1503年，圣弗朗西斯教派另一个修会的官员出现在了最高法庭的审判现场。当时《岩间圣母》的命运还不确定，而埃姆伯乔·德·普瑞迪斯还在继续未完的画作。圣弗朗西斯教派同意使用这些作品，但要求列昂纳多重新为祭坛画一幅主画。这才导致了第二幅《岩间圣母》的出现，而这一幅（为和第一幅区别）就是今天我们所说的《岩间玛利亚》。列昂纳多仍旧使用了上一幅作品的构图，不过这次的画出现了尺寸问题。它也必须和普瑞迪斯兄弟的两幅画配套。
岩间玛利亚
我于1961年正式开始学习修复绘画，也是从它（于1508年完成）开始接触列昂纳多·达·芬奇的作品的。《岩间玛利亚》（189.5×120cm）于1785年第一次来到英国，在伦敦国家美术馆展出（如今仍和两幅附画一起收藏于此）。在圣弗朗西斯教堂于1781年关闭之后，它被米兰圣加大利纳的案卷保管人所得，后来被卖给英国画家加文·汉密尔顿。随后，它先后流入兰斯唐侯爵、亨利·霍华德和萨福克伯爵手中，直到1880年才为国家美术馆珍藏（见图45）。1898年，国家美术馆又得到了两幅附画，这三幅作品终于完整地摆放在一起。加图45《岩间玛利亚》
1934年，在德国著名的绘画修复师、柏林国家美术馆的赫尔穆特·鲁赫曼在考陶尔德学院演讲后，伦敦国家美术馆馆长肯尼斯·克拉克先生邀请他来领导一个全新的科学部门。到1947年，他们已经修复了大量价值不菲的名作，并举办了一次让全世界博物馆长都为之震惊的展览。一年后，在1948年，列昂纳多的《岩间玛利亚》也完成了修复。它是我在1961年开始学习修复绘画时最早研究的作品之一。因此我就对它有极深的了解。
国家美术馆关于这幅画的修复记录有七卷之多，还有144张12×10英寸的照片。检验工作是在1948年2月和3月完成的，而修复和加固从1948年5月一直持续到1949年1月。作品边缘处有几个约半英寸的地方还保持着原状，以作为修复前后的对比。此前，赫尔穆特·鲁赫曼曾说：“根本无法看出花是白的，花蕊是黄的”.卢浮宫的《岩间圣母》就是这种状态，由于缺乏清理修缮，它显得非常阴暗呆板。
修复工作开始之前，在《岩间玛利亚》上发现了很多以前的画家复绘的痕迹。这是在修复技术完善之前普遍的做法。当绘画变暗、清漆转黑时，画家们会在重刷清漆之前，把原来的某些部位做简单的复绘，以使它显得明亮一些。至今《蒙娜丽莎》的修复工作还是采用这种方式。而在最近一次对列昂纳多的《最后的晚餐》修复时才发现，整幅画几乎都被复绘过了。现在国家美术馆的《岩间玛利亚》中，玛利亚的右手（除了拇指）都有复绘的痕迹，这是特意留下来作为反面教材的.在她第三个和第四个指尖处有一条很细的清理痕迹，显示出列昂纳多的原稿的明亮色彩.
另一处经过复绘的是圣约翰抱着的芦苇十字架。在列昂纳多独自完成的卢浮宫的《岩间圣母》中并没有这个十字架。《岩间玛利亚》是列昂纳多和埃姆伯乔·德·普瑞迪斯共同创作的，但画面上的芦苇十字架却不是他们的手笔。这是后来看画的人因为无法分清这两个婴儿而加上的。在这两幅画中，约翰是和玛利亚在一起，而耶稣则是在天使身边。但人们并不希望这样，他们不能理解为什么和玛利亚在一起的会是年长一些的约翰。
芦苇十字架是加上去的，同时被加上的还有一个指向另一个孩子的小卷轴，上面用拉丁文写着“看上帝的羔羊”.但那个画家怎么知道和玛利亚一起的孩子是约翰呢？他又为什么会认为另一个就是耶稣？列昂纳多从来没有这样说过。他们必须先假定列昂纳多是要表现玛利亚和伊丽莎白在沙漠中的碰面。但是里面并没有伊丽莎白，也没有约瑟，更没有乌列，很明显列昂纳多并不是想表现有关沙漠的传说，他所画的场景是完全不同的。而且在第二幅画中，这种不同表现得更明显。清理后的作品显示，岩石是在蓝色冰河旁。有些人认为较大的男孩肯定是约翰，因为约翰是佛罗伦萨很知名的使徒，但是这些画并非为佛罗伦萨而作，而是为米兰而作的。
在这两幅画中，人物都组成了金字塔形，都是较小的孩子看上去在给较大的孩子施洗。在第二幅画中，原来没有的光环出现了，不过这也是被后人加上去的，也许是和芦苇十字架以及卷轴一起加上去的。在两幅画中，玛利亚都穿着蓝白相间的衣服，第二幅中的蓝色更明亮一些；她的左手都泰然自若地在年幼孩子的上方保护着他。而那位姑娘在第一幅画中指着较大的男孩，在第二幅画中却没有。最主要的改变还出现在她的衣服上。在列昂纳多的原作《岩间圣母》中，她穿着抹大拉常穿的红绿色衣服，而在后来的《岩间玛利亚》中，衣服的颜色被埃姆伯乔画得暗淡无光。
现在我们再回到《达·芬奇密码》。在谈及卢浮宫的那幅画时，兰登教授解释说，那个小一些的男孩不是耶稣，而是施洗者约翰。玛利亚的一只手“像鹰爪一样仿佛抓着一个无形的人头”，是在威胁约翰。而天使做出了“一个砍的手式”.他接着解释列昂纳多不得不又画了一幅“画面安排比较正统的”作品（现存于伦敦的《岩间玛利亚》）给无原罪始胎会，因为原来那幅对耶稣有太浓的敌意.所有这些都是文献中所没有的，书中所说的含意也并非画的本意。而且这两幅作品的委托是来自不同的组织。因此，我在这里需要再次强调，《达·芬奇密码》只是一部虚构的小说，并非历史学家的著作。
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