不计血本的投入很快产生了回报。藤堂高虎一马当先，踩着云梯踏上南原城头，夺得“一番乘”的荣誉。紧接着太田一吉的部队砸开了南门，日军大部队一涌而入，喊杀四起。
其他两面的防守原本就已经陷入苦战，一听到南城失陷，士气当即崩溃，先后被日军突破。
杨元当时正在城内少歇，忽然听到南城被突破，大为惊骇，知道已不可守，急忙换了一身传令官的衣服，光着脚带着十八个人匆匆离开府衙。在走之前，杨元派人去叫李福男一齐逃，李福男却拒绝了，他说我誓与此城共存亡，在官府内堆了许多柴薪，举火自尽。
杨元感叹不已，又去找接伴使郑期远，这是朝廷命官，不能丢弃。可是郑期远早吓得两股战战，从马上掉了来好几次，根本爬不上鞍子。杨元一看，得了，不跟你玩了，转身自己跑了。
城内最后的巷战非常惨烈，三面围过来的日军大肆屠杀。全城军民惊慌失措，都聚集在暂时没有敌人的北城。明军纷纷跨上坐骑，想从北门突破，可是北门关得太死，一时之间不好打开，后头的人已经挤了过来，当场有许多人丧命在马蹄之上。
好不容易北门开了，这些溃兵一涌出去，希望能逃得一条xing命。在这时候，大雨停了，月亮重新从云里出现。这对于逃兵来说，绝对不是个好消息。早已埋伏好的日军借着月光一顿砍杀，一时间鲜血乱飞，惨叫四起。明军将领李新芳、蒋表、毛承先和朝鲜将领金敬老、吴应井等人都死于乱军之中。军民死伤更是不计其数。鲜血让日本人的shòuxingbào露得极其明显，他们根本没打算收容战俘，基本上逮着一个杀一个。
在混乱中，有五、六百人的联军冲破了北门的封锁，试图向山中逃去。谁料到岛津义弘已经算准了，率主力予以截杀，杀死了四百多人。
当时有一个叫金孝义的朝鲜军人，本来负责守南城，南城被突破以后他逃到北门，正好遭遇了埋伏。他急中生智，藏身在水田之中，这才得以幸免。他的供述，成为南原城攻防战的第一手细节，里面提及了大量日军攻城的手段，对于联军来说，弥足珍贵。
而此时的统帅杨元，正在西门奋战。
杨元对于这个结局，早有了预感。他凭借丰富的经验，知道敌人一定在北门埋伏了重兵，所以一开始就存了走西门的准备。日军的注意力此时全都在北门，西门反而防守薄弱，被他和亲兵们一下子冲到了城外。
在城外，日军已经挖好了数条壕沟，他们没有菱角、鹿角之类的专业阻骑设备，就找到许多木桩、丢弃的刀剑埋在壕沟里，用来阻截逃跑的骑兵。
但这难不倒杨元。他是辽东将领，骑术了得，随身牵着四、五匹训练有素的战马，随时换乘。这些马匹一听唿哨就散开，以避弓矢铁跑，再一唿哨就聚到一齐，十分灵活。到了壕沟之前，杨元先让一匹马跑过去，踏到利刃倒地，再鞭打着下一匹踩着前者尸体继续前进。
至于日军在远处用铁pào狙击，这也难不倒杨元。史书上说他“被甲腾换，有如易席，贼终不能害之。”不能不赞叹，一个人在逃生时迸发出了多么大的战斗力。
凭借着这种血腥马戏团式的方式，杨元很快就突破了封锁，逃出生天。他沿着大陆先逃到凤山，再绕到恩肆馆。一清点人数，跟在他身后不过一百十七人而已。而根据事后大明的统计，是役明军伤亡的准确数字是二千七百名，马匹损失三千四百匹——这一次，是货真价实的“仅以身免”了。
而此时陈愚衷到底在做什么？
南原先后派了两次求救信使抵达全州，第一次陈愚衷的回答是：“敌qíng难测，恐怕顾此失彼”，第二次又回答：“信地难离。”死活不肯发兵。等到他第三次听到消息的时候，日军已然攻陷南原。
陈愚衷此时慌了手脚，他再一打探，更是惊骇无极。
原来日军左路军在攻克南原以后，留下一部向南扫dàng，其余主力一齐北向，和在huáng石城的右路军呈钳形攻势，bī进全州。换句话说，陈愚衷即将面临的敌人，大约有十万之众。这个消息，让全州里的居民惊慌失措，纷纷出逃。守军本yù阻止，反而被这些急于活命的乱民冲散，拆毁了城门，一哄而散。
八月十七日，左路军前锋小西行长军至任实，右路军前锋加藤清正进入云峰。两路倭寇合兵一处，在八月十九日抵达全州城下。
陈愚衷二话没说，点齐了兵马就要撤退。当地朝鲜官员拉着他的缰绳，气得大叫：“早知今日，何必当初。”
原来这位大将抵达全州以后，发现城里没粮食，粮食都藏在全州城外十里的山寨里。当时朝鲜军的战斗力太差，一遭遇日军就会溃散，所以守官gān脆不把物资存在城中，省得便宜了日本人。陈愚衷抵达之后，qiáng行命令把这些东西搬回城里，谁说也不听。现在好了，全便宜了日本人。
陈愚衷一路北遁，一直逃到公州，才跟前来接应的明军游击牛伯英碰上头，两人呆在公州不敢动弹，静等援军。
最后说说杨元和陈愚衷的结局。
杨元在南原突城逃出的时候身中两枪，刀伤数处，直接被人抬回了汉城。在汉城，朝鲜国王李昖搀着他的胳膊呜呜哭泣，说将军你为朝鲜辛苦了。朝鲜国王李昖对杨元一直很有好感，他还记得，在壬辰战争期间，辽东军将领对朝鲜人都不友善，只有杨元态度还算和蔼，经常居中调停。
可惜杨元伤势不轻，已经无力统军，很快便在朝鲜君臣的惜别声中被送回了国。他万万没料到，等待他的，却是一场灭顶之灾。朝廷宣布以“弃城脱逃”的罪名，给他下了大狱。
说实话，杨元真冤。
南原是一场惨败，但这场惨败的根源，是战略部署上的失误，主要责任要归咎于明军高层未能及时判明日军动向，导致让杨元的三千人要面对五万日军——这仗换谁来打，都是同样的结局。更何况杨元并未一开始就弃城而去，而是认认真硬抗了三天，给后续明军争取来了宝贵的时间。虽然他最终弃城而走，那也是血战之后的不得以。
真正该死的是陈愚衷。他第一条罪状罔顾南原战局不及时上报，导致明军反应迟缓；第二条罪状踟蹰不前，不主动策应杨元。虽然他的兵力也只有两千，但只要稍微在外围有所活动，日军必不会把全部压力加在南原；第三条罪状是毫无作为不战而逃，弃全州不说，还把大量物资留给敌人。
一个是败将，一个是逃将。一个是能力问题，一个是态度问题，谁更该死一目了然。
但明军对这两个人是如何处置的呢？
对陈愚衷的惩罚是，打一百军棍，免死充军。
对杨元，先是拿下，关了一年多，然后跟沈惟敬一齐处死。
这种厚此薄彼的处置，十分蹊跷。且不说杨、陈二人的功过清清楚楚，毋庸置疑，就算杨元对南原惨负全责，也不至于要判到弃市这么严重。要知道，同为辽东军背景的祖承训当初在平壤城打的那么惨，都没受多大惩罚。杨元在辽东军地位比祖承训要高得多，怎么判决却如此之重？
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