由于长时间在军事上没有起色，曾国藩和湘军遭遇了组建之后的低谷。曾国藩以团练大臣的身份创建湘军，又用了很多乡绅读书人带兵打仗，无论怎么说，都被当时一些官员视为越轨行为。屡屡受挫的qíng况下，明枪暗箭不断向他袭来。当然，让曾国藩感到最伤脑筋的，还是来自于朝中的压力——那些遗老遗少们不断向咸丰上奏折说他的坏话，说他如此一个迂腐的书生，哪里懂得打仗呢？只是以打仗之名，沽名钓誉，甚至心怀不轨。
在江西，由于战事的不顺利，湘军在给养上也遭遇到很大麻烦。最初，曾国藩筹饷的基本办法是留下比中央财会制度所能提供的更多的资源，也就是说，曾国藩会同地方大员制定一些新的收入政策，来保证军饷的发放，主要措施包括：一是设置一些不受户部直接控制的新的地方岁入项目，将这些所得截留；二是他的部属一旦就任抚督之后，便将岁入权集中在自己手中，避开户部的gān预，将其中的一部分用于湘军的供给；三是卖官鬻爵——在湘军兴办之初，湖南巡抚骆秉章为了支持曾国藩，把这一项权力jiāo给了曾国藩，这样，出售官衔所得成为早期湘军主要经费来源之一。随着湘军人数的增加，到了后来，这三项措施用到了极致，也无法保证军队的供给，湘军欠饷qíng况非常严重。因为欠饷，军士们士气低落，开小差的，甚至图谋不轨的都有。内部军心不稳，让曾国藩尤为担心。由于曾国藩没有地方大权，他所带的湘军在江西又属外来军队，所以，很多当地官吏都视曾国藩的湘军为额外负担，用得着时，供给还算及时，用不着时，供给就变得拖拖拉拉。打了胜仗没有奖励，如果战败，则备受讥笑，供给更是无从谈起。曾国藩虽然挂了一个兵部侍郎和团练大臣的头衔，但那些大大小小的地方官一直存有戒心，经常阳奉yīn违，硬磨软抗。有时甚至还为曾国藩设计陷阱，让他自己往下跳……这些乱七八糟的事qíng叠加在一起，千头万绪，让曾国藩困顿无比。虽然曾国藩的意志一如既往地坚定，但每每遇到这样的麻烦，也感到束手无策，忍不住长吁短叹，甚至会激起愤怒。
最让曾国藩愤怒的是“彭寿颐事件”和“毕金科事件”了——说起来，话就长了——曾国藩初入江西时，巡抚是湖南人陈启迈，并且，跟曾国藩一样，陈启迈也曾为翰林院官，按说，对于曾国藩，陈启迈应该格外关照。但陈启迈却经常跟曾国藩过不去，动不动就以不给饷要挟。曾国藩为了大局一直忍气吞声。比如，陈启迈不经曾国藩同意，擅自调动湘军，忽东忽西，忽南忽北，朝令夕改；制造摩擦，羁押湘军营官副将周凤山于长江县，刑rǔ参将李成谋于芷江县……这些，曾国藩都忍了。孰料陈启迈越做越过分，有一次，万载县有一个叫彭寿颐的举人，在乡下办团练，对抗太平军很有成效，打过几次小胜仗。曾国藩很赏识此人，想把这支民间力量纳入湘军。陈启迈听说后，故意以一个“莫须有”的名义，将彭寿颐押进大牢，严刑拷打。曾国藩实在气极了，他很快收集了陈启迈许多罪名，向朝廷参了一本。罪证确凿之下，朝廷将陈启迈革职查办。不料，新上任的巡抚文俊仍跟曾国藩过不去——事后看来，地方大员跟曾国藩的冲突，主要是利益上的冲突，巡抚是一个省的当家者，不当家，哪知收支的艰难呢！一个当家的跟一个要钱的人产生矛盾，也是最正常不过了——湘军有一支驻守江西樟树一带，领军的叫毕金科，文俊很长时间不给这支湘军供给。眼看毕金科部弹尽粮绝，快支撑不下去了。文俊让人传话，如果毕金科部能拿下景德镇的话，马上就给他们发饷。在这种qíng况下，毕金科和他的部属只好以死相拼。在数万守城的太平军面前，毕金科带领一千多人攻城，无异于以卵击石，结果毕金科部全军覆没，毕金科本人也战死。消息传到曾国藩这里，曾国藩恨得咬牙切齿，这明显就是借刀杀人啊！数年之后，曾国藩攻克景德镇，特地在毕金科丧命的地方立下石碑一块，亲自撰写碑文，文中，对于毕金科遭受陷阱一事，仍旧忿忿不平。
在江西长达两年多的时间里，曾国藩就是以如此的坚韧，全力地“挺”了下来。一般来说，个xing在中等温度下显得暧昧，它藏在可测之镜的下方，只有在紧急时刻，才真正立体地显露峥嵘；而军事上的比拼，跟很多其他东西一样，在最关键的节骨眼上，往往浓缩成为个人xing格的比拼——在那段时间，一种决不放弃的jīng神支撑着曾国藩和湘军。在这样的对峙中，曾国藩将自己的cao守和习xing发挥到了极致，一种qiáng大的张力支撑着他，让他如磐石一样顽qiáng，直至转机的到来。
值得一提的是，在最艰难的这一段时间，曾国藩还亲自作了一首《水师得胜歌》，这种带有浓郁文人气的做法，可以看作是曾国藩对全体将士的鞭策，同时也是对自己的激励：三军听我苦口说，教你水战真秘诀。
第一船上要洁净，全仗神灵保xing命。
……
第二湾船要稀松，时时防火又防风。
……
第三军器要整齐，船板莫沾半点泥。
……
第四军中要肃静，大喊大叫须严禁。
……
第五打仗不要慌，老手心中有主张。
……
第七不可抢贼赃，怕他来杀回马枪。
……
第八水师莫上岸，只许一人当买办。
其余个个要守船，不可半步走河沿。
平时上岸打百板，临阵上岸就要斩。
八条句句值千金，你们牢牢记在心。
我待将官如兄弟，我待兵勇如子侄。
你们随我也久长，人人晓得我心肠。
愿尔将官莫懈怠，愿尔兵勇莫学坏。
未曾算去先算回，未曾算胜先算败。
各人努力各谨慎，自然万事都平顺。
仔细听我《得胜歌》，升官发财笑呵呵。
写完《水师得胜歌》之后，曾国藩又想起了自己的陆军，觉得同样也应该给他们写一首歌。当此之时，曾国藩想到军纪对任何一支军队来说都极为关键，于是把严明纪律的做法写进了歌曲：三军个个仔细听，行军先要爱百姓。
贼匪害了百姓们，全靠官兵来救人。
百姓被贼吃了苦，全靠官兵来做主。
第一扎营不要懒，莫走人家取门板。
莫拆民房搬砖石，莫踹禾苗坏田产。
莫打民间鸭和jī，莫借民间锅和碗。
莫派民夫来挖壕，莫到民家去打馆。
筑墙莫拦街前路，砍柴莫砍坟上树。
挑水莫挑有鱼塘，凡事都要让一步。
第二行路要端详，夜夜总要支帐房。
莫进城市占铺店，莫向乡间借村庄。
人有小事莫喧哗，人不躲路莫挤他。
无钱莫扯道边菜，无钱莫吃便宜茶。
更有一句紧要书，切莫掳人当长夫。
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