“我去去就来。”应桂馨在李桂玉脸上拧了一把，便摇摇晃晃下了楼，嘴里喷着酒气嚷嚷：“啥人找我?半夜三更的，有什么要紧事?”他的脚刚跨下楼梯，双手即被两个早已恭候的捕探抓住，“咔嚓”一声上了手铐。卜罗斯一挥手：“先送去捕房!”
接着，卜罗斯复又带人赶到应桂馨家进去搜查，并将全家男女老少逐一盘问。应桂馨家中有一男人，长得五短身材，浓眉阔嘴，穿着崭新的西装，眼神中显出几分惊慌，大家都说他是应桂馨新近结识的朋友。此人自称是山西人，叫吴福铭，来上海脱手一对古花瓶，经人介绍认识了应桂馨，并留住在应桂馨家中。
在这以前，卜罗斯已从两个人那里得到关于刺宋凶手的身材相貌线索。一个是火车站售票员，她说枪响后，看见刺客狂奔逃跑，还跌了一跤，是个矮个子，一付浓黑的倒挂眉;另一个是鹿野旅馆的胡账房，他说他的房客中有个山西人武士英，原本衣衫褴褛，可3月19日半夜里醉醺醺回到旅馆，拍拍身上穿的笔挺西装，满脸得意地炫耀：“老子发财了，明天还有一桩大买卖，可得一千大洋。”次日一早，他便结账离去。
于是，卜罗斯对眼前的这名男子产生了怀疑，马上安排人把售票员与胡账房传来辨认。售票员一看就说：“开枪打宋先生的就是这个人!”胡账房也说：“他叫武士英，就是那个山西客人。”
矮个子知道瞒不过了，才承认自己就是刺杀宋教仁的杀手。他真名叫武士英，曾担任过清军管带，此次是带着盗墓而得的古董来上海出售，与应桂馨认识的。应桂馨许诺要给他一千元赏金，让他刺杀宋教仁，还给他找了个娼妓。20日夜里，武士英开枪打死宋教仁后，便藏匿在应桂馨家中。应桂馨叫他赶紧离开上海远走高飞，可他却深陷温柔乡不可自拔，以外边搜捕正紧为借口，赖着不走。
捕探翻箱倒柜，搜遍了应桂馨家中的大小房间，从应桂馨的床下搜得5响手枪1支、子弹两发，后来经专家检验，搜出的子弹与刺杀宋教仁的属于同一型号。捕探还在应桂馨床铺的枕头下面，搜出数封来往书信，从中又发现了一个惊天秘密：刺杀宋教仁的主谋，实际上就是当朝大总统袁世凯，同谋要犯是国务总理赵秉钧和内务部秘书洪述祖。
应桂馨、武士英被捕后，被引渡给中国上海司法当局。
在黄兴、陈其美的坚持下，1913年4月25日证据被电告袁世凯、国会参众两院、国务院及全国各省军政长官，并决定由上海地方法庭开庭公审。
就在法庭公审的前一天，武士英在严密的监守之下却突然暴亡。几天后，国民党总部召开记者会，发布通告：“武士英骤然暴毙，死因不明，观其尸身、神色大有服毒之象，情节可疑，要求政府从公从速检验，以释群疑。”
在舆论的压力下，武士英的尸身被剖腹检查，发现肝、肺有淤血积滞，并被送医院进一步化验。鉴于此案关系重大，为了防止作弊，武士英的心、肝、肺、胃、肠、脑、肾、喉管共8件，被分成3份，由公共租界巡捕房、英租界西医院、红十字会医院分别保管并化验。
由于袁世凯在暗中施加压力，并与租界当局做了一系列幕后交易，致使化验结果一拖再拖，迟迟没有公布。全国舆论由是反证，武士英是被灭口了。
这件事情如果发生在当年美、英等国家，两方的律师在法庭上辩论，一定要旷日持久，然后听取法官裁决，不服亦可上诉，官司要打到终审法庭为止。不幸这是民国初年的中国，黄兴于4月13日所撰的挽宋联说得最明白：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁;
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
一部分国民党人主张静候法律解决，另一些国民党人主张武装讨袁。因为天机泄露，袁世凯一面使尽浑身解数掩盖真相，一面调兵遣将，准备用武力镇压南方革命力量。孙中山后来决定以武力讨伐袁世凯，史称“二次革命”。1913年6月，袁世凯的军队南下，战幕拉开。国民党被迫应战，最终因为势单力孤，讨袁军经不起袁世凯的轻轻一击，便一败涂地。孙中山、黄兴被迫重走海外作流亡客。
至此，追查宋教仁被刺一案又被战乱的洪流所淹没。然而，天网恢恢，疏而不漏。参与刺杀宋教仁的罪犯相继死于非命。
“二次革命”后，被关押在海运局兵营里的应桂馨，趁着上海大战前的动乱之机，与门徒内外应合，于7月中旬逃出囚牢，乔装打扮后去了青岛，蜗居在租界里深居简出。到了11月“二次革命”失败，国民党首脑纷纷流亡日本，应桂馨以为死对头死的死逃的逃，他的出头之日到了，便公开在报上发出《请平反冤狱》的通电，同时还拍电报给袁世凯，要求给他补偿。
可他久久不见回音，便按捺不住了，亲自赶到北京，住在同和旅馆，并给袁世凯写了一封信，报告自己已来到北京，要袁世凯履行当初“授二等勋章、奖金50万元”的诺言。信发出后，他就守在旅馆静等佳音。然而左等右等，一个多月过去了，那封信仍没有回音。
忽然有一天，有一个人来到同和旅馆，自称是总统府的。他找到应桂馨，恶声恶气地说：“大总统传话给你，赶快离开北京，以后不要再胡说八道了。这大洋两万，是大总统赐给你的。”说完丢下钱，转身走了。
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