加尔文烧死塞维特斯是一个划时代的步骤。他以此迅速结束了宗教改革为之斗争的“基督教徒的自由”。加尔文超过了罗马天主教会。为了自己的荣誉，一千多年来，在仅仅是因为坚持按照自己的想法去解释基督的教条，而把一个人活活烧死这个问题上，罗马天主教会要比加尔文踌躇不决得多。而加尔文，在他独裁统治的第一个十年里，就把向他挑战的人活活烧死，由此建立了他的精神暴政。从道德的观点上来看问题，这一行动可能比托圭玛达所有的罪行更可憎。塞维特斯不是作为一个无神论者被杀死的，因为他从来也不是无神论者。他之被害是因为他否定了加尔文的某些论点。几百年之后，日内瓦自由市民为自由思想者塞维特斯树立了纪念碑。把塞维特斯说成是一个“时代的受害者”，任何为加尔文开脱的努力都是徒劳的。蒙田是那时代的人，卡斯特利奥也是那时代的人。送塞维特斯上火刑柱的，并不是时代的盲目性和愚昧性，而是加尔文的个人独裁。不诚实和迷信可能是某个时代的特征，但作为一个特别的不端行为，加尔文犯的罪行应由他自行负责。
从塞维特斯殉难的那一刻起，对加尔文的义愤就迅速增长。甚至加尔文正式的辩护士贝齐也不得不承认：“那可怜的人的骨灰未寒，关于异端是否应受惩罚的辩论就冒头了。有些人主张应镇压异端，但不处极刑。而另一些人则希望让上帝来惩罚他们。”我们知道，虽然贝齐总是倾向于对加尔文的一切作为大加颂扬，但在这件事上是极为犹豫的，加尔文的其它朋友们就更踌躇了。梅兰克森，曾亲自野蛮地辱骂过塞维特斯，写信给他“亲爱的兄弟”加尔文这样一封信：“教会在现在和在将来都感谢你。日内瓦官员处死这个渎神者的做法好极了。”甚至还发现有这样一个名叫麦斯克勒斯的学者和狂热分子在当时作了一首赞美歌——永恒的“背叛圣职者”，但那些是唯一出自内心的赞美声。苏黎世、沙夫豪森和其它地方的宗教会议远比日内瓦所希望的冷淡。虽然在原则上他们看来会那样想：把“过份狂热的”宗派主义者威胁一下也好。毫无问题，他们会感到高兴，因为这是新教第一次由于信仰问题而采取的行动，第一次消灭不信奉国教者，并且，这件事不发生在他们自己的城墙之内，而由约翰·加尔文承担了作出那可怕决定的臭名。现一个永恒的理想上，已经预见了它的重要意义。因为，理想是一种没有人看得到的概念，只能通过人们的设想、人们的努力，并准备为理想而向着充满尘土的、通向死亡的道路行进的人们，才能在现实世界中加以实现。从精神上来作分析，“胜利”和“失败”这两个词都获得了新的意义。从此以后，我们一定要永远不停止去提醒整个世界：它眼里只有战胜者的丰碑，而我们人类真正的英雄，不是那些通过屠刀下的尸体才达到昙花一现统治的人们，而是那些没有抵抗力量、被优胜者暴力压倒的人们——正如卡斯特利奥在他为精神上的自由、为最后在地球上建立人道主义王国的斗争中，被加尔文所压倒一样。
但是，如果说这些同样信仰的人，除该死的、懦怯的赞美之外，什么也没有干的话，那么他们自己却很快地就听到了敌对的声音。当时最杰出的法理学家弗朗修斯·鲍德温明确表示了意见：“我认为，加尔文没有权利对宗教教条的论点开创刑事执行的先例。”不光是全欧洲的自由思想的人道主义者们表示了他们的义愤，许多新教的教士们同样表示了不赞成。受伯尔尼霸主保护因而免受加尔文奴役的沃州的教士在距日内瓦仅一小时步行之遥的布道台上宣称，加尔文对塞维特斯的处理是违反宗教原则和违法的。在日内瓦城中，加尔文不得不求助于警察去压制批评。一个妇女因公开宣称塞维特斯是为耶稣基督而牺牲的烈士被监禁;还有一个印刷商人说城市当局是按照一个人的意志和意愿判决塞维特斯的，他因此也被投入监狱。有几个著名的外籍学者干脆愤然离去，他们迅速退出一个在那儿他们不复有安全之感的城市。因为专制政治已经建立，威胁了自由的思想。加尔文立即被迫认识塞维特斯的殉难，对独裁统治来说，比那西班牙学者的生命和著作更为危险。
加尔文对任何矛盾都十分敏感。在加尔文的统治下，日内瓦人虽十分谨慎行事，但抱怨之声仍通过钥匙孔和紧闭的窗中传出，独裁者认识到他的自由市子民已很难再抑制他们的愤怒了。木已成舟，全能的上帝本人也无法挽回。既然无法逃避他所作所为的后果，加尔文最好还是勇敢地站出来对付这件事并宣扬他的责任。加尔文只好违背本意，把一开始是振奋的攻势，使人难以觉察地转入守势。朋友们全部确信，由于塞维特斯已经付之于火焰了，对加尔文说来，应该为“由于信仰而行动”寻找言之成理的证据。因此，加尔文硬着头皮，下决心用塞维特斯事件来“开导”世界，他为杀死了那异端而写了一份辩护书。
但是在塞维特斯事件中，加尔文有一个不自在的良心。一个人有了不自在的良心，虽然他会试图掩盖疑点，也只能写一些蹩脚的材料，因此，他的辩护书题为《保卫三位一体的真正信仰反对塞维特斯可怕的错误》就很自然了。诚如卡斯特利奥所说，这本书是当独裁者的“双手还滴着塞维特斯的鲜血”时写出的，是他所有的著作中最软弱无力的一本。加尔文自己也承认，他写此书时“处在混乱之中”——也就是说是十分神经质地仓促草就的。他这样被迫地采取守势，说明他自觉自己的地位很没有把握，下面这件事就说明了这一点：他召集日内瓦所有的教士，象他自己一样在这份宣言上签名，这样，其它的人就可以分担些责任。他觉得被当作是杀害塞维特斯的唆使者很不是滋味，结果是两种相反的倾向被拙劣地揉合在那份宣言之中。一方面，加尔文慑于普遍的不满，希望把责任推倭给“当局”;而在另一方面，他要证明市行政会完全有权消灭象西班牙人那样的“魔鬼”。加尔文以最温文尔雅的面目出现，根深蒂固地反对任何暴力，辩护书的字里行间充满了对天主教宗教法庭残酷的抱怨。那法庭判决了许多真正的信徒们，不给他们为自己辩护的机会，接着用最野蛮的方法处决了他们(后来卡斯特利奥质问他：“你怎么样?你指定了谁为塞维特斯辩护呢?”)。他接下来的言论使读者愕然，他告诉他们说，他曾私下尽其最大努力使塞维特斯心情愉快(“我曾经在私底下不断地尽我的一切可能使他的感情升华得更高尚。”)他宣称说，事实上正是市行政会不理睬他要宽大的念头，坚持死刑而且坚持一个如此残酷的死刑。但所谓的加尔文为塞维特斯、杀人者为他的受害者所进行的所谓的努力竟“如此的秘密”，以致于没有一个人会相信这样一个纯属虚构的传奇。卡斯特利奥轻蔑地列举了事实。“第一，你的‘告诫’除骂人外就什么都不是;第二，你把塞维特斯投入监狱，那西班牙人直到走向火刑柱被活活烧死之前没有离开过。”
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