作者在作品中，将马场番太郎定义为不折不扣的极权主义、军国主义者，并把为人數衍、性格卑劣的近松千鹤夫，设定为利用侵略战争和殖民主义，谋求私利的小人。而来自同一所大学的一对友人——膳所善造和蚁川爱吉，以及充当侦探角色的鬼贯警部，则是早在第二次世界大战之前，便对日本的军国主义风潮，报以反感的自由民主主义者。
被送到东京汐留车站的一个黑色皮箱里，装着马场番太郎那已经腐烂的尸体。而寄出那只箱子的，则是归国后，开始染指毒品交易的近松千鹤夫。最后，杀害了马场的近松，似乎意识到自己无处可逃，投身濑户内海自尽了。如此，在《黑色皮箱》中出场的两名死者，都是从学生时代，便与“崇尚自由的”膳所、蚁川、鬼贯警部等人为敌的人物，亦即不折不扣的军国主义者，和唯利是图的小人。
经过鬼贯警部的调查和推理，确定了真凶的身份，而真凶在被逼走投无路的情况下，留下一封说明真相的遗书自杀了。遗书中记载了他本次犯罪的动机：“我不仅对马场，甚至对令日本陷入今日之惨境的所有军国主义分子，都心怀不满，这一点想必你能理解。对战争满怀憎恶，唯恐避之不及的你，一定不难理解我胸中的苦闷……总之，我为了成为和平国家的一分子，为了否定暴力，而不得不使用了暴力。我就是怀着如此进退维谷的心情，挥起了手中的櫻木手杖。”
“为了否定暴力，而不得不使用了暴力， 进退维谷的心情”——真凶这些悲痛的话语中，包含了“侦探小说只能在现代司法制度之下得到发展”这一海格拉夫式的平庸合法主义，所无法兼顾的过剩性质。参与了帝国主义战争的士兵们，因为“肯定”了战争的暴力，从而脱离了“人”的范畴。这样的人们，为了“否定”暴力，重回“人”的范畴，又不得不再次“肯定”那些“暴力”。作为加害者，被卷入那场二十世纪最大的杀戮战争中的青年们，不得不带着这对无法解决的矛盾，度过自己的余生，最后死去。
日本的本格侦探小说的“第二波髙潮”，是在作者与读者，都经历过第二次世界大战的惨剧的情况下兴起的。作为“第二波髙潮”代表作的《黑色皮箱》，正是人们脑中，鲜明战争记忆的一种反映。
可是，上文所论述的，只是该作品的主题思想而已，归根结底，《黑色皮箱》依旧是一部本格侦探小说，不具有过多社会因素。
1945年以后，日本出现了以大冈升平的《俘虏记》和《野火》为代表的，众多描写战争体验的作品。在描写被战争摧毁的“人性”这一点上，《黑色皮箱》和大冈的《武藏野夫人》，有着共同的主题。顺带一说，大冈升平虽然是著名的主流文学作家，但在战前，便已经是出名的本格侦探小说爱好者，甚至还实际创作过《事件》这一侦探小说体裁的作品。该作品还获得了1978年度的“日本推理作家协会”的大奖。
与主流文学不同，本格侦探小说对世界大战的描写，并不仅止于小说主题的层面。本格侦探小说之所以被称为“本格”，是由于作者在作品中，构筑起来的高度逻辑性。犯人设计精致的杀人计划，造成被害者的死(第一层光环);侦探用以发现真相、指证犯人的精致推理(第二层光环〉，这两层光环，最终实现了对惨遭战争破坏之“人性”的救赎，要做到这一点，只能借助“本格侦探小说”这一特殊的小说形式。这一点在第一次世界大战后的英、美两国，以及第二次世界大战后的日本，都没有大的改变。
《黑色皮箱》的真凶为了逃脱杀害两个人的罪名，使用两个行李箱，进行了复杂的尸体移动。其目的就在于让警方产生“两个被害人的杀害现场，在A地点而非B地点”的错觉。此外，真凶还在这一计划之上，添加了又一重利用列车时刻表，伪造不在场证据的诡计。
鲇川哲也的处女长篇《佩特罗夫事件》，同样是犯人利用“满洲铁路”时刻表，伪造不在场证据的作品。《黑色皮箱》的尸体移动诡计，是以英国本格侦探小说作家傅利曼·韦尔斯·克劳夫兹在1920年发表的《桶子》为参考，并在其上添加了一些超越原作的要素完成的。至于以犯人利用列车时刻表，巧妙制造不在现场的证据，侦探又通过推理，摧毁其不在场证据为主线的本格侦探小说，则可谓是鲇川哲也史无前例的独创。
与日本不同，欧美的长途列车，并非完全按照列车时刻表来运行。到站时间，通常都会与时刻表的时间有所差异。在这样的国家，想像《黑色皮箱》的真凶那样，制造不在场证据，恐怕是不大可能的。正因为日本铁路的运行时间，是全世界最精确的，才让利用时刻表，制造不在场证据成为可能。
继《佩特罗夫事件》之后，日本又出现了无数模仿该作的时刻表诡计作品。甚至连鲇川自身也在《黑色皮箱》之后，于1959年，再次发表了时刻表诡计的杰作——《憎恶的化石》，并成功摘取了日本推理作家协会大奖。
真凶制定的巧妙犯罪计划中，处处充满了对“盲目崇拜极权主义，仇视自由主义的极端军国主义者”的憎恶。作品的中心思想，是“披着‘人性’外皮的非人类，理应处以极刑，而代表正义的行刑者，则不应在法庭上接受制裁①。”
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