不过，由于历史上的种种原因，严复没有也不可能割断他与清王朝的依附关系。在各种压力面前，清政府为笼络人心，实施“新政”，推行一系列革新活动，也作出某种姿态，把学界名流、商界新贵、社会贤达一一揽入那些新设的机构之中，试图以这些人装点门面，维持和延续自身的统治。出于这种原因，严复的社会地位又逐渐上升。1906年以前，严复本来游离于官僚机构之外。他应张翼招请赴天津主持开平矿务局工作(1901年)，这不过是一项实业方面的工作;他被管学大臣张百熙聘为京师大学堂编译局总办(1902-1904年)，这只是一个闲差;他担任复旦公学校长(1905-1906年)，这是一所私立学校。当清朝颁布《钦定立宪大纲》，开始大规模改革时，严复自然也成了揽括的人物。1906年，他接受安徽巡抚恩铭的聘请，出任安庆高等学堂监督一职;同年，又受外务尚书唐绍仪的邀请，出任中国留学生回国考试的主考官。1908年他由学部尚书荣庆聘为审定名词馆总纂，他任这个职位一直到辛亥革命止。1909年，他被派充宪政编书馆二等咨议官、福建省顾问官;筹办海军大臣载洵赴欧洲考察海军，亦邀请严复偕行(后因“病辞”，未能成行)。与此同时，清皇钦赐严复以文科进士出身，这象征性地结束了他做“局外人”的处境，对于这一晚到的荣誉，严复本人曾写过一首讽刺诗自嘲：“自笑衰容异壮夫，岁寒日暮且踟蹰。平生献玉常遭刖，此日闻诏本不图。岂有文章资黼黻，敢从前后论王卢。一流将尽犹容汝，青眼高歌见两徒。”[24]1910年，他以“硕学通儒”的资格，进入新设立的资政院;并被海军部授予协都统军衔。这些职位的任命，虽未将严复带进政治核心，但无疑提高了他的社会地位，为他赢得一笔可观的收入和在官场中讨价还价的资本。清政府对严复的笼络，多少牵制了他的思想发展，使严复的思想越来越浓厚地带有改良的色彩。
影响严复思想的另一个重要原因是他对欧美诸国的游历。1905年，严复因开平矿诉讼事赴伦敦，途中游历了法国、瑞士、意大利等地。与留学英伦相隔近30年，严复重蹈魂牵梦萦的“伊甸园”，他既为欧洲突飞猛进、日新月异的社会经济发展所震慑，愈发自惭中国文明层次的低下;又因目睹资本主义民主制度的虚伪性、彼伏此起的工潮、列强的勾心斗角，而对西方资本主义以民主政治和科技进步谋求社会幸福的道路，产生了某种幻灭感。他发现：英国立法、行政两权其实并未分立，“议院自其形式言，不过聚一哄之民，以辩议一国之政法。虽然，学者欲明此一哄之民之功分权界，与夫于一国所生之效果，理想繁重，难以猝明。”[25]列强“名曰为启文明，而实则自固其圉，抑为通商殖民地耳。”[26]西方各国的科技飞速发展，而道德伦理、社会风俗、文明教育却没有获得应有的进化。结果，“惟器之精，不独利为善者也，而为恶者尤利用之。”诸如报章、邮政、电报大利于造谣行诈;火器、催眠术之类，无一不为“凶人之利器”。[27]1906年初，严复发表长篇演讲《政治讲义》，强调“德行”。他说：“人之合群，无间草昧文明，其中常有一伦，必不可废。此伦维何?君臣是已。”[28]德行和政治，本是儒者专长，今日谈政治，“更何必舍其家鸡，而更求野鹜乎!”[29]“自由有不必为福之时”，而“专制有时，且有庇民之实”。特别是在民智未开的时候，强权独裁是必不可少的。对革命的态度也较以前要戒惧得多。他说：“夫人类之力求进步固也，而颠阶瞀乱，乃即在此为进之时，其进弥骤，其涂弥险，新者未得，旧者已亡，怅怅无归，或以灭绝”。[30]
对西方社会愈了解，批判的言词愈激烈;对中国社会的保守性认识愈深刻，立论的措词愈稳健。受到西方社会现实的刺激，严复在价值观念上对中国传统的道德伦理作了一定的肯定和认同，并呈现出类似于西方新人文主义者的思想倾向，即对道德规范作用的强调。他提出，天理人伦是社会的根本。中国今日，智育重于体育，而德育尤重于智育。尧舜禹汤文武孔子之道，“为国家者，与之同道，则治而昌;与之背驰，则乱而灭。故此等法物，非狂易失心之夫，必不敢昌言破坏。”今日与其画虎类犬，“不如一切守其旧者”。“五伦之中，孔孟所言，无一可背。……事群必不可以不忠。……而为人子者，必不可以不孝。……而男女匹合之别，必不可以不严。”[31]从对传统伦理观的批判到对孔孟“礼教”的认同，从要求伦理进化与历史进步统一到倡扬传统道德，严复思想另一面的透现，不能简单归结为向传统的复归，而是更深层的回复。故此，严复晚年在对待中西文化问题时也较原来偏执的态度有了相对全面而成熟的认识。
严复思想的上述变化，已使他与那些与时俱进的激进民主革命人士产生了隔阂，也使他对清廷的“预备立宪”不感兴趣。他说：“制无美恶，期于适时;变无迅速，要在当可。”[32]对革命持比较消极的态度。“法制必不可徇名而不求其实”，“夫时未至而变之，固危;时已至而不知变，又未始不危也。”[33]认定清廷的“新政”和立宪均无济于事，不能挽救其覆灭的结局。既然是如此的心态，严复当时确实是一无可为。1907年以后，严复虽然还敷衍清廷，挂一些虚衔，做一些装点门面的事，但作为一个思想家，他几乎从论坛上消失。这种选择反映了当时他那心灰意冷的孤寂心境。1910年，严复在给朋友汪康年的一封信中不无悲叹地说：
“复从昔年以反对抵制美货之议，大为群矢之的，自兹厥后，知悠悠者不可以口舌事，无所发言，为日盖久。不幸去秋又为资政院议员，以三四事被政府党之目，汹汹者殆欲得而甘心焉。一哄之谈，其不容立异同，为言论自由如此;此邦之人尚可与为正论笃言也那?今岁秋间，必书辞职，盖年老气衰，不能复入是非之场。[34]
辛亥革命的爆发，将十余年间反清革命的洪流推向高潮，也在严复已趋平静的心海里掀起了波涛。对于这场社会巨变，他从满怀希望，继而犹豫失望，再而厌倦否定，终而选择支持建立一个带有新权威主义意味的政府。这一心态的变化自然有其内在的原因，外在环境的逼迫也是一个不可忽视的重要因素。
武昌起义后，严复洞悉清廷颓势和“民心大抵归革军”的事实，对建立民国曾一度怀抱希冀，“灯影回疏棂，见声过檐隙。美人期不来，鸟啼蜃窗白。”[35]就形象地表达了他自己这时期期望与焦虑的心境。1911年12月，根据其日记的记载，严复在袁世凯出山组阁后，也开始活跃起来。12月2日“往谒袁内阁，得晤。”12月9日赴汉口,12月12日，“过江，到青山织呢厂见黎元洪。”12月17日到沪。[36]严复南下之行的内情，不得其详，但在一个非常时期，他出京奔赴革命党人起义之地，不能不说是一个非同寻常的举动。在促成南北议和、袁世凯出任民国大总统等事项上，严复是否有一臂之力，这是值得考证的史实。
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