有一天，他去石渠阁查阅档案，经过孔子书柜，心中一动，便过去打开查看，竟赫然看到孔壁《论语》古简。忙展开细读，简上所用文字确是古字，但内文与硃安世所盗的《论语》完全相同。
他怅然若失，难道是自己猜测有误?
但随即生疑：既然如此，吕步舒先前为何要盗走孔壁《论语》?而且还偷改藏书目录?既然已经盗走，为何又要放回来?
他慢慢卷起那卷竹简，却忽然发现穿皮绳的小孔内壁与外面看起来有些不同：竹简表面古旧污朽、内壁却很新鲜。凑近细看，发觉这竹简其实只是看起来像古简。这种仿古手段司马迁以前就曾见过，是用烟熏、泥染、土埋等法子，将新简做出古旧的模样，但穿绳之孔太细，不好动手脚，所以难免露出破绽。
这孔壁《论语》是假的!
既然这部古简是假的，那么硃安世盗的那部也是假的!吕步舒是在借硃安世之力，以假替真，将假孔壁《论语》流布于世上!
一时间，司马迁惊怒悲愤之极：吕步舒心机如此可怖!硃安世为了救孔驩而盗经，为进宫而净身毁容，最后连性命都搭上，盗出来的竟是一部假《论语》!
他又猛地想起卫真，这假《论语》是卫真传给硃安世，他所传《论语》不是从孔驩口中得来，而是受吕步舒之命!吕步舒让卫真给孔驩送饭，只不过是设下钓钩，用来诱骗蒙蔽我和硃安世。
卫真啊卫真，你为何要这么做?
司马迁心中悲伤，不敢深想，匆匆离开了石渠阁。
回到家中，他将此事告诉了柳夫人，柳夫人听后也惊骇无比，不禁落泪。
史记只剩最后一篇——《孔子列传》。
这几年，司马迁一直在等待孔壁《论语》，然而现在孔驩不知去向，恐怕早已遇害，此生再也无望见到《论语》真文。
他满腔悲愤，心想：后世纵使不知《论语》真面目，但必须知道这一真相。
于是他奋笔疾书，将真相全部书之于文，终于完成《孔子列传》。
写罢最后一个字，天色微亮，已是清晨。他搁下笔，吹灭灯，直起身子，望着案上竹简，万千滋味一起涌上心头，一时间难辨悲喜。不由得喃喃念起兒宽帛书上的那六句：星辰下，书卷空
高陵上，文学燔
九河枯，日华熄
九江涌，天地黯
鼎淮间，师道亡
啼婴处，文脉悬
尤其是读到“啼婴处，文脉悬”，更是喟叹不已，呆坐半晌，万千感慨最终化做一声深叹，消散于清寒之中。
正要起身，远处忽然传来一声鸡鸣，他心中一动：人心郁暗，世道昏乱，孔子一片仁心，不正是这世间的一声鸡鸣?雄鸡不会因世人昏睡，便不鸣叫。仁人志士，又何尝会因为天下无道，便杜口噤声?孔子一生寂寞，但为传扬仁义，明知其不可为，却不遗余力而为之。
痴吗?傻吗?的确是。
但世间若没有了这一点痴傻，人心还能剩下什么?
人可死，魂不可灭。他精神一振，生出一念，忙抓起书刀[书刀：又称“削”，书写修改工具。秦汉时期文字书写于竹简，有误则用刀削去重写。]，将卷首《孔子列传》的“列传”二字削刮去，重新提笔蘸墨，写下“世家”二字。
他写史记，是以人为纲，独创了纪传体，将史上人物按身份分为“本纪”、“世家”、“列传”三类。《本纪》记帝王，《世家》记王侯，《列传》则记载古今名臣名士、特出人物。孔子家世低微，故而一直分在《列传》中。但此刻想来，孔子虽不是王侯，但孔子之重，重过历代所有王侯。世间少一位王侯，并无损失，但世间若没有了仁义，则暗无天日。
史记完成，只剩下最后一件事：如何留传?
古史部分倒还好，天子也曾看过。但当代之史，不少都是隐秘丑闻，尤其景帝及当今天子本纪，他毫无避讳，秉笔直书，一旦被天子看到，必会被焚毁。
他能托付的人，只有女儿女婿，女儿司马英颇具胆识，自不会推脱，但女婿杨敞胆小怕事，只要看到当今天子本纪，就断然不敢收留史记。就算他敢，一旦被察觉，也必将祸及全族。孔壁《论语》之祸已经令人惨痛，再不能为了史记，又祸害亲人、伤及无辜。但如果不能公诸于世，写史记又有何用?
司马迁思前想后，始终想不出一个妥善之策。
幸好柳夫人想到一个主意：抄一份副本，将该避讳的地方全部删去，再交给女儿女婿，这样，至少大部分史记能得以留传。至于正本，万万不能托人收藏，找个隐秘的地方，埋藏起来，以待后世之人发掘。
这个法子两全其美，很是妥当。但正本藏在哪里好?
藏的地方既不能太显著，也不能太荒僻。太显著，易被当世人发现，则仍然难逃被毁之运;太荒僻，则恐怕永世都不会被人发现。最好是刘氏王朝覆灭之后，再被发现，到那时，则不用再怕触怒朝廷。但什么地方能保证这一点?
夫妻两个一边思索商议，司马迁一边抓紧抄写史记副本，边抄边删改：景帝及当今天子本纪，全部删去[世传《史记》有缺失，班固言“十篇有录无书”(《汉书·艺文志》)。其中包括《孝景本纪》和《孝武本纪》。唐人司马贞《史记索隐》指出：“《景纪》取班书补之，《武纪》专取《封禅书》”，其中《孝景本纪》是从《汉书》摘补，《武帝本纪》由《史记·封禅书》中截取。];河间献王刘德，只留下刘德好儒学一句，藏书、献书及死因全部删去[世传《史记》关于河间献王刘德只有简略一句：“好儒学，被服造次必於儒者。山东诸儒多从之游。”(《史记·五宗世家》)];淮南王刘安，有意记得极其详细，文中处处自相矛盾[参见《史记·淮南衡山列传》。];游侠列传中，硃安世段落本来篇幅最多，只有狠下心，全部删除。赵王孙、樊仲子、郭公仲只录其名，事迹全都删去[参见《史记·游侠列传》];孔子第十一代孙中，孔延年为嫡长子，删去其子孙名姓，以为讽戒[《史记·孔子世家》中第十一代孙，记录次子孔安国子孙姓名，却未记录嫡长子孔延年子孙姓名。];孔安国、孔驩经历全部删除，只留下一句“安国生卬，卬生驩[参见《史记·孔子世家》]”;想到孔壁《论语》就此湮灭，他心中实在不甘，再三思忖，又提笔在孔安国处添了一句“至临淮太守，早卒”。孔安国死时已年过六旬，用“早卒”二字，暗示他死于非命[孔安国生卒年为历史悬案，至今未解。司马迁《史记·孔子世家》中记载孔安国“早卒”，然而《孔子家语后序》与《孔子世家谱》则称孔安国“年六十卒”。而且孔安国既已有孙，当不算“早卒”。];至于孔壁《论语》，只在《仲尼弟子列传》篇末提及“孔氏古文”，写了一句：“论言弟子籍，出孔氏古文近是。余以弟子名姓文字悉取论语弟子问并次为篇，疑者阙焉。[见《史记·仲尼弟子列传》大意为：讲述孔子弟子的书籍，孔家所传古文经最接近真实，我摘取《论语·弟子问》中语句依次编写成篇，可疑之处，只能空缺。]”
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