这不但是秦王室建国以来从未有过的经验，也完全不同于数千年来华夏文明的传统式平行政治组织，就算周公旦所创制的宗法和封建制度，在结构的严密上也无法和其相提并论。
换句话说，商鞅的改革，是纯理论逻辑推论下的设计，可以说是空前大胆的尝试，全无前例可循。因此，秦孝公和商鞅在执行上是非常的小心谨慎。
（有关其过程及细节，在拙著《秦公司兴亡史》中有较完整描述，以供参考。）
幸好秦国是移民式部落组织，本身没有什么包袱，思考上较为单纯，加上武装集团一向较服从指挥的传统习性，使秦孝公和商鞅连续两次“大地震”式的改革运动，尚无太多的阻力。
作战式部落集团一向便较富积极性和行动力，变法以后，所有军士全归中央统一管理，力量更为集中，所以自秦惠王、秦昭襄王起，一直到秦王政初年，秦国的声势一直迅速膨胀。
配合这股力量，秦王室当局不停地发动更多更大规模的战争，不但使秦国的版图跟着飞快成长，统治人员也迅速增加，加上各地方结构日益复杂化，于是中央集权式的统治效率开始遭到严重的挑战。
秦昭襄王时代，便曾在韩、赵两国的新占领区上试行郡县制度，试图和秦国本土建立同样的管理模式。但到了吕不韦和秦王政期间，由于占领区急速膨胀——特别是较远的齐、燕、楚地，根本无暇作较有系统的规划，只得暂时维持军事占领方式、未曾纳入秦王室中央集权的体制中。
统一六国的政治规划，虽然一直控制在外籍政团手中，但真正指挥作战的，仍大都是本土派的部落领袖，因此在完成征讨后，负责镇守新占领区的，便是这些作战军团的将领。为了有效达成任务，他们也大多能和被征服国家的残存政治势力保持相当程度的合作态度，所以对各地区的情形反而能有较多实际的认识。
如果依照周王朝的封建和宗法制度，有资格成为新占领区统治者的，自然是这群军事将领了。所以，虽然秦国本土已在外籍政团规划下，取消氏族式的部落组织，改采官僚制的中央集权制度；但这些本土派的领袖们仍抱着希望，在统一后的新占领区中，能够依循传统的华夏文明体制获得封地，成为新皇朝的贵族。
新旧党争，暴露新政权问题
秦王政称帝，新皇朝成立后，以丞相王绾为首的本土派领袖，便向秦始皇提出建议：
“我们刚刚并吞了各国，一统天下，版图增大很多，尤其燕、齐、楚地相当遥远，最好先设立诸侯王，以建立永久的统治根基，因此请立诸皇子为王，以有效统领新增加的版图及各国族民。”
但是，对主政的外籍政团而言，秦国的现行体制才是他们的理想，秦国有能力统一全中国，更是他们最为骄傲的成就。况且，传统的封建制度，一直是他们最为摒弃、认为最不合理的现象，应该加以彻底的改革，如果又恢复封建体系，他们也很可能再度成为“无权阶级”。因此，只有彻底维持现行的郡县制度及官僚系统，才是他们的执政理念，也是他们投入热情及生命的目标，对他们而言，封建制度早就该淘汰了。
秦始皇早年夺权成功，是靠本土派领袖的拥护，才有力量驱逐吕不韦等外籍政团。即使他后来接受李斯进谏，再度重用客卿，但在皇廷中，仍是以本土派的领袖占有绝对优势。因此面对新的政治态势，在本土派领袖们积极建议之下，虽然并不合乎秦王室现行政制精神，但秦始皇仍不得不慎重考量这件事的利害。《史记》上记载：
“始皇下其议于群臣，群臣皆以为便。”
但身为外籍政团领袖的廷尉李斯，立刻为自己的政治理想挺身辩护：
“周王朝在实施封建制度时，也分封了不少他们的子孙，在众诸侯中，同姓宗族也占了绝大多数。但随着时间流逝，这些同姓诸侯的亲密关系疏远了，甚而为了利害相互攻击，如同仇敌一般，周天子根本就无力阻止。
“如今好不容易赖陛下神威，天下再归一统，就更应该坚持我们秦国的新体制，将全天下分为郡县，由皇室直接统治。诸子和功臣以赋税作为奖赏便可以了，切不可再封给土地，使能够真正依法令统治，使天下无异议，这才是政权安宁之术啊！封建诸侯势必会造成日后更多灾难的。”
对现况充满自信、又长于推论思考的秦始皇，在评估双方意见后表示：
“天下已经历过太久的兵荒马乱了，人民更是深为战争所害。昔日所以会长期战乱不断，大多是诸候们为了扩张或保护他们自己的权势而造成的。
“现在好不容易仰赖我秦国宗庙之福，天下得以安定，如果又恢复封疆建侯，那是会重新惹起战争祸端的，即使要再恢复安定也是非常困难，因此我赞成廷尉的意见。”
废除封建，建立中央集权
在秦始皇的决策下，“多数服从少数”，下令新纳入的版图也全采取郡县制度，将天下划分为三十六个郡。郡设有行政长官的郡守、军事首长的郡尉及司掌监察权的郡监。郡下设县，县设县令，并由县丞作辅佐。所有百姓和各国族民（包括失权的诸侯贵族）均称为黔首（秦国尚黑，故以黑色头发作为百姓之称谓），地方官吏均由中央政府直接任命并统理，形成相当完整的中央集权制度。
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