董仲舒适应汉代大一统政治形势的需要，在原始儒家礼治思想基础上提出“三纲”思想，所谓三纲即“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”。在他那里君臣之间已经没有孔孟那种相互尊重的关系，而是单方面要臣为君做牺牲，强调臣对君要“委身致命”，“善皆归君，恶皆归于臣”(《春秋繁露·阳尊阴卑》)。在父权和夫权方面也有相应的加强。不过董仲舒毕竟是儒家而不是法家，他鉴于秦亡的教训，重申重民思想。“且天之生民，非为王也，而天立王以为民也。故其德足以安乐民者，天予之;其恶足以贼害民者，天夺之。”(《春秋繁露·尧舜不擅移、汤武不专杀》)这就是说，天是为了万民的安乐，才给他们设立君主;能安乐百姓的，天给他君位。如果他贼害百姓，天就要夺走他的君位。他一面要加强君主专制，一面又要重民，因而在统治方法上提出“任德不任刑”的主张。任德不任刑不是不用刑，而是刑德并用，以德为主。从经济上说，要防止产生大贫大富的严重对立，“大富则骄，大贫则忧。忧则为盗，骄则为暴”，不利于社会的稳定安宁。因此对贫富要加以调节、限制，使之在一定的程度之内，这就是使富者可以显示其贵，但不致于骄横，贫者能养生而不至于忧戚。为此，他提出“限民名田”(限制兼并)，“去奴婢，除专杀之威”(解放奴婢，不许主人有擅杀之权)等缓和矛盾的具体措施。在政治方面主张少用刑罚，多用教化，宣传“教化立而奸邪皆止”(《汉书·董仲舒传》)。
两汉以后，儒家的伦理本位观念没有变，只是随着条件的改变，阐述的方式和强调的重点有所不同罢了。但是它的哲学理论却发生了很大的变化。董仲舒思想体系的特点在于他的以天人感应为特征的神学目的论。天有几层意思，其中之一即至上神：“天者，百神之君也。”(《春秋繁露·郊义》)它是有意识有意志的神，它为世界安排秩序，为百姓设立君主。天对于地上的事情十分关切，如果国家政治清明，百姓安居乐业，它就降下祥瑞(显示吉祥的特殊自然现象)来给以表彰;如果政治昏暗，民不聊生，它就会降下灾害，对君主进行“谴告”;受到谴告而不思改变，天就降怪异来恐吓;受恐吓仍不改弦更张，天才真正把殃咎降到他的头上。总之，至上神对人特别是人君，非常仁慈，想方设法使之省悟，改过从善。
此外，天还有道德的意义。天有阴阳五行(金、木、水、火、土)之气，阴阳五行都具有道德属性。阳为德，阴为刑，木性为仁，金性为义，火性为礼，水性为智，土性为信。如果人君的行为是合于儒家伦理道德的，那么阴阳五行的运行就是正常的，如果人君的行为不道德，譬如缺少仁德，弄得民不聊生，这就引起木产生不正常现象，春凋秋荣。人君见到这种情况就应当以自己的德行来救治。他如果“省徭役，薄赋敛，出仓谷，赈穷困”(《春秋繁露·五行变救》)，那么就可以感应得木恢复正常状态。这是以气为中介的天人之间道德的神秘感应。
一般地说，宗教的或神秘主义的观念，总是使人屈从于天、神，限制人的主观能动作用。然而董仲舒的天人感应说却有所不同，在他看来，天固然决定人，人也影响天。天人同在一个神秘的系统之中，相互影响，相互作用。人特别是君主通过自己的思想言行，不仅能决定个人的道德修养、政治的清明昏暗，甚至还能参与决定自然运动的正常或反常。正如董仲舒所说，“人主之大，天地之参也”;“人之超然万物之上，而最为天下贵也”。“事在强勉而已矣，强勉学问，则闻见博而知益明;强勉行道，则德日起而大有功;此皆可使还至而有效者也。”(《汉书·董仲舒传》)我们知道，孔子不谈怪力乱神，但董仲舒却大谈这些东西。孔子把自己看作普通人，董仲舒却把他看作前知几百年的神人。董仲舒生在阴阳五行学说和鬼神迷信十分盛行的时代，接受这些思想毫不奇怪，不吸收这些内容他的思想就不能被人们接受，但是他始终没有离开儒家重人事的传统，思想的重点是人的“强勉学问”，“强勉行道”，创造仁礼结合的理想政治局面。
为了突出圣王的教化，董仲舒提出自己的人性论。他认为人性可以分为三种，一是圣人之性，这是天生有善无恶，对于仁义礼智是不学而能，不虑而知的。还有所谓斗筲〔shao稍〕之性，是天生有恶无善，而又不堪教育的人。在这两者之间的是中民之性，这是大多数人所具有的人性，其本身的特点是质朴，可以引导他向上，也可以引导他向下。他认为实际上只有中民之性方可以称之为性，因为所谓性只是未定型的毛坯，只是一种可能的善，而不是现实的善。“性者，天质之朴也。善者，王教之化也。无其质，则王教不能化。无其王教，则质朴不能善。”《春秋繁露·实性》)是天让民有未善之性的，也是天让王者对民施以教化，使之为善的。所以董仲舒不同意孟子的性善论，认为如果肯定民生来具有善性，那就否定了王的教化作用，王者的伟大体现在何处?
董仲舒并不完全同意当时的鬼神迷信，但他的体系毕竟建立在神灵的和神秘的天这种观念的基础上，所以他又执著地相信许多神秘的东西。他本人常常推测“天谴”的含义，还像巫师一样求雨、止雨，使当时的儒家具有相当的妖妄之气。一次董仲舒针对几项灾异，写了奏章草稿，企图引出一些政治结论，对时事有所针砭，但心存犹豫没有呈送上去。忌恨他的大臣见到后，认为这奏章可能引起皇帝的恼怒，便偷出来交给皇帝。皇帝把诸儒找来，隐匿了奏章作者姓名，让他们看并发表意见。董仲舒弟子吕步舒不知是恩师所写，说奏章全是胡说八道，愚蠢透顶。于是董仲舒被捉到监狱，定了死罪。虽然后来皇帝念他旧日讲学有功，赦免了他。但他吓得从此再不谈灾异。西汉后期，谶〔chen衬〕纬迷信十分猖獗，举国上下一派妖气，这主要应该归罪于大贵族大官僚，但董仲舒也不能完全脱离干系。
董仲舒强调发挥人的主观能动性，但他形而上学的体系又极大地限制了它的发挥。他根据五行相生相克的道理，提出黑白赤三统轮流当权的历史循环论，解释朝代更迭的现象。譬如，秦朝属白统，刘邦为“赤帝子”，他斩白蛇起义，以赤统代替白统，乃是历史的必然。每统当令都有相应的正朔(正月初一)和服色(服饰的颜色)，所以刘邦建汉之后，应该改变秦朝的正朔服色，按赤统要求，以建寅之月的初一为正月初一，服色尚赤。他认为人能够改变和应该改变的就是这些，至于儒家的大道是根本不能变的。“若夫大纲，人伦道理，政治教化，习俗文义，尽如故，亦何改哉!”(《春秋繁露·楚庄王》)道理何在?人必须服从天，儒家之道来自于天，所以不能改变。他说：“道之大原出于天，天不变，道亦不变。”(《汉书·董仲舒传》)董仲舒以天的名义给人的活动划定了界限：遵守儒家伦理政治原则，不能违反，不能扬弃。
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