首阳虽然拥有工程师血统，他这一支却在很久以前就被驱逐出仙族，泯然众人。
首阳的父亲是个农民，一次父子俩上山砍柴之时，偶遇大蛇——太古洪荒妖魔遍地，这也是仙族可以维护统治的根本原因——一位仙人带着他的儿子刚巧经过。为了救下农民父子，仙人与巨蛇展开了激烈的战斗。这个过程中，首阳因为工程师血统拿起了仙人的武器，给了巨蛇致命一击。虽然后来仙人壮烈牺牲，但他死前指名要收首阳为徒。
首阳进了门派，仙人之子月昊因为目睹父亲的死，对首阳很有成见：他的父亲是高高在上的大宗主，却为了救一对农民而死，死得很不值。首阳一家其乐融融，他却家破人亡，月昊一开始很恨首阳，跟他不共戴天。直到首阳也救了他一命，他才意识到首阳一家对自己的感激，体会到了家庭的温暖，放下了门第之见，与首阳成了结拜兄弟。
当时的仙族社会经过长时间的发展，已经非常腐朽与陈旧。他们知道各种神器的使用方法，却不会维修与养护，更别提制造。他们将自己能够使用神器，归结于一套繁缛的修炼“法门”。首阳却很有探索精神，天天在工坊里钻研神器到底神在哪里，有没有办法让凡人也使用。
他本身的工程师血统，再加上机缘巧合误入一搜古神战舰，让他得以慢慢拼凑出神器与历史的真相，他试图解开神器系统中的基因锁，凭自己的力量制作出凡人也能使用的神器，保护他们免收神州大陆上各种妖魔鬼怪的侵扰。
月昊很支持他的工作。他认为，如果凡人也能拥有自保的能力，他的父亲当年就不会死。月昊虽然只是武士，但为首阳的研究提供了许多原材料。他们之所以会进入古神战舰，也得益于月昊靠着强大的武力值制服了暴走的吞龙——吞龙是神族战列舰之一，是一种结合了生物科技的小型战舰，古神离开时，吞龙设定成攻击状态巡逻各自的水域，一旦靠近自动攻击，这就是龙神话、水府仙君传说的由来。
但是首阳的工作，触动了仙族的根本利益。他扛下了所有的罪责，很快就被流放。月昊原本要追随他而去，可是他们的师叔无崖子提醒他，作为大宗主的血脉，门派的掌门弟子，他必须留下来继承宗门。首阳也劝说月昊，许诺他一定会制造出最强的神器，赠送给他斩妖除魔。
首阳后来在各地云游，见识了民间疾苦，他也当真制作出了解开基因锁的法宝供普通人使用，鼓励他们反对仙族的残酷统治。仙族为此实行了更加高压的统治手段，两个种族的矛盾冲突愈演愈烈。在这个过程中，仙族曾捕获过首阳，要将他烧死，月昊蒙面覆巾，单枪匹马劫法场，将首阳救下，在激战过程中伤了一只眼睛。
月昊再次提出要跟首阳一起走，可是无崖子为了替月昊顶罪，自废一只眼睛，被当成劫法场的叛徒，被仙族众凌迟处死。门派群龙无首，月昊只能留下来继承宗师之位。无崖子临终告诉他，首阳生于布衣，可以自由地选择自己的立场;他却是仙门的希望，理应承担起自己的责任。
又过了几年，仙族联合起来剿逆，围困了首阳的起义队伍。月昊当时已经成为仙族的大宗主。两军对垒，首阳的队伍里唱起了山歌，是他们小时候首阳教给他的歌。月昊背地里派遣了自己的精锐潜入敌军去劫他，无论如何想偷偷救下首阳。然而首阳身边有个野心家无尤。首阳救了被仙族凌辱到濒死的无尤，给了他武器，鼓励他起来反抗，但是无尤眼见首阳已成败局，斩了首阳的头投降了。
月昊没有等来首阳，等来的是一个人头。他作为大宗主，在那么多人面前，拿了挚友的人头，转身离去。后来用烧融了的黄金浇铸了头颅，摆在自己的桌上。无尤凭着恩人与同伴的热血，开宗立派，成了一方仙师。
主角小时候是首阳领养的人族乞丐，遭遇围剿的时候，携带着首阳最后做的那把剑趁乱逃出。他长大以后，因神剑的指引，秉承了首阳的遗志，站起来重新向仙族宣战。
他慢慢找到了自己的伙伴，重新掌握了神器的制作方法，还有幸遇见一个蒙面覆巾的老师，每当危难时刻出现，教他如何驾驭神器。他的诛仙之旅也格外顺畅，他感觉有人在做局，把整个仙门往深渊中推。
在主角的视角里，月昊作为仙族大宗主，自始至终坏得流脓。当初就是这厮杀了师父，还拿师父的头当酒杯，主角跟他不共戴天。最终主角和他的基友杀入门派的时候，拿着首阳做的剑，斩下了月昊的头，终结了整个仙族的历史。
那把剑是当年首阳想要送给月昊的。
首阳当初制作那把剑，觉得普天之下只有月昊配得起，可是没有机会送出手。
其实暗地里守护主角的神秘老师，和在仙门中设局的幕后推手，都是月昊。他借主角的手，把当初陷害首阳的人一个个杀掉，把保守派的仙门也一个个毁掉，为新纪元的到来铺平了道路。但是他自己却最终作为顽固余孽的头目，被钉在历史的耻辱柱上，是谋害圣人的凶手。
故事的最终是幽深的宫殿中，阳光像刀锋，把宫殿的一半照亮，另一半依旧是黑黝黝的。有两个人头摆在地上，面面相觑。一个是黄金的头颅，被阳光照亮;还有一个是血淋淋的人头，隐没于黑暗中。主角完成了使命，殿外万人高呼。
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