但是洪天贵福却还是下落不明，比较可靠的传说是由江西南下，打算与进至广东、福建边境的李世贤、汪海洋会合，然后西趋湖北，与扶王陈德才联结，自荆襄西入陕西，在关中另起一个局面。这当然是一把如意算盘，但即令打不成功，这样杀来杀去，如与安徽、河南的捻军台流，亦可大成气候。
因此，朝廷对两次三番、穷追猛打，而竟未能捉住幼天王洪天贵福，深为恼火。
更恼火的是左宗棠。“全浙肃清”的折子已经拜发，而洪天贵福未获，就不能算克竟全功，一时还难望分茅之赏。
辩明了“十万”之说，再论纠参部下的责任，言词更为犀利：“至云杭城全数出窜，未闻纠参，尤不可解。金陵早已合围，而杭州则并未能合围也，金陵报‘杀贼净尽’，杭州报‘首逆实已窜出’也！”仅是这两句话，便如老吏断狱，判定曾国荃有不容贼众逸出的责任，而曾国藩有谎报军情的罪过。
但在结尾上，却又笔锋一转，故弄狡猾：“臣因军事最尚质实，故不得不辩。
至此后公事，均仍和衷商办，臣断不敢稍存意见，自重愆尤。“这段话是所谓”绵里针“，看来戒慎谦和，其实棱角森然，句句暗隐着指责曾国藩的意思在内。
这通奏折发出，不过半个月便有了回音。由恭王出面的“廷寄”，措词异常婉转，不说一时还不能封左宗棠的爵，却说“左宗棠自入浙以来，克复城隘数十处，肃清全境，厥功甚伟。本欲即加懋赏，恐该督以洪幼逆未灭，必将固辞，一俊余孽净尽，即降恩旨。”是很明显地暗示，左宗棠封爵，不过尽早间事。
关于他与曾国藩的争辩，亦有温谕：“朝廷于有功诸臣，不欲苛求细故。
该督于洪幼逆之入浙，则据实入告，于其出境则派兵跟追，均属正办。所称此后公事仍与曾国藩和衷商办，不敢稍存意见，尤得大臣之体，深堪嘉尚。
朝廷所望于该督者，至大且远，该督其益加勉励，为一代名臣，以副厚望。“
上谕中虽未责备曾国藩，但是非好恶，已表现得很清楚。而许左宗棠以
“一代名臣”，更是上谕中难得一见的字样。总之这一场御裁的笔墨官司，左宗棠占尽上风，而与曾国藩的怨，自然也结得更深了。
曾、左结怨，形诸表面的，是口舌之争，暗中拼命抵拒的，是地盘之争。
而又象在夹缝中受挤，又象首当其冲的是曾国荃。
* * *曾国荃的本职是浙江巡抚。用兵之时，为了鼓励将帅，不按建制任职，此省大员在他省领兵，事所常有。但战事告一段落，情形就不一样了。
照常理而论，曾国荃即令破江宁以后有过失，到底百战功高，应该让他赴浙江巡抚本任，才是正办。无奈左宗棠以闽浙总督兼署浙巡，绝无退让之意。而曾国藩为曾国荃告病，虽由于忧谗畏讥，以急流勇退作明哲保身之计，其实亦是看秀了老弟有“妾身不分明”的隐衷，估量他决不能到任，不如自己知趣。
在朝廷却又有左右为难之苦。一方面东南军务结穴于攻陷湖州、全浙肃清，不能不敷衍左宗棠的面子，一方面却又觉得真个让簇新的一位伯爵，解甲归田，不是待功臣之道。因此，对于曾国荃告病，一直采拖延着不作明确的处置，希望曾、左之间，能够消释嫌怨，言归于好，由左宗棠出面奏请交卸抚篆，饬令曾国荃到任。
这是个不能实现的奢望。朝廷看看拖着不是回事，决定成全曾国藩的心愿，许曾国荃辞职。可是空出来的浙江巡抚这个缺，由谁替补？却颇费斟酌。
朝廷也知道左宗棠的意思，最好是让蒋益澧由藩司升任，而浙江藩司一缺，则由左宗棠保荐。无奈蒋益澧的资望还浅，并且这样处置，在曾国藩的面子上太难看。朝廷调和将帅，决不肯轻易予人以偏袒某人的印象，所以左宗棠的意愿是不考虑的了。
要考虑的是：第一，新任浙江巡抚确需清廉练达的干才，因为太平军对诸省的控制，以浙江为最，善后事宜亦最难办，非清廉干练，不足以胜任。
第二，此人要与左宗棠没有什么恩怨，而又能力曾国藩，甚至李鸿章所支持，然后浙江的善后事宜，才能取得邻省的援助。第三，战乱已平，偃武修文，浙江巡抚是战后委派的第一员封疆大吏，也是恢复文治的开始，所以此人最好科甲出身，如果有过战功，更为理想。
结果选中了一个很理想的人。此人名叫马新贻，字谷山，先世是回族，从明太祖打天下有功，派在山东卫所当武官，定居曹州府菏泽县，已历四百余年之久，因此，马新贻除了信回教以外，彻头彻尾是个山东土著。
在马新贻的新命传至浙江的同时，江西传来了一个重要的消息，幼天王洪天贵福被俘了。
* * *收束与太平军作战的军务，却还有相当艰巨的镇压起义的大任，需要部署。
恭王、文祥的计议，犹有三处起义要平眼，才能臻于太平盛世。这三处是：第一，南撤的太平军余部，第二是中原的捻军，第三是西陲的回民起义。
幸好人才之盛，冠绝前朝，恭王与文祥决定托付四个人去平这三处的起义。
第一个仍然是曾国藩。在十月初一曾国荃功成身退，率领裁撤的湘军回湖南的同时，朝中有一道廷寄递到江宁，说“江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界，督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓”。
这所谓“贼”，便是捻军。
捻军原以皖北为根据地，自经僧王全力攻剿，转战到湖北、河南一带。
张乐行虽死，他的侄子张宗禹亦非弱者，加以陈玉成的旧部赖文光因天京已破，由关中回师，已成孤军，自然而然地与捻军合流，声势大振。朝廷深知僧王的马队，追奔逐北，与捻军战来战去的打法，并非善策，一旦疲于奔命，为捻军反扑，非大败不可。同时，又因为僧王的身分尊贵，连西宫太后都不能不格外优容，是位极难伺候的王爷，指授方略，则“将在外君命有所不受”，稍加督责又怕惹恼了他，索性独断独行。因此，倒不如设法让他交卸军权，回京享福，才是公私两便之计。
能代僧王指挥数省的，只有一个曾国藩。不仅威望足够，而且他那“先求稳当，次求变化”，以静制动，稳扎稳打的作风，亦正可救僧王之失。至于筹饷之责，朝廷也想到了一个必不可少的人。
这个人就是李鸿章。上谕派他接替曾国藩，暂署两江总督，江苏巡抚则调慈禧太后的恩人，漕运总督吴棠署理。上谕中虽未明言，曾国藩带兵驻扎皖鄂交界，后路粮台由李鸿章负其全责，可是这样部署的用意是很明白的，第一，曾、李师生，“有事弟子服其劳”，天经地义，第二，李鸿章带兵，曾国藩替他筹过饷，如今曾国藩带兵，自然该李鸿章筹饷，第三，两江最富，是海内最主要的一处饷源，所以谁当两江总督，都有筹饷的责任。
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