1967年5月25日，《人民日报》发表了毛泽东1944年1月9日写给延安平剧院的信，其中原有的“郭沫若在历史话剧方面做了很好的工作，你们则在旧剧方面做了此种工作”两句被删去了。这在“文化大革命”中就是一个危险的信号。它令郭沫若毛骨悚然，诚惶诚恐。他觉得自己开始陷入一个黑色的漩涡，随时都有可能灭顶，必须表示自己拥护“文化大革命”的“决心”，必须“保护”自己。
6月5日，在亚非作家常设局举办的纪念毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》25周年讨论会上，郭沫若致了题为《做一辈子毛主席的好学生》的闭幕词。在向毛泽东表了忠心之后，感觉到意犹未尽，郭沫若竟即席朗诵了一首诗：“献给在座的江青同志，也献给各位同志和同学”：亲爱的江青同志，你是我们学习的好榜样，你善于活学活用战无不胜的毛泽东思想，你奋不顾身地在文艺战线上陷阵冲锋，使中国舞台充满工农兵的英雄形象。
我们要使世界舞台也充满工农兵的英雄形象!
这恐怕是郭沫若这位中国现代文坛最杰出的诗人一生中最大的败笔。这种毫无诗意，近乎阿谀的“诗句”，给后人留下的不仅仅是“惶惧”与“苦涩”。
由于周恩来把郭沫若列入了应当保护的一批干部的名单，毛泽东批准了这个名单，郭沫若终未遭到被红卫兵批斗的厄运。然而，“文化大革命”的“风暴”，还是夺走了郭沫若两个儿子的生命。小儿子郭民英在音乐学院被人揭发“特殊化”，1967年4月忧郁自杀。第二年的4月，爱子郭世英又被农业大学的造反派绑架关押折磨致死。
“文化大革命”开始仅仅两年，郭沫若就失去了两个心爱的儿子，这怎能不叫他感到撕心裂肺的疼痛呢?他不敢也不能怀疑和抱怨这嘲革命”的运动，他只能强忍着悲痛把泪水往肚里流。从郭世英惨死的那天起，郭沫若经常伏在案头，用一支颤抖的笔，一笔一画地抄写儿子的日记。
在各种公开场合，郭沫若仍然需要高声颂扬“文化大革命”，然而在私下，郭沫若有时也会流露出自己真正的意愿与感情。
他的内心是极其矛盾和痛苦的。他与自己的弟子曾经有过一次关于歌德的谈话，说出了他在“文化大革命”中的苦涩与悲哀。他说：“现在，我们两个在一起谈话，是有什么谈什么，你也不会作戏。可是一转眼，我跟别的人，往往就不得不逢场作戏了。这是很悲哀的。凡是逢场作戏的人，写出来的东西，都会遭到后人的嘲笑。歌德最痛苦的，是理想的不能实现，实现的不是理想。如今有人说我是中国的歌德，这实际上是在骂我，在打我的耳光。而我还要谦逊地说，‘我哪比得上歌德’。如果大家都回复纯真的童心，那多好埃不要有这么多的假面具，这么多装腔作势的表演。”
毛泽东一句“劝君少骂秦始皇”，陷郭沫若于困窘之地;郭沫若“自我批判”，改变一生学术观点毛泽东与郭沫若历来在对秦始皇和孔夫子的评价上是有分歧的，这与他们观察评价历史人物的立场具有很大的关系。这在“文化大革命”以前都未构成两人关系中的障碍，但在“九一三”林彪反革命事件之后，事情起了变化。
林彪集团对于毛泽东的“恶意攻击”，在“文化大革命”的个人崇拜风潮中，给了毛泽东很大刺激。他的一贯的思维方式就是反其道而行之。因此，你说我是秦始皇，我就要公开宣称自己就是“当今中国的秦始皇”;你林彪喜欢孔夫子，那么我就要狠狠批一下孔夫子。不幸的是，郭沫若几十年前所写的《十批判书》，成了这嘲批林批孔”政治运动的突破口，郭沫若本人当然也被推到了这场运动的“风口浪尖”上，使晚年郭沫若又一次受到严重的精神创伤。
1973年春，毛泽东写了一首批评郭沫若赞扬柳宗元的顺口溜(柳宗元是赞扬秦始皇中央集权、反对分封制的唐代著名诗人和政治家)：郭老从柳退，不及柳宗元。
名曰共产党，崇拜孔二先。
这首小诗当时流传很广，为毛泽东提出“批孔”放出风声。
同年5月，中央工作会议传达了毛泽东关于要批孔的意见。毛泽东还命人赶排了大字体的《十书》，供“评法批儒”之用。
8月5日，毛泽东又让江青记录下他的新作《读〈封建论〉·赠郭老》一诗：
劝君少骂秦始皇，焚坑事件要商量。
福龙魂死业犹在，孔学名高实秕糠。
百代多行秦政制，十批不是好文章。
熟读唐人封建论，莫从子厚返文王。
拿到了“上方宝剑”的江青，立即赶到北京大学，组织了一班人将郭沫若著作中颂扬儒家的话摘录出来，准备印发各地作为批判的靶子。郭沫若的“灭顶之灾”千钧一发。毛泽东发现后，及时制止了江青，明确指示：不能批判郭沫若。
轰轰烈烈的大批判在全国展开，北京大学著名教授冯友兰，迫于形势也写了两篇批孔文章，其中提到了郭沫若。毛泽东得到消息后，要谢静宜送来看看，看完后，他对谢静宜说：那里面可是指了郭老的名字的，别批郭老啊!
结果，这两篇文章在《光明日报》上公开发表时，删去了郭沫若的名字和书名。
尽管有毛泽东的保护，郭沫若也不是难免江青一伙的迫害。1974年1月25日，郭沫若被指定参加了北京“批林批孔”动员大会。在这个会上，江青毫无留情地点了郭沫若的名，进而指责郭沫若对待孔子的态度同林彪一样。
江青的点名批判，在“文化大革命”中，无异于向郭沫若放了一把火。郭沫若惊惧而愤怒，急火攻心，患上肺炎住进了医院。想不到当年奋力与蒋介石斗争，“影射”蒋介石的文章，现在又获罪于毛泽东，历史好像与郭沫若开了一个玩笑。
在“文化大革命”的高压和“四人帮”的淫威之下，病中的郭沫若还得作一番诚恳的“自我批判”。他于1974年2月7日，抱病捉笔，写下了两首七律奉呈毛泽东，题为《春雷》：
春雷动地布昭苏，沧海群龙竞吐珠。
肯定秦皇功百代，判宣孔二有余辜。
十批大错明如火，柳论高瞻灿若朱。
愿与工农齐步伐，涤除污浊绘新图。
读书卅载探龙宋，云水茫茫未得珠。
知有神方医俗骨，难排蛊毒因穷隅。
岂甘■栎悲绳墨，愿竭驽骀效策驱。
最幸春雷惊大地，寸心初觉识归途。
郭沫若的这两首诗与毛泽东的《读〈封建论〉·赠郭老》一诗相对应，毫无保留地接受了毛泽东对自己的批评，表示要用毛泽东思想的“神方”，排除自己头脑中的“蛊毒”。“判宣孔二有余辜”，“十批大错明如火”两句，则彻底推番了自己多年来所坚持的学术观点，无条件地向政治权威低下了头。
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