第二个居住期是从希律大帝（公元前37-4年）统治时期开始的。希律大帝原本是以土买阿拉伯人，被罗马帝国捧上了朱迪亚皇帝的宝座，在朱利叶斯·凯撒的控制下统治这片土地。除了《死海古卷》，库姆兰还出土了大量钱币，它们的年代从哈斯摩年王朝统治者约翰·许尔堪（公元前135-104年）当权时期到犹太人起义时期（公元66-70年）一应俱全.
当哈斯摩年这一世袭犹太祭司家族（玛利亚·抹大拉的祖先）日益壮大时，叙利亚皇帝塞琉古士四世要把希腊崇拜强加在犹太人头上，这一举动直接导致了公元前168年的犹太人起义。哈斯摩年家族打击了叙利亚军队，重新恢复了对耶路撒冷古神殿的崇拜。然而，他们在成功抵抗了塞琉古士王朝的同时，也造成了犹太人内部的矛盾，因为他们被迫在安息日作战了。一些极度遵守犹太教教规的虔敬派信徒对此表示了强烈反对。当胜利的哈斯摩年家族在耶路撒冷选出了自己的国王和大祭司后，虔敬派信徒为表示抗议全部搬出了耶路撒冷。后来，他们在库姆兰附近的荒野里开辟了自己“纯洁”的居住地，并于公元前130年左右开始建城。
一个世纪后，地震来袭。库姆兰被荒废，然后又被重建，当时是埃及女王克利奥帕特拉七世当政时期。在库姆兰的第一段居住期中，一直是托勒密王朝在统治埃及。在罗马人于公元前44年入侵之前，这种希腊-埃及文化对朱迪亚有很大影响，在这一时期，艾赛尼派从哈西德派的基础上渐渐脱离，演变成一个隐居的、埃及式的治疗教派，被称为Therapeutate（和英文单词“治疗学家”同源）。前面已经提到，希腊单词Essenoi意为“医生”.
在这一过程中，库姆兰成为天使们象征式的家。天使在耶路撒冷的法利赛和撒都该派的希伯来教义中都没有出现过。在约瑟夫斯对艾赛尼教派的记录中坚称他们“拥有天使们的名字”.加百列给玛利亚和约瑟报喜，也给玛利亚的表姐伊丽莎白和她丈夫撒迦利亚报喜。这清楚地说明福音书中的这些故事是从艾赛尼派的文化中产生的，而这些家庭又是拿撒勒派的成员。因此，拿撒勒派的耶稣其实属于艾赛尼派信徒，信奉自由和治疗。
拿撒勒教派的婚姻规定
弄清背景后，我们来探讨一下约瑟和圣母玛利亚以及耶稣和玛利亚·抹大拉的婚姻状况。因为拿撒勒派的习俗和一般犹太人的有很大区别。要了解这一情况，我们先要为初次涉猎这方面知识的读者介绍一些背景资料。对其他人来说，这也是拓展这方面知识的好机会。
《马太福音》和《路加福音》的耶稣族谱清楚表明耶稣的父亲约瑟是大卫王家族的王室子孙。在附录I中，我们列出了更多细节。但请注意《路加福音》中特别说明约瑟属于“大卫王家族”.许多基督徒为了证明玛利亚是处女产子而辩称，既然耶稣在许多情况下都被称为“按肉体说，是从大卫后裔生的”（例如《罗马书》），那么应该是圣母玛利亚属于大卫王的后裔。她也许是的，但任何福音书中都没有提到过这一点。福音书中只说明约瑟属于大卫王皇室后裔，因此耶稣是从父亲那里继承了王室血统，被称为“基督”（希腊语中国王的意思）。
如果是这样，为什么出身高贵的约瑟夫在福音书中成了“木匠（Carpenter）”？事实上，福音书从未这样说过，至少在原版福音书中不是如此。和形容玛利亚的词“处女（Almah）”一样，这是17世纪把希腊版翻译成英文版时犯的错误，后来又从错误的英文版翻译成了其他欧洲语言。
被翻译成英语“木匠”的词其实是古希腊语Hotekton，译自闪米特语Naggar.著名闪米特语专家和《死海古卷》的翻译者格札·凡姆斯博士曾指出，这个单词可以指某一行业的工匠，但大多数情况下是指著名学者或者导师。因此，它并不是指约瑟是个木匠，而是指约瑟是个拥有技能的人，一个有学问的人或者他所从事的职业中的大师。事实上，对Hotekton一词更准确的翻译是“行业大师”.
《马太福音》，《路加福音》都称年轻女子玛利亚“嫁（Espoused）”给了约瑟，她在相关叙述中都被称为他的“妻子”.天使加百列出现在约瑟（《马太福音》）和玛利亚（《路加福音》）面前，解释说玛利亚将怀有一子，他“要称为至高者的儿子，主神要把他祖大卫的位给他”.
《路加福音》的措词让努力否认约瑟是耶稣父亲的人有了另一个解释。福音中说“天使进去，对她说：'蒙大恩的女子，我问你安，主和你同在了！'”.基于此，他们说也许天使加百列是受上帝的委托而来，他是耶稣真正的肉体上的父亲。任何事都是有可能的，但如果是这样，玛利亚仍然不可能是个处女，而耶稣也不可能从约瑟那里继承大卫王的血统。这一切肯定有一个更好的解释，而了解艾赛尼教派的一些知识会有助于我们理解。
“Espoused”这个词在福音书中是指约瑟和玛利亚成婚了。从严格的语言学角度说，它是指一种契约婚姻，而不是比较随意的婚约。这样，福音书中所说的玛利亚怀孕让约瑟感到尴尬一事就比较好解释了。《马太福音》指出：“她丈夫约瑟是个义人，不愿意明明地羞辱她，想要暗暗地把她休了。”艾赛尼派的婚礼是不是有一些特别之处，让妻子怀孕变成了一种耻辱呢？
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