董仲舒的伦理学思想有一个非常突出的特点，就是强调“义利之辨”。孔孟主张重义轻利，并不是不要利，不谈利。有利在前，先要衡量要了它是否合于义，确认符合于义，便可以取之。董仲舒把孔孟思想发展到极端，认为只能谈义，不能谈利，主张“正其谊(义)不谋其利，明其道不计其功。”(《汉书·董仲舒传》)就是只追求道义，不谋求功利。他要人们把功利二字从心中抹掉，并不是真的不要功利。试想如果人人都只追求道义，一心忠君孝亲，全面遵行三纲五常(仁义礼智信)，这不是最有利于君父、最有利于封建宗法君主制的国家吗?所以，董仲舒是以义为利，以义求封建国家之大利。他的义利观对宋明时代的儒者产生极大影响，他们赞赏董仲舒，提出“窒欲”，“存天理，灭人欲”的口号。董仲舒的思想在封建社会上升时期，也未见得合理(将君父与臣子，国家与个人的利益协调起来岂不更好?)，而在封建社会没落时代更显出压制工商业发展和个性解放的反动作用。
综观董仲舒的理论体系，可以看到他提出的政治原则、道德准则，恰恰是汉王朝这个中国历史上第一个封建宗法君主专制国家长期寻求的建国方略。他把国家组织和家族组织结合在一起，把儒家的仁礼与法家的刑政结合在一起，避免了孔孟的迂阔和韩非子的寡恩，使封建国家建立在稳固的基础之上。这个体系对整个封建社会都是有意义的。影响之深远只有极少数人的体系能与之相比。有人认为董仲舒把孔子的道理歪曲了，如果没有董仲舒，孔子之道将大行于天下。这是一种非常幼稚的看法。不可否认孔子思想的基本原则也适用于汉代，但它毕竟是春秋时代的产物，如果没有董仲舒根据几百年的历史经验和汉代实际情况对它重新解释，它在汉代就不可能起作用。从西汉建国到董仲舒回答武帝策问，其间经历60多年，读过《论语》的人成千上万，为什么没有人把《论语》献给高帝、惠帝、文帝、景帝去作为国家的根本指导思想?就因为单纯的、未加解释的《论语》不管用，经董仲舒解释的《论语》才活了，才管用。因为有解释，传统才能存在，有改变，传统才能延续。董仲舒在儒学发展史上是大有功的人物。
武帝“独尊儒术”还只是指出方向，儒术实际上被尊起来是宣帝、元帝时期的事情。特别是石渠阁会议之后，经学的地位达到最高点，今文经学成为国教，绝不容许有任何怀疑。一门学问发展到这种地步，它的生命也就停止了。在西汉后期，今文经学的粗劣变种谶纬经学出现。这种东西实际上是巫师、方士用宗教预言、符箓瑞应等附会儒家经典，影射政局的变化，王朝的兴衰，权贵的命运等等，是赤裸裸的神学迷信。统治者倡导谶纬，表现了他们的精神空虚和腐败没落。这样一来，经学就形成三大派：今文经学、古文经学、谶纬经学。东汉初年，统治者看到经学内部的意见分歧，影响人心与政局的稳定，于是由汉章帝出面召集白虎观会议，裁定经学的正宗理论。但是这次会议并未能实现经学的统一，钦定的权威反倒加速了经学的崩溃。
官方儒学——神学经学没落了，但这并不意味整个儒学的没落，相反的，它在神学经学之外萌发出勃勃生机。西汉末叶，扬雄不满于谶纬和神学经学的荒诞无稽，试图在经学之外恢复正统儒学。他吸收了黄老思想，仿照周易的模式，演绎出“太玄”的哲学体系，批评有神论，批评当时的苛政、奢侈以及外戚、宦官的专权等等。
扬雄认为，汉代的经学已经走偏了路，不再具有儒家实质，只是虚有其表而已。好比羊披着虎皮，仍然是羊而不是虎。它见了草就高兴，见了豺狼便发抖，忘了自己有一张虎皮。他对于当时活跃起来的道家、道教与其他各家也不满意，颇多指摘。在他看来，只有孔孟之道是正确的，所以他要学习孟子，对于当时的异端邪说来一番扫荡廓清，使真正的儒学思想大行于天下。不过他也不主张全部照搬先秦儒家的东西，他自己便有因(继承)有革(变革)地开创儒家理论的新局面。他坚持以仁义为道德理想，以礼为行为准则，做人以孝为根本，为政以修身、教化为根本，为君子以学习与实践圣贤之道为根本等等儒家思想。他在天命问题上与孔子、孟子都不一致，特别是反对董仲舒的目的论思想，认为天道是自然无为的，万物都是自己发展变化，天在这里并不做什么。在人性论上，他既不同意董仲舒的性三品说，也不同意孟子的性善论，而提出自己的“善恶混”的思想。在他看来，人性中既有善，也有恶，两个方面混杂在一起，努力发扬性中之善就是善人，着意表演性中之恶就是恶人。这个理论与孟子性善论、荀子性恶论相比可以说各有所长，但是它否定等级，承认人性的普遍性，承认人人皆可为善，则显然优于董仲舒的人性论。另外，扬雄哲学思辨的深度也显然高过孔、孟、荀、董，他的《太玄经》提出的本体论思想，是魏晋玄学的重要思想资源。
东汉初年的王充，继承扬雄的事业，高举反对虚妄的旗帜，用元气自然论批判神学目的论，同天人感应和谶纬迷信展开针锋相对的斗争。对于他来说，天不是神，天和地一样是自然的物体。天气向下，地气向上，它们在两间交会，自然地又是偶然地产生出人和万物，这里完全没有神意。天地既不能有意识地做什么，也不能查知人事，所谓祥瑞、谴告纯粹是偶然现象，决不是感应的结果。他积极倡导无神论，指出人的精神现象并不神秘，那是一种特殊物质——精气活动的结果。精气依附于血脉、形体。人死之后血脉竭、形体朽，精气也就不存在了，正如火依赖于薪，薪尽则火灭一样。形体朽，精神灭，所以人死无知，不能为鬼，更不能害人。王充尊重孔子和其他儒家圣贤，但认为他们是人不是神，坚决反对神学经学对他们的神化、妖化。他写《问孔》《刺孟》，指出圣贤虽高于普通人，也难免犯错误，指出他们的错误是有益的。凡此种种都体现了儒家现实的和理性主义的思想光辉。
东汉后期，神学经学日益荒诞、繁琐，特别是皇帝、外戚、宦官以及其他权贵，用他们自己的昏庸无道、穷奢极欲的行动，把儒家伦理道德破坏得干干净净，因此多数知识分子厌弃了神学经学。他们开辟新的路子，以学术研究的观点对待儒家经典，他们不愿出仕，宁愿在野，而且大办私学传授自己的观点。在这种客观形势和思想氛围中，强大的社会批判思潮应运而生。这个思潮的代表人物是王符、崔寔〔shi拾〕、仲长统。他们把握儒家的社会政治和伦理道德的基本观点，对当时社会现状，春秋以来的历史做现实的理性的分析，与神学经学家，即使是那些想救治社会疾病的神学经学家完全不同。王符认为，东汉的严重社会问题是奢侈性工商业畸形发展。豪强地主兼并土地，积累了巨万家财，他们在生活上追求享乐，刺激了奢侈性工商业的发展，吸引很多人舍弃农桑，投身这一行业，结果亏了本业——农业，造成“一夫耕，百人食之，一妇桑，百人衣之”的局面，于是种种社会病接踵而至：贫穷、窃盗、镇压……为挽救危机，他主张“崇本抑末”，重农桑，抑游业。崔寔看到土地兼并的严重性，富户有家财巨亿，有田亩农夫，像个封君，另一面穷人无立足之地，一家老小不得不为富人服役。他们的救治方案是，恢复井田，使人人都有田产。他们都认为最大的病根在于皇帝、外戚、宦官、大官僚腐朽堕落，为了一己私利破坏公法，破坏儒家伦理道德，从根本上动摇了王朝的基础。皇帝起了极坏的作用，穷奢极欲，造成巨大的浪费;任人唯亲，重用宦官，宠贵外戚，形成两个极其贪婪邪恶的势力。整个官僚体制又培养出大大小小奸邪昏庸的官僚。王符等人看到了王权的祸害，但囿于传统观念萌生不出民主意识，认为王权是必要的，但要用重民思想加以补充。但是整个制度的问题，岂是一种思想所能解决得了的?他们虽然开了很多药方，到头来也只能眼看东汉政权走向覆灭的深渊。仲长统总结春秋以来各个王朝的发展趋势，认为大体上有三个阶段，一是兴起阶段，统治者打败群雄，但立足未稳，所以励精图治，奋发向上;二是巩固阶段，尊卑上下关系已定，统治权力稳固，帝王只须守成;三是崩溃阶段，统治者迷信自己的政权，以为永远不垮，于是腐化堕落，破坏道德法律，残酷压榨人民，这就蕴育着新的社会大动乱。他的发现是深刻的，可以适用于整个封建时代，但真正的药方是没有的，面对东汉覆亡前的种种现象只有哀叹。
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