殊待遇，没有逃过其他学生的眼睛，称他们是“老师的小
宠物”。他们可能说得很对。几年后，这位惠特吉夫特先生就被女王擢升到全国最高宗教领袖的位置，成了坎特伯雷大主教。
尽管受到了特殊待遇，弗朗西斯却很不喜欢剑桥大学的生活。同学们都倾向于一种“混乱不堪的生活”，酗酒，做很过分的事，却不热衷于获取智慧。甚至大学周围的环境，也让这位来自美丽而井然有序的古汗堡的学生失望至极。但他们很快适应了这种环境。他们与同学交往，也没出现什么问题，只是他们的身份有些特殊罢了。培根哥儿俩据说还很受同学们的欢迎，说他们俩很风趣，并能随机应变，拿出有趣的想法与建议。他们对于所学课程，都表现出非常认真的态度，弗朗西斯表现得尤其突出。他们对新学科表现出渴望，这些新学科都是那个世纪的后半叶才渐渐为人所知的。弗朗西斯感到，对这些问题的探究自己是责无旁贷的。此时，他已经决定要“倾其全部所学，投身于家乡的建设”，他要利用所学，为“整个世界的变革”铺平道路。《穿透时间的人》的作者洛伦·埃斯利相信，虽然培根年纪很小，但他已经将一个充满希望的未来设想好了。
这些野心与梦想是不是真的在培根年纪很小时就已经形成，我们不得而知，但他很快发现，鼓励他进行自由研究、自由判断的那些人，最终都被隔离了。在英国的大学里，几乎没有思想者的空间。后来他写道：“在当时的大学里，几乎没有人愿意自由地思考。”
实验科学开始在这个世界上露出端倪。培根与大海那边意大利的伽利略，都是这一科学的预言家。此时哥白尼已经发现了天体运行轨迹，牛顿也将很快研究那个著名的
苹果引发的经典力学定律，并证明亚里士多德的理论只不过是理论而已。教会的大人们如果再争论天使是不是能倒立在针尖上，就会受到讥笑。亚里士多德曾说过冰比水重，说过狮子崽出生时是死的（其实是在睡觉），过几天才能活过来，说过大的物体比小物体下落时的速度快。而此时的人们已经不再迷信他说的那些话了。观察与实验是弗朗西斯所追求的一切。如果实验没有任何结果，那么，他是不能相信其可靠性的。基于逻辑所进行的各种争论，那已经是古人玩的把戏了。只有“观察并看到”，才会对未来有用。他一定要成为推动这个车轮朝前走的关键人物。
当然，他是对的。现代科学正是这样发展起来的。“智慧之人都已经被关进大学问家的地窖里去了——所谓大学问家就是那位学术独裁者亚里士多德——就像很多人被关进修道院和大学的地窖里一样。”培根这样写道。剑桥大学太令他失望了。于是，他和哥哥安东尼提出申请，希望允许他们回到古汗堡的家里，不再继续读下去。另外，几次瘟疫大流行，也使得剑桥大学关门停学好几次。在那几次瘟疫中，光伦敦一个地方，就有几千人死去。安妮夫人感到非常高兴，因为可以把两个孩子接回家中，在自己眼皮底下照顾了。1575年圣诞节前夕，剑桥大学三一学院里关于培根家两个孩子的记录停止了。这样，他们的正式求学生涯也就到了尾声。
这时，培根的秘密日记，如盖洛普和欧文所解密的那样，开始登场了。
这两个“金童”回家后的生活看起来很滋润，他们盼望与家人一起在古汗堡过个快乐的圣诞节。安妮夫人坚持要砍伐一棵最大的木头，在圣诞节时好好烧上一把，祈求来年万事顺心。她还坚持亲自准备节日宴会，来庆贺全家的团圆。弗朗西斯和安东尼一定乐坏了，也一定感到自己长大成人了，头脑中充满了智慧。
传记作家们一直对弗朗西斯的
幽默感津津乐道，总说他有一种魅力超群的“嘲讽的智慧”。本·琼森后来评价道，培根简直是“不嘲讽就说不了话”。他总是嘴上不留情，讥讽的话随口而出。哥哥安东尼也被认为很有幽默感。而正是弗朗西斯超人的幽默感和深刻的精神世界，才使他没有在后来的艰难岁月中垮掉。苦难的影子已经在不远处出现了。
古汗堡的那个圣诞节，标志着弗朗西斯无忧无虑的日子的结束。转过年，过了15岁生日，他遇到了一件令人惊异的事情。这件事完全改变了他的人生，使他飞快地成熟起来。坚决信任他的安东尼，一直站在他的身边，与他一起卷入巨大而难以预测的旋涡中。这场大旋涡不仅改写了他们的人生轨迹，也将对整个西方历史进程产生影响。
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