如果能保持这样的水平，她想，哪怕故事并不特别出色，这也将是一部划时代的电影。
但仅仅又过去了十分钟，克莱尔就认识到事情和她的推测的差异。
男主角尼奥从黏糊糊的营养液中醒来，挣扎着拔掉了扎在后颈宛如脐带的链接线，举目四望中，无边无际的无数个营养仓以一种极具震撼力的方式出现在他的眼前，恢弘的背景乐由轻而重，震荡了所有人的心脏。
世界是虚假的，人们只是生活在机器人所制造出的“母体”中，以虚拟的梦境控制人类，而真实的世界里，人类的**被泡在营养液中，成为供应“母体”的能源。
但不是所有人都一无所觉地生活在母体构建出的梦境里，一部分觉醒的人类组成了反抗军，试图解救人类，获得自由，而尼奥就是他们苦苦寻找的救世主，那个独一无二的“the one”。
——这是尼奥所得到的解释。
“为什么是我？”尼奥问，“你凭什么这么确定我就是这场机器与人类的战争中，属于人类的救世主？”
惯例的发问，克莱尔想，这种塑造人物的手法太常规了，有点不符合D&M的风格吧？
但这点念头很快就从她的脑子里烟消云散，她重新沉浸在电影里。
这段剧情引出了“先知”，一个说话云里雾里的人物，不过她应该不怎么重要，“先知”不过是一种强行解释电影逻辑的设定罢了。
既然电影的背景是人类和机器的战争，母体当然也派出了打击反抗军的军队，它们被称为“特工”，每一个特工在母体所构造的虚拟世界里都能上天入地，无视大多数物理规则，到处追杀反抗军。
为了能够击败特工，尼奥进行了特训，在一系列观赏效果极佳的训练场面过去后，尼奥仍旧打不过特工，尤其是特工首领，史密斯。
剧情的转机来自女主角崔妮蒂的吻和表白，在一段优美的感情戏后，尼奥忽然开了挂。
母体中的世界在他眼中变成了数据流，他就像一个程序的管理员一样洞悉这个程序的所有数据，且能依此提前预知特工们的下一步行动，并在这种情况下不费吹灰之力地杀死了史密斯特工。
非常漂亮的故事，非常惊人的构思。
可“爱拯救一切”的逻辑让一切变得平庸——不是说这个故事本身平庸，而是“爱”在这里表现得太模式化了，太标准了，以至于显得十分虚假。
好在打斗十分精彩，而且故事显然还有很长一段后续，克莱尔稍微降低了一点期待值，继续看了下去。
接下来的剧情开始向现实世界倾斜，在尼奥杀死了史密斯后，反抗军在现实中的根据地，锡安，受到了母体所派来的军队的打击。
为了赢得战争，尼奥在先知的指引下，决心去寻找母体的主机。
他在主机室里见到了“程序架构师”。
尼奥问他：“我为什么来到这里？”
“你的生命是母体编程过程中一个内在不平衡等式的余数之和。你是一个变异的总数。我用尽了一切办法也不能消除余数，以达到数学上所特有的精准与和谐。”程序架构师回答。
大厅中响起一阵骚动，这段对话实在是太艰涩和难以理解了，就连克莱尔都只能半懂不懂地理解到一点点。
母体是一个程序，这个程序是为了让人类安稳地生活在其中而诞生的，它并没有逻辑上的完全自洽——程序架构师能做到这一点，可人类却无法接受一个逻辑自洽的世界，人类这种生物只能在混乱的世界里才能生存。
所以程序架构师只好设计一个带有漏洞的“母体”给人类。
而尼奥，就是这个程序中的漏洞的总和。
他被先知指引着来到程序架构师面前，而被毁灭以重塑母体世界，就是他诞生的理由。
从这里开始，电影的走向变得难以理解起来。
程序架构师给了尼奥两个选择，融入母体以拯救人类，或是放弃融入，放弃这么久以来的坚持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奥选择了后者。
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