宋教仁在长江一带旅行讲演风头正健时，袁世凯致电召宋教仁来北京磋商要政。袁世凯的本意或许就是试试“重用之”，如果不成功，再除之。可袁世凯手下的这群党羽早已坐立不安。主子皱一个眉头，他们心里可能已经翻江倒海。
据章士钊后来回忆，当宋教仁遇刺的电报传到时，他正在总统府与袁世凯一起用餐。袁闻讯后的反应是叹息说，“遯初(宋教仁的字)可惜，早知如此，何必当初?”在随后闲谈中，袁世凯意指出宋案的凶手是黄兴，理由是“黄、宋争国务总理，两派大决裂为证”，惹得章士钊愤然辞出。
宋教仁遇刺消息传来时，赵秉钧正在主持内阁例会，“闻听消息，大惊失色，一边绕桌子不停转圈一边自言自语：‘人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，哪能算人?’”赵秉钧的反应是一种表演，还是真的只是一场意外?
直接凶手武士英只是一个兵痞，指使者应桂馨也只是上海流氓头子，真正的幕后凶手到到底会是谁呢?一直以来，宋教仁的死因有几种猜测：
赵秉钧单谋说：赵秉钧出身寒微，累迁要职，终于在袁世凯手下成为国务总理。因为嫉妒宋教仁的声望，以及为了保住自己的总理之位，便与政府内务部秘书洪述祖合谋，买凶杀宋教仁。
袁世凯的参谋说：在北京，宋教仁与赵秉钧有过多次深谈，二人颇有“虚君实相”之议，策划共同架空袁氏。袁世凯得知后，曾与人云，一面捣乱尚且应付不了，何况两面乎?所以要逐步除掉这两个人。
洪述祖单谋说：袁世凯、赵秉钧皆不知情。袁世凯有杀宋教仁的想法，但仍在“用之”与“除之”之间犹豫不决。洪述祖过度揣摩领导意图，自作主张，杀了宋教仁。
除此之外还有宋教仁死于国民党内部派系斗争的说法。由于当时宋教仁声誉太盛，威胁到了党内其他“长辈”的地位，招致嫉恨，导致杀身之祸。
但是，照袁士凯及其手下一干人后来的表现和结局来看，此案确实是袁氏集团所犯。
“半生事业垂千古”的宋教仁，是卓有声望的民国元勋，他的被刺引起全国轰动，激起各界共愤，一致呼吁缉拿凶手，彻查背景。黄兴、陈其美代表国民党总部致函上海总巡捕房：如拿获正凶，彻清全案，准备赏银一万，以为酬劳。
俗话说，重赏之下，必有勇夫。3月23日午后，一个身着长袍的老头，来到四马路(今福州路)公共租界总巡捕房，求见总巡长卜罗斯。他开门见山：“鄙人王阿发，以兜售字画碑帖为生。今见悬赏缉拿刺杀宋教仁凶手的布告，不知是否拿获了凶手?”
卜罗斯照实答道：“到目前为止，尚未拿到。”
“鄙人愿提供线索。”王阿发喜形于色。
“欢迎，欢迎。”卜罗斯赶紧招呼书记官记录。
王阿发点燃一支香烟，细细道来。
事情应先从王阿发认识的应桂馨说起。应桂馨算是上海滩上的一个角色，表面挂着中华民国共进会会长和江苏省驻沪巡长的两个头衔，实际上是帮会的头目。王阿发知道他是地方一霸，为了求得他的保护，便投其所好，凡得到有价值的古董，都先送到他处，价钱由他定，这样一来两人渐渐近乎起来。十天前，王阿发得到郑板桥的一幅真迹，照例又送到应桂馨家里。交易结束后，王阿发起身告辞，却被应桂馨喊住：“阿发，你看我待你怎么样?”“好，好得很!”王阿发慌忙表现出感激涕零的样子，“没有应先生您的关照，我哪有今日?”“阿发倒也没有忘记我的好处。”应桂馨呷了口龙井，慢条斯理地说，“我现在有件事，想请你帮个忙。”“凡有用得着时，一定尽力。”王阿发答应过后问道，“但不知应先生所为何事?”应桂馨取出一张照片递过来。“这个人是我的死对头，你把他杀了。枪由我给你，事成之后，给你一千大洋酬金。”王阿发一听颤抖着说：“我生性胆小，平时连杀鸡都不敢看，实在没有胆量杀人。再说也不会开枪，弄不好反倒误了您的大事。”应桂馨立时面孔拉长，正要发作却又突然大笑起来：“和你开个玩笑，看把你吓得尿了裤裆，真是饭桶，哈哈哈……”事情就这样过去了。
这天午饭后，邮差送来《申报》，王阿发随手翻开，悬赏缉拿刺杀宋教仁凶手的布告一下映入眼帘，上面还有宋教仁的照片。王阿发大吃一惊：应桂馨要我杀的，不正是照片上的这个人吗?他连忙到街上探究情况，正看到巡捕人员满大街张贴悬赏布告，不禁怦然心动：如果得到一万元赏银，足够后半辈子消受了。于是喊了辆黄包车，直奔总巡捕房去。
送走王阿发后，卜罗斯立即作出抓捕嫌疑犯应桂馨的部署。当晚10点钟，卜罗斯带着中西捕探，直奔应桂馨住宅。不料应桂馨的门房称，应桂馨去了青和坊妓院的相好胡翡云那里。
卜罗斯当下兵分两路，一路看守应宅，一路去青和坊妓院。到了妓院，卜罗斯命令一名便衣捕探进去查询，老鸨回话说：“应老爷与胡小姐都已去了迎春坊，在李桂玉小姐处喝酒。”
迎春坊离青和坊不远，一会儿就到了。便衣捕探装作应桂馨的道上朋友，迈着四方步进去，口中还连连咋呼：“应老爷在哪个房间?”“应老爷在3号房间。”老鸨误以为是应桂馨的熟人，指了指楼上。便衣立即上楼，走到3号房门口，只见应桂馨这时已喝得脸似猪肝，两个妓女左右傍坐调笑。便衣咳嗽一声道：“应老爷，楼下有人要见你。”
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